A bag of unrelated fixes to bring trunk more in-line with recent
policy discussion (no dead code, no unimplemented unit tests...), and
other fixes:

* src/expr/node_builder.h: uncomment AndNodeBuilder, OrNodeBuilder,
  PlusNodeBuilder, and MultNodeBuilder.  (These had been dead code for
  awhile.)

* src/expr/node_value.cpp: toString() is much more reasonable now,
  printing S-exprs and using variable names (instead of printing raw
  pointer values).  Next, we'll want to define a pretty-printing
  theory interface and perhaps hook this up to that.

* test/unit/expr/node_black.h: implement testIterator(),
  testToString(), and testToStream().

* test/unit/expr/node_builder_black.h: implement testIterator() and
  testAppend(), and add some code to avoid the warnings on clear() for
  unused NodeBuilders.

* src/expr/node_builder.h: redefine "iterator" to be over Nodes rather
  than over NodeValues.  Doesn't make sense to expose the underlying
  NodeValues.  This shouldn't affect anyone, no one was using
  NodeBuilder iterators.

* fix some comments in source code

Adding --mmap option to use memory-mapped file input, which provides a marginal improvement (<5%) on big benchmarks.

* test/unit/context/context_black.h: Test CDList<>.  In particular,
  test behavior of grow(), which was previously very broken, fixed by
  Tim earlier this afternoon.

* add the notion of a "private header".  Private header files (those
  not intended for distribution) should now #include "cvc4_private.h"
  (or "cvc4parser_private.h" for the parser code).  When not actually
  building libcvc4 (resp. libcvc4parser), or associated unit tests, a
  warning is emitted by the preprocessor.  This should make it easier
  to notice (and disentangle early) any unwanted public/private
  mixing.  Currently the warning identifies a couple places where we
  need to fix things.

* added directory infrastructure for arrays and BV theories.

* the Theory inheritance hierarchy makes some assumptions about the
  way inheritance is done.  These are checked at runtime when
  CVC4_ASSERTIONS is on.  See src/theory/theory.h's TheoryImpl<>
  definition for details.

* src/theory/booleans/theory_bool.h, src/theory/booleans/theory_def.h,
  src/theory/arith/theory_arith.h, src/theory/arith/theory_def.h,
  src/theory/uf/theory_uf.h, src/theory/uf/theory_def.h,
  src/parser/antlr_parser.h: minor code formatting fixes as per
  policy.

* src/theory/uf/theory_uf.cpp: fix for non-debug builds.

* src/util/options.h, src/util/model.h, src/util/result.h,
  src/expr/type.h: make CVC4_PUBLIC.

* src/util/decision_engine.h: no longer CVC4_PUBLIC.

* src/expr/expr_manager.cpp: ExprManager::booleanType() and
  ExprManager::kindType() weren't returning a value ?!  Fixed.

* src/expr/expr_manager.h, src/expr/node_manager.h: ExprManager no
  longer depends on NodeManager (public/private interface mixing).
  ExprManagerScope is an internal implementation detail, and is moved
  to node_manager.h.

* src/expr/node.h: mark gdb debug routines as "used" so that GCC
  always emits code for them (even though its static analysis shows
  they're unused).

TheoryUFWhite tests are added. There are also accompanying bug fixes. These currently do not pass. (See bug 39.) I modified node.h/cpp to get gdb debug printing working again

Fixed a bug in CDList reallocation. (Also corrected a couple whitespace problems.)

Changing the hashing in attributes to what Nodes do, i.e. hash on the id of the node-value. This keeps coming up so we should rename the .hash() method in the node-value to something else. Morgan, feel free to change, but I had to go in as we were stuck on infinite parsing again.

Adding Node::getOperator()
Removing references to ExprManager from Type, moving Type creation into NodeManager

Updated uf to reflect APPLY structure after conversation with Chris. Also corrected conflict generation to reflect this morning's discussion.

* src/expr/node_builder.h: fixed some overly-aggressive refcount decrementing.
  There remain memory leaks (and some over-decrementing of refcounts) that
  I've identified; another commit forthcoming.

* src/expr/attribute.h: keys are now NodeValue* instead of TNode

* src/theory/output_channel.h: change OutputChannel::conflict() to the
  negation of what we had before: it now takes an AND of TRUE literals
  as a conflict clause rather than an OR of FALSE ones.

* src/expr/node.cpp: (non-template) CVC4::expr::debugPrint() routine
  for use inside gdb

* src/expr/node.h: remove Node::debugPrint() member (now a function
  instead of a member function, since Node is now a template it wasn't
  being properly instantiated(?) and couldn't be called from gdb)

* src/expr/Makefile.am: add node.cpp

* src/expr/node_manager.h: code formatting

* src/expr/node.h: add a copy constructor.  Apparently GCC doesn't
  recognize an instantiation of the join conversion/copy ctor with
  ref_count = ref_count_1 as a copy constructor.  Problems with
  reference counts ensue.

* src/theory/theory.h, src/theory/theory.cpp: Theory base
  implementation work.  Changed from continuation-style theory calls
  to having an data member for the output channel.  registerTerm() and
  preRegisterTerm() work.

* src/theory/output_channel.h, src/theory/theory.h,
  src/theory/theory.cpp, src/theory/uf/theory_uf.h,
  src/theory/uf/theory_uf.cpp: merged ExplainOutputChannel into
  OutputChannel.

* test/unit/expr/node_black.h: remove testPlusNode(),
  testUMinusNode(), testMultNode().

* src/expr/attribute.h: new facilities ManagedAttribute<> and
  CDAttribute<>, and add new template parameters to Attribute<>.  Make
  CDAttribute<>s work with context manager.

* src/expr/attribute.h, src/expr/node_manager.h: VarNameAttr and
  TypeAttr are now "owned" (defined) by the NodeManager.  The
  AttributeManager knows nothing of specific attributes, it just as
  all the code for dealing generically with attributes.

* test/unit/expr/node_white.h: test new attribute facilities.

* src/expr/soft_node.h: removed: We now have TNode, so SoftNode goes
  away.

* src/theory/Makefile.am: fixed improper linking of theories

* src/theory/theory_engine.h: some implementation work (mainly stubs
  for now, just to make sure TheoryUF can be instantiated properly,
  etc.)

* src/expr/node_value.cpp, src/expr/node_value.h: move a number of
  function implementations to the header and make them inline

* src/expr/node_manager.cpp, src/expr/node_manager.h: move a number of
  function implementations to the header and make them inline

* src/theory/theoryof_table_prologue.h,
  src/theory/theoryof_table_epilogue.h, src/theory/mktheoryof,
  src/theory/Makefile.am: make the theoryOf() table from kinds and
  implement TheoryEngine::theoryOf().

* src/theory/arith/Makefile, src/theory/bool/Makefile: generated these
  stub Makefiles (with contrib/addsourcedir) as per policy

* src/theory/arith, src/theory/bool [directory properties]: add .deps
  to svn:ignore.

* contrib/configure-in-place: permit configuring "in-place" in the
  source directory.

* contrib/get-authors, contrib/dimacs_to_smt.pl,
  contrib/update-copyright.pl, contrib/get-authors,
  contrib/addsourcedir, src/expr/mkkind: copyright notice

* src/expr/node_manager.h, src/expr/node_builder.h,
  src/prop/prop_engine.h, src/prop/prop_engine.cpp,
  src/theory/theory_engine.h, src/smt/smt_engine.h, src/smt/smt_engine.cpp,
  src/theory/output_channel.h: turn "const Node&"-typed formal
  parameters into "TNode"

* src/theory/bool, src/theory/booleans: "bool" directory renamed "booleans"
  to avoid keyword clash on containing namespace

* src/theory/booleans/theory_def.h, src/theory/uf/theory_def.h,
  src/theory/arith/theory_def.h: "define" a theory simply (for automatic
  theoryOf() generator).

* src/Makefile.am: build theory subdirectory before prop, smt, etc. so that
  src/theory/theoryof_table.h header gets generated before it's needed

* src/expr/node_prologue.h, src/expr/node_middle.h: move "Kind" into a
  separate CVC4::kind namespace to avoid its contents from cluttering
  the CVC4 root namespace.  Import the symbol "Kind" into the CVC4 namespace
  but not the enum values.

* src/expr/node_manager.h, src/expr/node.h, src/expr/node_value.h,
  src/expr/node_value.cpp, src/expr/expr.cpp, src/theory/uf/theory_uf.cpp,
  src/prop/cnf_stream.cpp, src/parser/smt/smt_parser.g,
  src/parser/cvc/cvc_parser.g, src/parser/antlr_parser.cpp,
  test/unit/expr/node_white.h, test/unit/expr/node_black.h,
  test/unit/expr/kind_black.h, test/unit/expr/node_builder_black.h:
  update for having moved Kind into CVC4::kind.

* src/parser/parser.cpp: added file-does-not-exist check (was failing
  silently).

Created basic node builder and kind tests. Also fixed a couple of node builder problems.

Cleaned up and documented ecdata and theory_uf.

Committing small changes to attribute, and theory to avoid future merge problems for Moragn. Also cleaned up theory uf and ecdata, and updated both to reflect attribute. Should be close now.

Minor optimizations to parser (use const string& for ids, keep only one binding in symtab)

cosmetic changes, comments, and renaming of Expr related stuff to Node (leftovers from before switching to Node)

finally works

Merging from branch branches/Liana r241

Switching to types-as-attributes in parser

* src/expr/attribute.h: fixed an issue with "const pointer"-valued
  attributes.

* src/expr/attribute.h, src/expr/node_manager.h, src/expr/node.h:
  hasAttribute() and getAttribute() are now const member functions.

* configure.ac: Remove doc/ from search path for Makefile.ams

* configure.ac, test/unit/Makefile.am: Resolved an issue where even
  when not testing, one unit test was built.

* Re-ran contrib/update-copyright.pl on all source files to ensure
  consistent and correct header comments.

* contrib/get-authors: Change definition of "minor contributor"
  to >= 10% of lines (rather than strictly greater than 10% of lines)

Re-committing revision 232 properly:

* Add virtual destructors to CnfStream, Theory, OutputChannel, and
  ExplainOutputChannel.  Safer and stops a compiler warning.

* node attributes: fix compiler warnings on 64-bit.

* Node: add asserts to make sure the current NodeManager is non-NULL
  when it's needed.  This can happen when public-facing functions
  don't properly set the node manager, and it can look like a bug in
  another part of the library.  Also some code format cleanup.

* configure.ac, config/cvc4.m4: added --enable-static-binary (see
  discussion on bug 33), fixed bad configure lines (bug 19), added
  documentation for some things.

* config.h.in: removed; it's auto-generated.

undoing improperly-committed revision 232; will re-commit to get "svn blame" correct, etc..

* Add virtual destructors to CnfStream, Theory, OutputChannel, and
  ExplainOutputChannel.  Safer and stops a compiler warning.

* node attributes: fix compiler warnings on 64-bit.

* Node: add asserts to make sure the current NodeManager is non-NULL
  when it's needed.  This can happen when public-facing functions
  don't properly set the node manager, and it can look like a bug in
  another part of the library.  Also some code format cleanup.

* configure.ac, config/cvc4.m4: added --enable-static-binary (see
  discussion on bug 32), fixed bad configure lines (bug 19), added
  documentation for some things.

* config.h.in: removed; it's auto-generated.

Small changes to the smt-engine, removed the assertions list.

resolve bug 32; public-facing interface functions in expr package must set current NodeManager

fix bug 33 (statically link the "cvc4" binary); also main driver cleanup

fix bug 22 (remove tracing from non-trace builds; remove all output
from muzzled builds)

add public-facing CVC4::Configuration class that gives CVC4's (static)
configuration (whether debugging is enabled, assertions, version
information, etc...)

add some whitebox tests for assertions, output classes, and new
CVC4::Configuration class

main driver now gets about() information from CVC4::Configuration.

configure.ac now more flexible at specifying major/minor/release
versions of CVC4

add --show-config option that dumps CVC4's static configuration

commented option processing strings in src/main/getopt.cpp

fixed some compilation problems for muzzled builds.

fixed some test code for non-assertion builds (where no assertions are expected)

specialized implementation for boolean node attributes ("flags"): they now share memory words properly; also, implementations of some output functionality

* Attribute infrastructure -- static design.  Documentation is coming.
  See test/unit/expr/node_white.h for use examples, including how to
  define new attribute kinds.

Also:

* fixes to test infrastructure
* minor changes to code formatting throughout
* attribute tests in test/unit/expr/node_white.h
* fixes to NodeManagerScope ordering
* use NodeValue::getKind() to properly deal with UNDEFINED_KIND
  (removing compiler warning)
* ExprManager: add proper NodeManagerScope to public-facing member
  functions
* store variable names and types in attributes
* SoftNode is a placeholder, not a real implementation

Changing minArity of AND/OR to 1 in SMT parser

Adding --no-checking option to disable semantic checks in parser

Rm'ing doc from SUBDIRS

Adding doxygen configuration parameters and doxygen-doc Makefile target

Initial draft of TheoryUF. Should compile without problems. A decent amount of functionality is stubbed out. Still needs a bit of cleanup.

fix bug 27: --with-cxxtest-dir=(relative-path) now works

Moving parser error checking into AntlrParser

Adding --parse-only option

removing assertion and warning that shouldn't be there. adding initialization of kind to undefined to a default constructor.

Removing spurious commit of configure

Converting semantic predicates in parser to AlwaysAssertions

simplification minisat

Improvements to CNF conversion when already in CNF

build fix

Fix to compile out Debug(...) << ... statements in optimized mode. Someone please look to see if it makes sense.

Changes to hashing that solve the xinetd boolean benchmark in 14s (from ~25min). Switched to standard hash_set, hash_map, new hash for the vector of node values (from boost), changed the hash for nodes to be over id's, all the hash values are now size_t. The parser is down from 11s to 10s on the benchmark, so most of the solve time is parsing and we need to figure this out.

svn ignore

Adding precedence regressions

note on setup(); for discussion at 2010.02.11 meeting

svn:ignore for build stuff; add Liana to AUTHORS

fixing annoying eclipse build settings, no more broken pipe errors with these settings

Added calls to destructor in CDList plus optional flag to disable.

Changes to the CNF conversion and the SAT solver. All regression pass now, and we're ready for nightly testing. We should not add regression tests that test future behaviour, as the builds will nag for all failing regressions. Thus, I've separated the multi-query regressions into multiple regressions until the cnf/context/sat is able to handle it. Also, fixed a typo in the CVC parser.

removing other pieces of autotools stuff to fix bug #24

moving built-in kinds out of the kind.h prologue/middle for uniformity; added TUPLE built-in

empty stubs for push and pop to fix the build fail

Disabling the failing test case for the context.

Fixing the test case, it had a unary or. The cnf converter should be adapted to handle cases like this.

Push/Pop parsing and commands

Moving the template stuff back into the header in order to use CDList.

Documenting type.h/cpp
Making Boolean and Kind types singletons

force sorting of AC_CONFIG_FILES, otherwise different computers generate the configure script differently and we get useless commits of it; fix NodeBuilder memory leak in response to Kaustubh's expr code review (bug#15)

Preliminary support for types in parser

final fixes to addsourcedir source-directory-Makefile-generation script

auto-generated list of AC_CONFIG_FILES so that you needn't add each recursive Makefile to configure.ac

automatic generator script for sourcedir Makefiles and Makefile.ams

remove the last vestiges of support for "make build-profile" without first configuring the build-profile, simplifying the build process and closing bug 21

minor interface changes to TheoryEngine/Theory after meeting and conversation with Tim

fix run_regression script

beautification of the prop engine

assign expected-status to regressions

build system for multi-level regressions

remove warnings from use of __gnu_cxx::hash_map<>; also spacing fixes in symbol table

remove -*- c++ -*- emacs tag from source files (it overrides cvc4-c++-editing-mode from contrib/editing-with-emacs

Changed mapping from atoms to literals in the prop engine to be atoms to vars.

Moved regressions into various levels based on running time.

test infrastructure updated for multiple-level regressions

minor cleanup; give the main driver a different exit code for SAT-INVALID/UNSAT-VALID

src/expr/kind.h is now automatically generated.

Build src/expr before src/util.

Moved CVC4::Command to the expr package.

Re-quieted the "result is sat/invalid" etc. from PropEngine (this is
now done at the main driver level).

Added file-level documentation to Antlr sources

When built for debug, spin on SEGV instead of aborting.  Really useful
for debugging problems that crop up only on long runs.  Added
'--segv-nospin' to override this spinning so that "make check,"
nightly regressions, etc. don't hang when built with debug.

Updated src/main/about.h for 2010.

minor fix for update-copyright.pl; ran update-copyright.pl on all sources; regenerated configure script

added bool and arith theory makefiles to AC_CONFIG_FILES in configure.ac

Added theory output channel interfaces and "Interrupted" exception.

Updated contrib/update-copyright to handle Antlr (.g) parser/lexer inputs.
Updated copyright year.

Added a new "bool" theory (right now just to hold a kind.h contribution).

Added "kinds" files to UF and the new "bool" theory.

Fixes to the cnf converter. Also a barebones utility for printing out a satisifying model.

Adding extra test to parser

adding an option to minisat to not do any debug checks/output

Fixing bad commit

Adding functions/predicates to SMT grammar

Addressed many of the concerns of bug 10 (build system code review).
Some parts split into other bugs: 19, 20, 21.

Addressed concerns of bug 11 (util package code review).

Slight parser source file modifications: file comments, #included
headers in generated parsers/lexers

Added CVC4::Result propagation back through
MiniSat->PropEngine->SmtEngine->main().  Silenced MiniSat when
verbosity is not requested.

ELSEIF support and parser debugging with '-d parser'

simple ITE parsing

By popular demand, I also added a printAst to Expr.

I hacked in a temporary way to restart minisat for multiple queries.

Within node I added printAst(..) for general purpose debugging use throughout the code. I also added debugPrint() to Node for use within gdb.

Enabled more regress tests. Takes 26s on my machine to run a make -k check in debug mode.  All regress tests currently pass.

context_mm testing

some more tests for the context.

Fixed bug in context code

for tim

beginings of test for CDO. one fail

Rethrow rewrite in antlr_parser. Taking LT(0) to locate the error causes the build to break on 64-bit machines. Changed to LT(1), it works now, but i'll ask around how this actually works.