(proof-new) Make shared solver proof producing (#5169)

This makes the shared terms database use a proof equality engine as a layer on top of its equality engine, analogous to how this done in theories.

Allow for theory combination of strings with nonlinear real arithmetic. (#5111)

This PR makes sure that enabling strings and nonlinear real arithmetic at the same time works fine.
Right now, the configuration for strings enforces linear arithmetic if no integers are enabled, in particular for NRA.

Fixed #5109.

Decouple modules from TheoryArithPrivate (#5184)

This decouples the arithmetic rewriter, the operator eliminator and the non-linear extension from TheoryArithPrivate and performs some minor cleanup.

This is in preparation for further refactoring of (lazy) arithmetic operator elimination.

(proof-new) New proofs in arith::Constraint::externalExplain (#5176)

This commit threads proofs through the core of arith:
Constraint::externalExplain, which recursively explain arith literals.
One of the base cases here is asking the EE for an explanation, through
the congruence manager. To delay implementing proofs in
ArithCongruenceManager to a separate commit, we stub out proof
production in ArithCongruenceManager::explain for now.

Remove duplicate declarations in th_bv.plf (#5183)

I think this is dead code now, but still good to fix.

SyGuS: Add min/max (sub)normal constants to FP default grammar. (#5185)

(proof-new) Make arrays proof producing (#5112)

This includes adding a basic inference manager to arrays that ensures that the correct applications of PfRule are given to the inference manager.

Note that some calls to lemma are yet to be converted. Also note that some minor simplifications were made for unnecessary parts of the code.

Add additional ground terms to SyGuS instantiation grammar (#5167)

This PR adds options to add additional ground terms to the SyGuS instantiation grammars.

Update theory of arithmetic to standard check (#5178)

This updates the theory of arithmetic to use the standard check callbacks (preCheck, postCheck, preNotifyFact, notifyFact). It also refactors some use of the non-linear solver which will solely live in TheoryArith.

The longer term goal is to have TheoryArithPrivate be responsible for linear arithmetic solving only, and to be treated as a black box. Eventually, the non-linear solver will be removed from this class.

This PR is required for several things, including refactoring of preprocessing and expand definitions for arithmetic (div/mod will not be eliminated eagerly). It is also required for fixing issues related to div/mod appearing in instantiations.

This is the last class to have a custom check method. Followup PR will make Theory::check non-virtual.

FloatingPoint: Add utility functions for largest and smallest normal. (#5174)

Allow to use the initial assignment for CAD (#5177)

While the CAD subsolver already provided for a way to use the linear model to seed the model search, it was not actually used yet.
This PR now does use it, though it is disabled by a Boolean flag.

(proof-new) Preprocessing passes use proper interfaces to assertions pipeline (#5164)

This PR eliminates all uses of assertions pipeline that are not proper, which two-fold:
(1) The assertion list should never be modified in a custom way (without going through replace / push_back),
(2) Places where an assertion is "conjoined" to an existing spot in the vector should use conjoin instead of replace.
This is required for proper proof generation.

This fixes CVC4/cvc4-projects#75.

Make SygusSolver use sygus attributes directly (#5172)

Previously, the SmtEngine was using an interface through TheoryEngine to set user attributes to indicate that e.g. a synth-fun is associated with a given grammar. Since SmtEngine and its members are internal now, this can simply be done directly via attributes. This makes it so that SygusSolver does not depend on TheoryEngine nor does it require the TheoryEngine to be initialized at the time a synth-fun is created.

Add GH action to cancel previous pending/running CI builds. (#5175)

GH introduced a new workflow event pull_request_target that now makes it
possible to cancel builds on the base repository.

BitVector: Extend interface of setBit to set it to a specific value. (#5173)

Previously, BitVector::setBit only allowed to set the bit at the given
index to 1. This changes its behavior to be also able to set it to 0.

FloatingPoint: Add utility functions for largest and smallest subnormal. (#5166)

Remove too strict assertion to allow for approximate models (#5168)

This PR simply removes an assertion that would trigger whenever the arithmetic theory asserts a model that contains something else than a constant. This can be the case with witness terms.
In offline discussion we concluded that this discussion was overly strict. Note that these examples may still hit an error during model validation (Cannot run check-model on a model with approximate values.).
This PR also fixes a debug output I found during debugging.

Fixes #5113.

Add missing includes. (#5170)

The strategy class added in #5160 was missing the proper includes for std::ostream. For some reason it works for most configurations, but triggers compilation errors in certain cases.

Add strategy for nonlinear extension (#5160)

This PR adds a flexible strategy for the nonlinear extension that replaces the handwritten code in checkLastCall().

Dynamic allocation of equality engine for shared solver (#5152)

This updates shared solver to have dynamic allocation of equality engine, analogous to theory solvers.

(proof-new) Add the term conversion sequence generator (#5097)

This class will be used in the theory preprocessor and is planned to be used in other preprocessing passes that can be understood as sequences of rewrite systems.

[proof-new] Adds a proof manager for prop engine (#5162)

Also fixes some weird orderings in src/CMakeLists.txt

Fix bags headers (#5165)

Fix bags headers

(proof-new) Add proof managers and eager gens to arith (#5159)

This commit threads ProofNodeManager, EagerProofGenerator, etc
throughout the arith theory into the appropriate locations. These
objects are currently unused, but will be used in future commits.

Crediting Andy, since he set up some of this.

Co-authored-by: Andrew Reynolds andrew.j.reynolds@gmail.com

(proof-new) Fixes for preprocess proof generator and proofs in assertion pipeline (#5136)

This PR makes several fixes to preprocess proof generator, making it user-context dependent and making it avoid cyclic proofs. It additionally makes assertion pipeline a new interface "conjoin" which should always be used when we conjoin a new assertion to an old position in the assertion vector. It also removes an unnecessary interface to assertion pipeline.

Next PRs will clean up the use of assertions pipeline in all preprocessing passes to use the proper interfaces. This includes removing non-constant references to assertions, which has been fixed on proof-new.

[proof-new] Adds a proof post processor for the Prop Engine (#5161)

The post processor connects the two proofs in the prop engine: the refutation proof in the SAT solver and the CNF transformation proof in the CNF stream. The proof generators from theory engine in the latter are also expanded during the connection.

[proof-new] Updates to proof node updater (#5156)

[proof-new] Adds a proof-producing CNF converter (#5137)

A proof generator that wraps the original CNF stream, to be used when the prop engine is proof producing. It tracks in a lazy cdproof both the concrete clausification steps and the proof generators of the formulas being clausified (in particular, theory lemmas).

Clean up nonlinear extension (#5149)

This PR performs some cleanups in the nonlinear extension, in particular it removes the old lemma collection scheme. It is no longer needed, as all subsolvers use the inference manager.

Reset assertions on resetAssertions (#5153)

The assertions object is currently not cleared on resetAssertions, only the prop engine is reset. This means that if a user added assertion, did not use them in a check-sat, and then called reset-assertions, they would not be removed from the assertions pipeline (storing the pending assertions before they are sent to the prop engine).

This fixes #5144.

Add utilities for arith/proof_checker and build it (#5157)

The arith proof checker was not being built (not in cmake). Now it is. A
few dependencies were missing.

[proof-new] Removing spurious forward declaration in CnfStream (#5155)

[proof-new] Adds a proof node hash function (#5154)

Disable regression that is timing out (#5142)

Seems to be timing out on 1/5 of our CI runs currently.

Minor fixes to quantifiers proofs (#5151)

Includes minor changes to the proof checker and a fix in the instantiate module.

[proof-new] Adds a proof manager for the SAT solver (#5140)

Tracks the refutation proof built by Minisat. See the header for extensive explanations.

This commit also adds a few dependencies for the SAT proof manager to work (making it a friend of the SAT solver, getting the cnf stream from theory proxy, having lazy cdproof chain give all the links).

Implement bags rewriter (#5132)

This PR implements rewrite rules for bags. This PR focuses on rewrite rules for non constant nodes.
Rewriting nodes with constant children is delegated to bags::NormalForm class (future PR).

Add new arithmetic BoundInference class (#5148)

This PR adds a new utility class that extracts bounds on single variables from theory atoms like x > 0 or y <= 17. It does not perform further reasoning (like recognizing x > y with y > 3 as a bound).
Note that the functionality was introduced in arith/nl/icp/variable_bounds.h, but is now available using Node only.
This PR also replaces the VariableBounds by BoundInference in the icp solver which allowed for checking the code.

Fix sygus quantifier elimination preprocess for multiple functions (#5130)

The option --sygus-qe-preproc performs quantifier elimination to coerce certain synthesis conjectures to be single invocation. This technique was broken when multiple synthesis functions were present. This fixes the issue and adds a regression where --sygus-qe-preproc enables a benchmark to be quickly solved.

Use inference manager for nl_solver (#5125)

This PR migrates the nl_solver part of the nonlinear extension to use the new inference manager as well.
It adds a new method clearWaitingLemmas to the inference manager and uses ArithLemma (though NlLemma exists) as we don't need the additional functionality of NlLemma.

Connect the shared solver to theory engine (#5103)

This makes SharedSolver the main communication point for TheoryEngine during solving for combination-related solving tasks. This class is a generalization of SharedTermsDatabase, and in the distributed architecture is a wrapper around shared terms database.

It has 5 callbacks in theory engine: for preregistration, preNotifyFact (which calls addSharedTerms on theories), assertSharedEquality, explain, getEqualityStatus.

This PR has no intended behavior changes.

FYI @barrettcw

Use original quantified formula for single invocation reconstruction (#5129)

This fixes an issue with single invocation solution reconstruction where the preprocessed quantified formula contains internal skolems, thus prohibiting reconstruction. The solution is to use the original quantified formula when doing solution reconstruction. This adds a regression demonstrating the issue.

Restrict bvxnor to only allow two operands (was n-ary). (#5138)

Bit-vector operator bvxnor was previously mistakenly marked as
left-assoicative in SMT-LIB. This has recently been corrected in
SMT-LIB. We  now restrict bvxnor to only allow two operands in order to
avoid confusion about the semantics, since the behavior of n-ary
operands to bvxnor is now undefined in SMT-LIB.

Make sygus refinement step more robust to unevaluatable counterexamples (#5102)

Currently, the CEGIS refinement loop of the sygus solver may terminate with "unknown" when a duplicate counterexample is generated. This is caused by a candidate t for a conjecture exists f. forall x. G[f, x] such that:

(1) G[t, c] evaluates to a non-constant expression,
(2) ~G[t, k] is satisfiable with model k = c.

Notice this exclusively limited to theories with incomplete functions, e.g. (non-linear) division.

In this case, we know that t is an incorrect solution, but the counterexample we found was not new.

Currently, we abort with "unknown" since the counterexample was not new. After this PR, we exclude t and continue, which is uncontroversially the correct behavior.

This PR moves the resposibility for lemma from synth engine to synth conjecture, which simplifies the behavior of the main check conjecture method.

Cleaning and documenting cnf stream (#5134)

Moreover changes assertClause to return a bool, which is gonna be used by the proof cnf stream.

SyGuS: Add default grammar for FP. (#5133)

 Function definition fmf preprocessing pass (#5064)

This defines the function definition finite model finding as a proper preprocessing pass.

This is required for cleaning/fixing bugs in the preprocessor on proof-new.

There are no intended behavior changes in this PR, although the code for the pass was updated to the new style guidelines.

Modify lemma vs fact policy for datatype equalities (#5115)

This changes the lemma vs fact policy for datatype equalities. Previously, datatype equalities were sent as lemmas unless they were over datatypes that were composed of datatypes only. This is now changed so that equalities that do not involve direct subterms with finite non-datatype types are kept internal.

The primary type of equality that this targets are "Instantiate" equalities, e.g. the conclusion of:
(is-cons x) => x = (cons (head x) (tail x))
These equalities have been observed to generate large amounts of new terms for many benchmarks.

With this PR, the the challenging Facebook benchmark goes from 2 min 45 sec -> 29 sec. If the instantiate rule is disabled altogether, it still correctly solves, and is faster (~14 seconds), which however is not correct in general.

This change triggered two other issues:
(1) A relations benchmark involving transitive closure now times out. This has been a common issue for the relations solver and should be revisited.
(2) A potential issue with doPendingLemmas in InferenceManagerBuffer was uncovered. In rare cases, we can be re-entrant into this method since OutputChannel::lemma may trigger further preregistration of terms, which can trigger a recursive call to doPendingLemmas in the case of datatypes, which causes a segfault due to corrupting an iterator. This PR adds a simple guard for this method.

This PR also fixes some existing issues in computing cardinality for parametric datatypes.

Disable cegqi-bv when using sygus (#5124)

This disables the CAV 2018 techniques for BV quantifier instantiation when solving sygus since they may generate terms with witness in them. This adds a regression where this occurs.

I've opened an cvc4 projects issue to revisit this (CVC4/cvc4-projects#227).

Make IAND solver use inference manager. (#5126)

This PR moves the iand solver (within the nonlinear extension) to use the new inference manager to send lemmas.

Missing format from #5112.

bv2int: new options for bvand translation (#5096)

Currently, (bvand x y) is translated into a sum of ITEs.
This PR introduces two more options for the translation of (bvand x y):

bv: cast the integer translations of x and y back to bit-vectors, do a bvand, and cast the result to integers.
iand: use the builtin iand operator.
These options are added to many of the tests, and some new tests are added.
In addition, some tests are cleaned up (e.g., removing --no-check-unsat-cores for satisfiable benchmarks).
Finally, some tests are moved from regress0 to regress2 because they take several seconds to complete (2 -- 10 seconds).

Allow E-matching by default when strings are enabled (#5117)

This does not disable E-matching when strings are enabled with --strings-exp, due to potential applications where strings are combined with user-provided quantified formulas.

Notice that by default, we do not want E-matching applied to quantified formulas corresponding to reductions for extended string functions. To correct this, all quantified formulas generated by strings are marked with an "internal quantified formula" attribute, which causes E-matching to ignore them. This feature can in theory be generalized later for other internal sources of quantified formulas.

New C++ API: Catch and throw recoverable exception. (#5122)

This allows to distinguish recoverable from non-recoverable exceptions,
and recover if possible.

FP: Use Assert instead of AlwaysAssert in traits::(pre|post)condition. (#5121)

For the same reason as in #5119.

Refactor Commands to use the Public API. (#5105)

This is work towards eliminating the Expr layer. This PR does the following:

Replace Expr/Type with Term/Sort in the API for commands.
Remove the command export functionality which is not supported.
Since many commands now call the Solver functions instead of the SmtEngine ones, their behavior may be a slightly different. For example, (get-unsat-assumptions) now only works in incremental mode. In some cases, CVC4 will not recover from non-fatal errors.

Fix type issue with term formula removal (#5107)

We currently are using lookups with uint32_t but storing with int32_t. Somehow the compilers don't complain, but I noticed this was mismatched.

[Python API] Conversion to/from Unicode strings (#5120)

Fixes #5024. This commit adds a conversion from constant string terms to
native Python Unicode strings in Term.toPythonObj() and improves
Solver.mkString() to accept strings containing characters outside of
the printable range.

FP: Use Assert instead of PRECONDITION macro in converter. (#5119)

The FP converter (= word blaster) uses a PRECONDITION macro that is
defined in symFPU (if included) and calls traits::precondition. This is
a problem for two reasons. First, traits::precondition calls
AlwaysAssert, and PRECONDITION is called for every word-blasted node, so
this can be expensive. Second, in case of an assertion failure, we get
very generic failure messages, that don't allow to distinguish between
failures and are absolutely non-descriptive:

Check failure

b
This fixes both issues.

@martin-cs

Add simple BV solver (#5065)

This PR adds a simple BV solver that sends bit-blasting lemmas to the internal MiniSat.

Add skeleton for theory of bags (multisets) (#5100)

This PR adds initial headers and mostly empty source files for the theory of bags (multisets).
It acts as a basis for future commits.
It includes straightforward implementation for typing rules an enumerator for bags.

Fix compilation without LibPoly (#5118)

Commit e969318 introduced the ICP-based
solver for nonlinear arithmetic. That code, however, depends on LibPoly.
When configuring CVC4 without LibPoly, the code doesn't compile because
the class ICPSolver is missing. This commit adds a dummy version if
ICPSolver to remedy the issue.

Add method to get Python object from constant value term in Python API (#5083)

This PR addresses issue https://github.com/CVC4/CVC4/issues/5014. It simply interprets the SMT-LIB string representation and produces a Python object. It currently supports booleans, ints, reals, bit-vectors, and arrays. The method (`toPythonObj`) is only valid to call if `isConst` returns true.

Update copyright header script to support CMake and Python files (#5067)

This PR updates the update-copyright.pl script to also update/add copyright headers to CMake specific files. It further fixes a small typo in the header.

ICP-based solver for nonlinear arithmetic (#5017)

This PR adds a new icp-based solver to be integrated into the nonlinear extension.
It is not meant to be used as a stand-alone ICP solver. It does not implement splits (only propagations) and implements a rather aggressive budget mechanism that aims to quickly stop propagation to allow other solvers to take over. Additionally, it enforces a maximum bit size to avoid divergence.

Require dumping in a dumping test (#5108)

Add ; REQUIRES: dumping to a dumping test.
Fixes nightlies.

(proof-new) Add the arrays proof checker (#5047)

Includes adding the standard method for constructing the extensionality skolem using the skolem manager.

More flexible design for model manager distributed (#4976)

This PR makes it so that the distributed model manager can be used independently of the architecture for equality engine management for theories, meaning the choice of using a separate equality engine for the model can be done in both the current distributed architecture, or the proposed central architecture (where there would be 2 equality engines, the central one and the model one). The "central model manager" on the other hand will only be combined with the central architecture. This will make it easier to test the centralized equality engine manager, since all things related to model construction can be preserved when using a central architecture.

This PR moves some of the responsibilities from the (distributed) equality engine manager to the distributed model manager, including the management of the context of the model equality engine and the allocation of its equality engine.

This PR is not intended to make any behavior changes to the current architecture.

Standardize equality engine notifications in sets (#5098)

Fix assertion list for globally defined recursive functions (#5084)

This was uncovered by a (spurious) proof checking failure on proof-new.

Add the shared solver (#4982)

This PR adds the definition for the "shared solver", it does not connect it to TheoryEngine/CombinationEngine yet. This is an object that behaves like a "glue" theory solver and has a special role in TheoryEngine.

In the current architecture, the "SharedTermsDatabase" is the "shared solver", although in the central architecture, the shared solver will be required to behave differently. This PR adds the abstract definition of shared solver, where notice SharedSolverDistributed is a thin layer on top of SharedTermsDatabase.

In a followup PR, CombinationEngine will maintain a shared solver and ~5 blocks of code in TheoryEngine will be callbacks to the SharedSolver. Also, eventually the code for SharedTermsDatabase should be split: the parts involving equality reason/propagation/explanation should be migrated into SharedSolverDistributed, and the parts related to registration will remain in SharedTermsDatabase (to also be used in the planned SharedSolverCentral).

FYI @barrettcw

bv2int: quantifiers support (#5080)

This PR adds quantifiers support for bv2int preprocessing pass, and adds regressions that use quantifiers.

Fix muzzled builds (#5093)

Commit 2c2f05c moved some function
definitions from dump.h to dump.cpp, which is good. However, the
corresponding definitions for muzzled builds weren't moved, so muzzled builds
defined the operator << multiple times. This made our nightly
competition build fail. This commit fixes the issue by moving the
alternative definitions to the source file as well.

[proof-new] Proof utilities for normalizing clauses at the Node level (#5089)

Extends Theory Proof Step Buffer. These utilities are used so that we can account for the fact that Minisat silenly does these transformations on added clauses.

Logic exception for arrays indexed by arrays (#5073)

This throws a logic exception when a term of array type whose index is also an array is registered to the theory of arrays.

It refactors the preRegisterTermInternal method of arrays so that all non-equality terms are added to the equality engine in the same block of code, which also checks for the type.

Fixes #4237.

FYI @barrettcw

[Strings] Fix extended equality rewriter (#5092)

Fixes #5090. Our extended equality rewriter was performing the following
unsound rewrite:

(= (str.++ Str13 Str5 Str16 Str13) (str.++ Str5 Str16 Str13 "cjyfqapanogtdznjbtqlfrmmfauwjdpvnhfpfhzsxaarlfvlvs")) ---> (and (= (str.++ Str13 Str5) Str5) (= (str.++ Str16 Str13) (str.++ Str16 Str13 "cjyfqapanogtdznjbtqlfrmmfauwjdpvnhfpfhzsxaarlfvlvs")))
The rule being applied was SPLIT_EQ_STRIP_R. The rewrite was applied
due to the following circumstances:

The rewriter found that (str.++ Str13 Str5) is strictly shorter than (str.++ Str5 Str16 Str13 "cjyfqapanogtdznjbtqlfrmmfauwjdpvnhfpfhzsxaarlfvlvs")
The rewriter stripped the symbolic length of the former from the
latter
stripSymbolicLength() was only able to strip the first component, so
there was a remaining length of (str.len Str13)
The rule SPLIT_EQ_STRIP_R, however, was implicitly assuming that the
symbolic length can either be stripped completly or not at all and was
not considering the case where only a part of the length can be
stripped.

The commit adds a flag to stripSymbolicLength() that makes the
function only return true if the whole length can be stripped from the
input. The commit also refactors the code in stripSymbolicLength()
slightly.

Note: It is not necessary to try to do something smart in the case where
only a partial prefix can be stripped because the rewriter tries to
apply the rule to all the different prefix combinations anyway.

(proof-new) Updates to proof node updater algorithm (#5088)

This updates the proof node updater so that we apply updates to a fixed point, stopping if the proof node is not updated or if the callback explicitly tells us not to continue. This also fixes an issue where proof nodes would be updated to SCOPE and incorrectly traversed after updating.

This additionally adds debugging feature to proof node updater to track the moment at which an unexpected free assumption is introduced by an update.

(proof-new) Rewrites involving operators in term conversion proof generator (#5072)

In some cases, e.g. witness form conversion, we require traversing to operators in term conversion proofs. This updates the term conversion generator to support (term-context-sensitive) rewrites involving operators using HO_CONG. This requires updating the term context utilities with support for operators.

(proof-new) Fixes for theory engine proof generator (#5087)

Fixes an issue where conflicts stored in the theory engine proof generator where expecting to be (=> F false) instead of (not F).

[proof-new] Have mkScope agnostic to True assumptions (#5086)

(cad-solver) Fix square-free-basis computation (#5085)

This PR fixes a subtle issue when making the polynomials of two subsequent (overlapping) intervals relative square-free. We now make sure that the resulting polynomials are ignored (if constant) or pushed to the lower dimension (if lower main variable). Also, we now appropriately update the main polynomials of the corresponding intervals.

Reduce recursion in term formula removal (#5052)

This reduces the use of recursion in term formula removal module. The recursion depth is now limited to the number of term positions on a path where a formula must be removed, instead of being limited to the overall formula depth. This PR also fixes some documentation.

Notice for its main cache d_tfCache, this class uses a CDInsertHashMap (instead of a CDHashMap) which does not allow inserting more than once, hence an auxliary "processedChildren" vector had to be introduced to track whether we have processed children. It's not clear to me whether we should just use the more standard CDHashMap, which would simplify this.

One non-linear arithmetic regression went unsat -> unknown, I added --nl-ext-tplanes to fix this.

This should fix #4889. It is possible to further reduce the recursion in this pass, which can be done on a followup PR if needed.

Use new inference manager in transcendental solver (#5022)

This refactors the transcendental solver to add lemmas to the new inference manager instead of using the old lemma collection scheme.

Do not allow to build Python bindings if building statically (#4784)

This PR disables building the Python bindings if you're doing a static build (which makes sense, because there's no such thing as a "static" Python module).

Signed-off-by: Andrew V. Jones andrew.jones@vector.com

Further standardization of datatypes (#5076)

We now have no custom calls to equality engine explain, and only 2 manual calls to equality engine (in its entailment check). This also updates the notify class to the standard one.

This commit makes datatypes ready to start work on proofs.

Dumping internal define-funs with no arguments (#5077)

Currently, --dump=assertions:... fails if a define-fun command is executed internally (an example for this can be found here.

The failure occurs because the printer expects a range type whenever a define-fun command is executed. However, when this command is used for 0-ary functions (variables), the getter for the range fails.

This PR fixes this by asking for a range only if the type is indeed a function. Otherwise, the original type is printed.

A test that currently fails but passes with this PR is included.

Only rewrite replace_re(_all) if regexp is const (#5075)

Fixes #5074. This commit fixes an issue in the rewriter of
str.replace_re and str.replace_re_all. For both operators, we do two
kinds of rewrites: (1) If the first argument is a constant, then we
check whether the regular expression appears in that constant and (2) we
check whether the regular expression matches the empty string. Both of
those checks were assuming a constant regular expression but there was
no guard in place for it. This commit adds the missing guard.

Dump commands in internal code using command printing functions. (#5040)

This is work towards migrating commands to the new API. Internal code that creates command objects just for dumping is replaced with direct calls to functions that print the those commands.

Add buffered inference manager to TheorySep (#5038)

This makes TheorySep use a standard buffered inference manager. Notice the behavior in TheorySep::doPending was simplified to assert both facts and lemmas. Previously, this was doing something strange: if there were any lemmas, then both facts and lemmas would be processed as lemmas, otherwise the facts would be processed as facts. Notice that TheorySep currently does not use facts by default. This design can be addressed in the future.

Note this PR eliminates the need for a custom explain method in TheorySep.

[proof-new] Adds Lazy CDProof chain data-structure (#5060)

A proof generator to facilitate connection of locally independent but globally dependent proofs. In particular this will be used to model the resolution chains done in Minisat.

Refactor collectModelInfo in TheoryArith (#5027)

This is work towards updating the arithmetic solver to the new standard, and in particular isolating TheoryArithPrivate as the "linear solver", and TheoryArith as the overall approach for arithmetic.

This transfers ownership of the non-linear extension from TheoryArithPrivate to TheoryArith. The former still has a pointer to the non-linear extension, which will be removed with further refactoring.

This PR additionally moves the code that handles the interplay of the non-linear extension in TheoryArithPrivate::collectModelInfo to TheoryArith, and simplifies the model interface for TheoryArithPrivate.

bv2int: support models in tests (#5068)

Previous changes in this preprocessing pass have already enabled model generation when using it.
However, the satisfiable tests still had --no-check-models.

The changes in this PR:

All --no-check-models from current tests for the preprocessing pass are removed.
Refactoring of the relevant part of the code.
Solves CVC4/cvc4-projects#128.

Remark: disabling white-spaces when reviewing this PR is recommended.

[proof-new] Extending eqproof conversion to HO congruence (#5071)

[proof-new] Resolution rules and checkers (#5070)

[proof-new] A simple proof generator for buffered proof steps (#5069)

This commit also modifies proof equality engine to use this new proof generator rather than the FactProofGenerator, on which this new one is based.

Co-authored-by: Andrew Reynolds <andrew.j.reynolds@gmail.com>

(proof-new) Make proofs mandatory in proof equality engine (#5059)

All uses of proof equality engine are now guarded such that the ordinary equality engine is used when proofs are not enabled. Thus, we can make proofs mandatory in proof equality engine. This eliminates the need for some guards.

Some indentation changed, but there are no additions in this PR.

Move sets member propagation to SolverState (#5045)

This eliminates the parent relationship from solver state to theory sets.

Rename system tests to api tests and remove obsolete Java test. (#5066)

Move quantifiers engine private to own file (#5053)

This moves and renames the quantifiers engine private class to QuantifiersModules. This is in preparation for using a standard state and inference manager object in TheoryQuantifiers and QuantifiersEngine.

Initializing quantifiers engine is a bit non-standard since it is intentionally a separate entity from TheoryQuantifiers. However, the plan is for quantifiers engine to use the state and inference manager of TheoryQuantifiers.

This PR additionally moves the initialization of quantifiers modules to a QuantifiersEngine::finishInit() method. The motivation for is that we do not have a state and inference manager during construction of QuantifiersEngine, since these will live in TheoryQuantifiers and will be passed to QuantifiersEngine during TheoryQuantifiers::finishInit. This means that we need a final pass to initialize quantifiers engine after these are initialized, which thus must come as the last step of TheoryEngine::finishInit.

The next PR will connect the state and inference manager to QuantifiersEngine during TheoryQuantifiers::finishInit. Then, the plan is for many of the core utilities in QuantifiersEngine to migrate to state/inference manager, and finally for its modules to reference state and inference manager instead of QuantifiersEngine.

Fix needsModel method for CEGQI (#5048)

There was a bug in CEGQI's needModel method which could say that it doesnt need a model built when there are no active quantifiers. However, computing active quantifiers is not done in QuantifiersEngine::check until after this method is called, meaning it was using stale data on whether a quantifier was active or not. This could lead to the use of bogus models in CEGQI in incremental mode in some corner cases, leading to the assertion failure in #5019.

Fixes #5019.