Refactor array-proofs and uf-proofs (#1655)

This commit unifies duplicate code blocks from array_proof.cpp and uf_proof.cpp into theory_proof.cpp.

Equality resolution in the extended rewriter (#1811)

Refactor bv-to-bool and bool-to-bv preprocessing passes (#1788)

Move candidate rewrite code to own file (#1804)

Add benchmark requiring subgoal generation with induction. Disable option. (#1806)

Remove nl solve subs option. (#1803)

Fix issue with multi-triggers that include variable triggers (#1810)

Draft smt comp 2018 for quantifiers and non-linear (#1808)

Improve sygus sampling for strings (#1802)

Remove unused cache.h (#1795)

Enforcing --no-bv-eq, --no-bv-algebraic and --no-bv-ineq when proofs are enabled (#1801)

Currently, if the user enables proofs but does not disable the algebraic/equality/inequality bv-solvers, then we reach an internal error while printing the proof (unreachable code becomes reachable).
This commit auto-disable these bv options when proofs are enabled, unless these options were set by the user. In such a case, an error message is given to the user.

 Reenable filtering based on ordering in sygus sampler (#1784)

Draft of casc j9 scripts (#1800)

Allow metadata lines in test files to have leading spaces (#1799)

Currently, lines like `;EXPECT: sat` instead of `; EXPECT: sat` cause problems. This PR fixes it.

Symmetry detection module (#1749)

Restrict test summary to first-level subfolders (#1797)

Adding config/tap-driver.sh to .gitignore  (#1792)

#1791 removed config/tap-driver.sh from the repo, as ./autogen.sh adds it automatically.
The current PR prevents this file from being added to the untracked changes list when doing git status.

Refactor pbRewrites preprocessing pass (#1767)

This commit refactors the pbRewrites preprocessing pass into the new
style. This commit is essentially just a code move and adds a regression
test for the preprocessing pass. It also makes use of the
AssertionPipeline::replace function to do proper dependency tracking.

Remove tap-driver.sh (#1791)

The autogen.sh script that we use causes the tap-driver.sh script to be
copied from automake installed on the system, so we do not have to
include it in our git repository. This also avoids ping-ponging between
different versions of the tap-driver script if different people have
different versions and commit them as part of their PRs.

Add timeout (option) to regression script (#1786)

This commit adds the option to run regressions with a timeout using the
`TEST_TIMEOUT` environment variable. The default timeout is set to 10
minutes. This should make it less likely that our nightly builds hang
and makes it easier to sort out slow tests.

Default timeout tested with regression level 2 on a debug build with
proofs.

Disable slow regression test (#1787)

Disable check proofs/unsat cores for two regs (#1785)

Disabling proof checking/unsat core checking for the two benchmarks in
question, reduces the time to run regressions significantly. After the
change, regression level 2 takes 7m30s to run on my machine and
regression level 1 takes just below 3m (16 threads). Individually, the
tests take over 7m each when checking proofs/unsat cores, so they add
significant overhead.

Make 256 the default cardinality for strings (#1783)

RemoveTermFormulas: Remove ContainsTermITEVisitor (#1782)

Skolemize candidate rewrite rule checks (#1777)

Make strings fmf apply to all but internally generated Skolems (#1780)

Fix type error with regexp (#1778)

Fix mk type const (#1776)

This was a new utility, only used so far by the extended rewriter in EqChain simplification.

Another fix for sygus rr stats. (#1768)

[Reg] Make status/unsat-core detection more robust (#1775)

This commit changes the regression script to look for status patterns or
get-unsat-core/get-unsat-assumption commands in the benchmark file
instead of the metadata file (i.e. the .expect file if it exists or the
benchmark file otherwise). This fix is not strictly necessary for our
current regressions but might have lead to surprising outcomes in the
future.

Fix get-unsat-core detection in regression script (#1773)

Due to a typo in the regression script, the (get-unsat-core) command was
not recognized (the script was looking for (get-unsat-cores)), so it
tried to run a regression script containing (get-unsat-core) even when
CVC4 was compiled without proof support. This commit fixes the typo.

allowing --bool-to-bv without quantifiers (#1771)

Fix use-after-free in eager bitblaster (#1772)

There was a use-after-free in the eager bitblaster: the context used by
the SAT solver was destroyed before the solver. This lead to a
use-after-free in the destructor of the SAT solver when destroying
context-dependent objects. This commit fixes the issue by changing the
desctruction order such that the context is destroyed after the SAT
solver.

Note: This issue was introduced in commit
a917cc2ab4956b542b1f565abf0e62b197692f8d because d_nullContext and
d_satSolver were changed to be std::unique_ptrs.

Disable split for negative contains. (#1774)

Fix issue in regression script when proofs enabled (#1770)

There were two issues in the new Python regression script when proofs
were enabled: It would try to run "--check-proofs" on SAT benchmarks and
the parameters added to check unsat cores were wrong. This commit fixes
both issues.

Fix alpha equivalence for higher-order (#1769)

Fixes for free variables in assertions (#1762)

Refactored BVGauss preprocessing pass. (#1766)

Properly implement function extensionality based on cardinality (#1765)

 Improve accuracy of stats for sygus sampler (#1755)

Remove unused arith options (#1758)

Commit 629824db3911ab11ae286e4b14151a537602ba5a added options when
introducing the pseudo boolean processor that were never used. This
commit removes them.

Fix hasSubterm calls for higher-order (#1760)

Fix dumping of benchmark in SmtEngine::checkSatisfiability(). (#1764)

Fix higher-order term indexing. (#1754)

Fix sygus substr static symmetry breaking (#1761)

Warn about trailing spaces in src/Makefile.am (#1759)

Allow predetermined first-order variables when constructing deep embedding. (#1757)

Check free variables in assertions (#1737)

Do not introduce uinterpreted constants in TPTP parser (#1743)

Add quantifier name attribute. (#1756)

Fixed get-authors.

Add define rec fun to cvc parser (#1738)

 Python regression script (#1662)

Until now, we have been using a bash script for the running the
regressions. That script had several issues, e.g. it was creating many
temprorary files and it was calling itself recursively, making it
difficult to maintain. This commit replaces the script with a Python
script. The Python script uses the TAP protocol, which allows us to
display the results of multiple tests per file (e.g. with --check-models
and without) separately and with more details. It also outputs whenever it starts running
a test, which allows finding "stuck" regression tests on Travis. As recommended in the
automake documentation [0], the commit copies the TAP driver to enable
TAP support for the test driver.

Note: the commit also changes some of the regressions slightly because
we were using "%" for the test directives in SMT files which does not
correspond to the comment character ";". Using the comment character
simplifies the handling and makes it easier for users to reproduce a
failure (they can simply run CVC4 on the regression file).

[0]
https://www.gnu.org/software/automake/manual/html_node/Use-TAP-with-the-Automake-test-harness.html

Add more general SignExtendUltConst rewriting. (#1385)

This also adds an additional check in processAssertions to ensure that all
assertions are guaranteed to be rewritten (there was only a comment stating
this).

Make Python bindings example compatible w/ Python3 (#1751)

Update README for regression tests (#1746)

Proper initialization and destruction of sygus unif (#1750)

Fix for corner case of higher-order matching  (#1708)

Do not debug check models when unknown (#1748)

Fix sygus infer (#1747)

Refactor IntToBV preprocessing pass (#1716)

This commit refactors the IntToBV preprocessing pass into the new style.
This commit is essentially just a code move, it does not attempt to fix
issues (e.g. #1715).

Option to turn arbitrary input into sygus (#1704)

Preprocessing pass that turns an arbitrary (e.g. smt2) input into a sygus conjecture, which is helpful for Horn clause solving.

This includes improvements to the robustness of the sygus solver.

[BVMiniSat] Avoid duplicates in conflicts (#1745)

If analyzeFinal() in BVMiniSat was called with a literal that also
occurred in the trail, it could happen that the set of assumptions that
led to the assignment of `p` contained `p` twice.
BitVectorProof::endBVConflict would then register that conflict with the
duplicate literal but at the same time compute a conflict expression
with the duplicate removed. LFSCSatProof::printAssumptionsResolution
would then output two resolutions for the same literal, which made the
simplify_clause side condition fail because it couldn't find the literal
in the clause anymore after the first removal.

The fix simply avoid adding `p` to the set of assumptions if it is found
in the trail. In this situation, `p` is guaranteed to be in the set of
assumptions already because it has been added at the beginning of
analyzeFinal(). This issue originally came up in PR #1384. With this fix
the regression tests pass in #1384.

Make sygus unif I/O an subclass of sygus unif (#1741)

Use choice when expanding definitions for inverse transcendental functions (#1742)

Internal sygus type checking (#1734)

Improvements to extended rewriter for Booleans and ITE (#1705)

Make sygus unif utility use sygus unif strategies (#1732)

a formula should be an instance of itself (#1668)

Proof checking failed when applying the instantiation rule so that the original formula and the instantiated formula are the same. Fixed using the new "ifequal" construct in lfsc.

Remove references to nyu (#1721)

Reorganize bitblaster code. (#1695)

This splits bitblaster_template.h into the separate header files {aig,eager,lazy}_bitblaster.h and
bitblaster.h (the template class TBitblaster). All the bitblaster related code is moved into the
sub-directory bitblast/.

Do not call toString() on malformed node when throwing TypeCheckingExceptionPrivate. (#1733)

While throwing a TypeCheckingExceptionPrivate, an IllegalArgumentException was thrown when
trying calling toString() on a malformed node. Fixed by printing the kind of the node and its children
rather than calling toString() on the malformed node.

Disable regression (#1731)

Split strategy representation from SygusUnif (#1730)

Do not use factoring inference for transcendental functions (#1707)

Simplify sygus unif so that it is one-to-one with functions to synthesize (#1726)

Make sygus pbe use sygus unif utility (#1724)

Fix for --sygus-rr-synth (#1723)

Make sygus unif utility (#1720)

Filter candidate rewrites based on matching (#1682)

Better normalization of string concatenation (#1719)

Documentation and simplifications for PBE (#1677)

Regression level 0 for distcheck on Travis (#1714)

We are running all our Travis tests with regression level 0 except for
distcheck, which is running with the default level 1. This commit lowers
the level to 0 to make all jobs consistent.

Add support for filtering regressions with regex (#1711)

This commit adds support for filtering the regression tests using a
regex. For example:

```
TEST_REGEX=quantifiers make regress0
```

Runs regression tests from level 0 that have "quantifiers" in their
name.

Fix memory leak in bvminisat (#1710)

While reviewing #1695, I realized that bvminisat is leaking memory for
each call to setNotify(). This commit uses std::unique_ptr to fix the
issue. It also adds std::unique_ptr to manage d_minisat.

Make Java bindings work with newer build envs (#1709)

Our current build scripts did not work with Automake 1.16. At configure
time, the .swig_deps target in src/bindings/Makefile.am was executed due
to the `@mk_include@ .swig_deps` (which is not the case with older
versions of Automake). This ultimately caused configure to fail because
SWIG was complaining about missing files (generated source files, such
as src/expr/expr.h). This commit fixes the issue by adding
`-ignoremissing` to the call to SWIG. With that option, SWIG is not
complaining about the missing files and the dependency generation
completes successfully.

Currently, the src/bindings/compat/java/create_impl.py script is not
compatible with Python 3, which leads to errors when building on systems
where `python` links to Python 3 (e.g. on Arch Linux). This commit makes
the script compatible with both Python 2 and 3.

Our build scripts were using old -source/-target versions when calling
`javac`. Those are not supported by newer Java versions (e.g.  Java 9).
This commit updates the version to 1.6, which is still fairly old, so
should be broadly supported.

Finally, some systems (e.g. Arch Linux' AUR package for SWIG 2) refer to
SWIG 2 as `swig-2`.  This commit adds support for detecting this at
configure time.

 Add reasoning for inequalities in str rewriter (#1713)

Synth-check and accelerate options for sygus-rr (#1691)

Abort when sygus-verify finds unsoundness. (#1717)

Rewrites for substr of strings of length one (#1712)

This commit adds a rewrite for substrings of strings of length one to
the empty string if it can be shown that it is not possible that the
start position and the length are both greater than zero:

```
(str.substr "A" x y) --> "" if x = 0 |= 0 >= y
```

The commit introduces a set of functions to check such entailments
with assumptions.

Check model only when sat (#1694)

Cleanup various exit calls (#1692)

Remove doc/libcvc4.3 from options/Makefile.am. (#1696)

This commit fixes an issue with calling make clean && make.

The final doc/libcvc4.3 is now generated during ./autogen.sh and should not
be deleted with make clean.

Add a few quantifiers regressions to improve coverage (#1702)

Remove abstract regular expression constant (#1698)

Remove unused code (#1700)

Minor reorganization for ematching (#1701)

Enable post-condition strenghtening by default for non-syntax restricted invariant synthesis (#1703)

Ignore whitespaces and moved code for contrib/get-authors.

Fix 'make regress' (#1683)

Commit b8db52f9bad5b1053810c93f0067de8423349da3 removed the option to do "make regress" (I only tested with "make regressX" and "make check"). This commit reenables "make regress".