Options merge.  This commit:

1. changes the way options are declared (see http://church.cims.nyu.edu/wiki/Options)
2. moves module-specific options enumerations (SimplificationMode, DecisionMode, ArithUnateLemmaMode, etc.) to their own header files, also they are no longer inside the Options:: class namespace.
3. includes many SMT-LIBv2 compliance fixes, especially to (set-option..) and (get-option..)

The biggest syntactical changes (outside of adding new options) you'll notice are in accessing and setting options:

* to access an option, write (e.g.) options::unconstrainedSimp() instead of Options::current()->unconstrainedSimp.
* to determine if an option value was set by the user, check (e.g.) options::unconstrainedSimp.wasSetByUser().
* ensure that you have the option available (you have to #include the right module's options.h file, e.g. #include "theory/uf/options.h" for UF options)
*** this point is important.  If you access an option and it tells you the option doesn't exist, you aren't #including the appropriate options.h header file ***

Note that if you want an option to be directly set (i.e., other than via command-line parsing or SmtEngine::setOption()), you need to mark the option :read-write in its options file (otherwise it's read-only), and you then write (e.g.) options::unconstrainedSimp.set(true).

Adding new options is incredibly simple for primitive types (int, unsigned, bool, string, double).  For option settings that you need to turn into a member of an enumerated type, you write a custom "handler" for the option---this is no additional work than it was before, and there are many examples to copy from (a good one is stringToSimplificationMode() in src/smt/options_handlers.h).

Benefits of the new options system include:

1. changes to options declarations don't require a full-source rebuild (you only have to rebuild those sources that depend on the set of options that changed).
2. lots of sanity checks (that the same option isn't declared twice, that option values are in range for their type, that all options are documented properly, etc.)
3. consistency: Boolean-valued option --foo gets a --no-foo automatically, documentation is generated consistently, the option-parsing matches the documented option name, etc.
4. setting options programmatically via SmtEngine::setOption() is enabled, and behaves the same as command-line equivalents (including checking the value is in range, etc.)
5. the notion of options being "set by the user" is now primitive; you can use (e.g.) options::unconstrainedSimp.wasSetByUser() instead of having to use (and maintain) a separate Boolean option for the purpose

I've taken lots of care not to break anything.  Hopefully, I've succeeded in that.

Minor cleanup after today's commits:

* change some uses of "std::cout" to "Message()"

* change some files to use Unix newlines instead of DOS newlines

* fix compiler warning

removing unecessary files

merging fmf-devel branch, includes refactored datatype theory, updates to model.h/cpp to prepare for release, and major refactoring of quantifiers/finite model finding.  Note that new datatype theory does not insist upon any interpretation for selectors applied to incorrect constructors and consequently some answers may differ with previous version

Merge quantifiers2-trunk:
   - new syntax for rewrite rules
   - better rewrite rules theory
   - remove the rewriting with rewrite rules during ppRewrite temporarily
   - theory can define their own candidate generator
   - define a general candidate generator (inefficient ask to every theory)
   - split inst_match between the pattern matching used for quantifiers (inst_match.*) and
     the one used for rewrite rules (rr_inst_match.*):
      - the pattern matching is less exhaustive for quantifiers,
      - the one for rewrite rules can use efficient-e-matching.

Datatype enumerator work.  This version is not a "fair" enumerator, but I got it in quickly for Andy.

A "fair" version forthcoming.

more compliance fixes for SMT-LIBv2

a few fixes for java system test

small change to model-generation function, after discussion w/ Andy

removing an obsolete assertion in model-generation framework, per Andy's request

removing output operator for SExprTypes, which is never used (and SExprTypes is not public-facing)---this fixes the language bindings, which fixes the broken debian build overnight

SMT-LIBv2 compliance updates:

* more correct support for get-info responses
* printer infrastructure extended to SExprs
* parser updates to correctly handle symbols and strings
  (there were some minor differences from the spec)

minor fix to prevent getValue from returning null

fix for --produce-models with CVC4 presentation language

fix an obvious oversight: "distinct" wasn't part of the SMT2 core theory---but this only gave trouble in strict parsing mode

now passes "make distcheck", which does important checks for the release (e.g., "make dist" produces a distribution that passes "make dist" and "make check", "make uninstall" actually uninstalls, "make distclean" actually cleans, ...)

fix compiler warning in unit test

stronger two_smt_engines test

fix inadvertent change to system test

Support for having two SmtEngines with the same ExprManager.

Basically, this involves creating a separate StatisticsRegistry for the
ExprManager and for the SmtEngine.  Otherwise, theories register the
same statistic twice.  This is a larger problem, though, for creating
multiple instances of theories, and that is unaddressed.  Still,
separating out the expr statistics into a separate registry is probably
a good idea, since the expr package is somewhat separate anyway (and in
the short term it allows two SmtEngines to co-exist).

found a bug in the initialization order of UF, EqualityEngine, and the UF strong solver; fixed

reverse the order of link arguments to -lcln -lgmp, fixes linking errors for static-binary CLN-enabled builds on greed

Type enumerator infrastructure and uninterpreted constant support.  No support yet for enumerating arrays, or for enumerating non-trivial datatypes.

Applying Dejan's patch for bug #369, which resolves it by adding a new (let..) form for each introduced binding.

fixing make dist

fix a warning in unit test compilation

svn ignore

an example that uses bitvectors to simulate sha1 computation and dumps an smt problem corresponding to the hash-inversion problem

removing readme from fmf-devel

merged fmf-devel branch, includes support for SMT2 command get-value and (extended) SMT command get-model.  added collectModelInfo and removed getValue from theory interface.  merge also includes major updates to finite model finding module (from CASC), added fmf options, some updates to strong solver and quantifiers engine interface.  The test recursion_breaker_black currently fails for me on production builds, Morgan is planning to look into this.

svn ingore

* fixing the simple_vc_cxx.cpp compile issue (no more Integer constants)
* adding as examples the programs i used to translate nonlinear smt2 problems to other formats

going back to 1. being a non decimal

small changes:
* smtlib2 decimal constant can be "1.", i.e. doesn't need digits after the point
* adding CVC4_PUBLIC to rational output operator, otherwise it's unusable for users

minor fix-ups

fix portfolio build

fix eXecutable bit on a script

minor SMT-LIBv2 compliance issues

remove a debugging line from configure script that was left in inadvertently

another signed-ness warning fix for newer GCC

Minor changes to avoid some warnings on GCC 4.7.1 (Debian wheezy/sid).  ANDY - please look at the diff and make sure I didn't do something stupid

Bugs resolved by this commit: #314, #322, #359, #364, #365.
See below for details.

* Fix the "assert" name-collision bug (resolves bug #364).

  Our identifiers should never be named "assert", as that's a preprocessor
  definition in <assert.h>, which is often #included indirectly (so simply
  having a policy of not including <assert.h> isn't good enough---one of
  our dependences might include it).  It was once the case that we didn't
  have anything named "assert", but "assert()" has now crept back in.
  Instead, name things "assertFoo()" or similar.  Thanks to Tim for the
  report.

  To fix this, I've changed some of Dejan's circuit-propagator code from
  "assert()" to "assertTrue()".  Ditto for Andy's explanation manager.
  Guys, if you prefer a different name in your code, please change it.

* Fix the incorrect parsing of lets in SMT-LIBv2 parser (resolves bug #365).
  Inner lets now shadow outer lets (previously, they incorrectly gave an
  error).  Additionally, while looking at this, I found that a sequential let
  was implemented rather than a parallel let.  This is now fixed.  Thanks to
  Liana for the report.

* Remove ANTLR parser generation warnings in CVC parser (resolves bug #314).

* There were a lot of Debug lines in bitvectors that had embedded toString()
  calls.  This wasted a LOT of time in debug builds for BV benchmarks
  (like in "make regress").  Added if(Debug.isOn(...)) guards; much faster
  now.

* Support for building public-facing interface documentation only (as opposed
  to all internals documentation).  Now "make doc" does the public-facing and
  "make doc-internals" does documentation of everything.  (Along with changes
  to the nightly build script---which will now build and publish both types
  of Doxygen documentation---this resolves bug #359).

* Fix the lambda typechecking bug (resolves bug #322).  Thanks to Andy for the
  report (a long long time ago--sorry).

* The default output language for all streams is now based on the current set
  of Options (if there is one).  This has been a constant annoyance, especially
  when stringstreams are used to construct output.  However, it doesn't work
  for calls from outside the library, so it's mainly an annoyance-fixer for
  CVC4 library code itself.

* Add some CVC4_UNUSED markers to local variables in theory_arith.cpp that
  are used only in assertions-enabled builds (and thus give warnings in
  production builds).  This was briefly discussed at the meeting this week.

Various fixes to documentation---typos, some incomplete documentation fixed, \file tags corrected, copyright added to files that had it missing, etc.

I ensured that I didn't change any code with this commit, and even tested on the cluster to be doubly sure:

  http://church.cims.nyu.edu/regress-results/compare_jobs.php?job_id=4655&reference_id=4646&p=0

Adding std namespace to a couple of make_pair instances.

Added include unistd to main/util.cpp

Added virtual destructor to PpRewrite.

Some changes to configure.ac:

1. Includes BOOST_CPPFLAGS during compilation of all files, not just portfolio-relevant files.  This is necessary since we now have a general dependence on Boost (not just its threading stuff).  This resolves bug 357.

2. Support --disable-thread-support and --enable-thread-support, in an effort to get to the bottom of bug 361.

These changes shouldn't affect performance, though #1 will build the cvc4 libs with a couple of pthread definitions that conceivably could change the behavior of #included standard headers.  Let's keep an eye on tonight's regressions.

svn:ignore

Fixed bug in bv rewriter that caused wrong answer in SMT-COMP

fix a link error on church, due to Antlr #defining "true" and "false" :-( --for now, just #undef them after the #include

Fixing a bug in proof production for the DioSolver.

This adds TheoryArith::safeToReset().  This fixes bug 363.

Adding access to simplex's ArithPriorityQueue to TheoryArith for ArithPriorityQueue::reduce(), ::begin() and ::end().

Improved debugging output.

Improved debugging output.

Adding reduce() to the ArithPriorityQueue. This reduces the queue from a superset of the basic variables that violate a bound to the exact set.

Added a warning to arithmetic for a known dio solver bug. Somehow the fix never made it to trunk. Do not know how. The fix to the bug is pending the hunt for bug 363.

TPTP: add parser for cnf and fof
 - include directive works
 - no keyword : 'fof', 'cnf', ... can be used for symbols name
 - real -> unsorted -> real (for the one that appear, so no bijection bitween real and unsorted)
 - same thing for string

But:
 - string not distinct by projection to real, not sure if the current state of string theory make them distinct
 - filtering in include is not done
 - the result is not printed in the TPTP way (currently SMT2 way)

parser: add some acces function and recover the original nextToken from antlr3
in order to be able to use the stack of streams.

fix : function AntlrInput::tokenTextSubstr

Parser: add the possibility to bind at level 0.

qf_lra strategy

Reverting buggy rewriter code

another qf_lra strategy update

Fixed bug in rewriter

unnecessary ^ in regular expression; warning produced on smt-exec

QF_LRA strategy in run script, now final (?) for smt-comp 2012

final sources (?) for competition

Fix for slow array rewrite and minor bug fix in arrays that popped up as a result

small bug fix and performance fix in ite simplifier

fixed smt version 1 parser for quantifiers

tracing code to make sure decision options are being set correctly

bugfix, enable only QF_LRA, not other arith

QF_LRA, Quantifiers: enable use decision for (only for) stopping search

Fixing bug 360.  The driver wasn't exiting when there was an error (it just plowed ahead to the next command).  Now the driver exits on the first error, unless it's in interactive mode.

QF_AUFLIA: enable use decision for (only for) stopping search

fixing a problem due to lemmas produced while backtracking

--decision=justification-stoponly : use decision engine only for stopping
search early, not to make decisions

new options.h :)

enabling theoryof=term for quantifiers with sharing
disableing one test case in equantifiers/decision that runs long

fixing wrong assertion

Removed assertion that can fail

fixing makefile error that brakes build

Fix array bug causing incorrect answers

small change to equality assertions so that one doesn't get x = y and y = x

Adding the failing QF_AUFLIA regression mentioned in last commit.
pp-regfile.delta02.smt is the one to look at with
--decision=justificaiton, the delta minimized version of pp-regfile,
which also gives wrong answer. due to various commits/fixes, delta01
gives correct answer currently.

This is an attempt to fix the bug in the justification heuristic. The
other minor change is removing dependency of header file in
theory_engine.h

It fixes all known wrong answers in QF_BV and QF_AUFBV. It doesn't fix a
wrong answer for QF_AUFLIA -- it is currently unclear what is the cause
of this bug, could be sharing.

Performance impact (turns out) is none on QF_BV and QF_AUFBV (except, of
course, those for which the answer was wrong earlier; and also perhaps
one or two off-cases)

The issue was with how the infinite loop in justification stuff was prevented.
To keep it short, I skip what was wrong earlier, and this is what is done
now:
* whenever an atomic formula is seen, a list of pairs of <IteSkolemVariable,
  AssertionCorrespondingToIteSkolem> is created for each skolem occuring in
  the atom.
* we iterate over this list, doing the following: check if skolem is marked
  as visited. if not, mark visited, recurse, when back unmark.

I lied, I will tell you what was being done earlier was -- 1. the check for
not being visited was being done in each recursive call, not just for atoms.
2. The AssertionCorrespondingToIteSkolem was being used to check if something
is visited and not IteSkolemVariable. I don't know if this makes any
difference, but anyhow, I think this is cleaner & clearer, so I keep this.

updated build script for smt-comp submission

changing theoryOf in shared mode with arrays to move equalities to arrays
disabled in bitvectors due to non-stably infinite problems

the option to enable it is --theoryof-mode=term

Fixing if condition for trivial equalities in arithmetic. Also some whitespace issues in smt_engine.cpp.

Bug fix in justification heuristic. Had to do with how
a "visited" node in the recursive findSplitter method was
handled (which would lead to infinite loop). Earlier,
they were ignored assuming the ancestor would split on it
later. The right thing to do is to split on it right away.

(Fixes errors from the fuzzer, not the ones from last night's
regression)

Reverting rewrite rule to working version

Fixes some assertion failures

Fix for incompleteness bug with decision engine: repeated simplification
could introduce additional assertions that were not beign processed by the
decision engine.  Now these assertions are merged in with pre-ITE-removal
assertions, ensuring the decision engine sees them.

Fixing mac compilation issues.

one bug fixed

WIP

fixing the problems with the bvminisat. there was a case when things would get bitblasted, it would restart to add the clauses, and loose propagation information.

add failing regression, move error up

Fixing a case for explanation of non-normal form equalities.

bug fixes in justification heuristic
* remove assert iteSkolemMap gives ite-s (not true with repeatSimp)
* handle a corner case in findSplitter triggered by repeatSimp