more tests, configuration for UF

Merge from "cc" branch:

CongruenceClosure implementation; CongruenceClosure white-box test.

New UF theory implementation based on new CC module.  This one
supports predicates.  The two UF implementations exist in parallel
(they can be selected at runtime via the new command line option
"--uf").

Added type infrastructure for TUPLE.

Fixes to unit tests that failed in 16-August-2010 regressions.
Needed to instantiate TheoryEngine with an Options structure, and
explicitly call ->shutdown() on it before destruction (like the
SMTEngine does).

Fixed test makefiles to (1) perform all tests even in the presence of
failures, (2) give proper summaries of subdirectory tests
(e.g. regress0/uf and regress0/precedence)

Other minor changes.

Add "no trash" CDMap elements, so that CDMap elements can themselves
be allocated in context memory.  CDMap black-box test extended.

Change TheoryEngine to use pointers to theories instead of
calling them directly.  In tests this doesn't appear to
lead to slowdown.

add zlib checks to configure (new minisat requires it?)

Fixing failures in minisat

renaming minisat .C to .cc

Adding the changes to the original copy

Importing MiniSat2 070721 into trunk

Removing newer version of MiniSat for Dejan's preferred import

Importing MiniSat2 2.2.0 into trunk

Removing old version of MiniSat for proper vendor import

Adding configuration_private.h to allow inlining of configuration checks

fix TheoryEngineWhite, add documentation; related to bug #188

Adding TypeCheckingException to throws clause in SMT parsers

Forcing a type check on Node construction in debug mode (Fixes: #188)
NOTE: mkNode/mkExpr/parsing functions can now throw type checking exceptions

fixed theory engine white test for new (old) theoryOf() behavior (re: bug 188)

Moving EQ->IFF handling from TheoryEngine to parser/type checker

Adding optional 'check' parameter to getType() methods

incorporate a fix from smtcomp2010 version for handling CNF of (= bool bool); also make theoryOf(= t1 t2) return theoryOf(t1.getType()), rather than theoryOf(t1), as the latter gives different results for (= (geq x1 x2) (leq x2 x1)) and (= a (leq x2 x1)), which is strange and causes problems.  should discuss at tuesday meeting.  resolves bug 187.

Added test file for fuzzsmt bug, bug187.smt2.

add >, <=, and >= comparisons for Exprs and Nodes

Fix for the type in sat propagation.

the tableaux optimization

Moving cluster-qf_lra-full to scripts project

Moving cluster-qf_lra-benchmark to scripts project

Adding missing operators in SMT2 parser: UMINUS, DIVISION, GEQ, LEQ

Fixing Array type in SMT v1.2

I am adding my smt-crunch scripts to source control.  Others may find them useful. To use them, log into goedel, sudo su acsys-user, and run ./cluster-script PATH_TO_EXECUTABLE. Be sure to change the email address in the script before using it. Improvements are of course welcome.

context work to support cdmaps with elements allocated in context memory

Updates to the post_mortem.py script.

Shared term manager tested and working
It is currently tracking all asserted equalities for simplicity.
Might want to check if this is a performance hit

Making plus-mult.cvc test a bit more torturous (as enabled by r744)

Fixes arith rewriter to allow for division by a constant. It previously only allowed for a constant divided by a constant.

Fixing test plus-mult.cvc by making it linear (Fixes: #184)

minor changes to cdmap/cdset interface for detection of duplicate inserts

chris and i committed the same fix; reverting the (now duplicated) fix

Updated headers

Added shared term manager.  Basic mechanism for identifying shared terms is
working.  Still need to implement theory-specific shared term propagation.

Disabling failing tests

add exit status to regression that was failing

some build system changes reverted after the CLN build system work a few days ago, these are now fixed:  competition configurations build with -O9 (as they used to); they are static-binary by default and shared libs are not built; also the default autoconf compiler flags "-g -O2" is removed from builds

competition submission should be fully static

fixed submission target

things for competition upload: new "make submission" target

Adding tests for precedence of arithmetic in CVC inputs

Adding config.reconfig to .gitignore

Fixed exit status for competition mode.

Don't eagerly collect zombies.  This should speed up things for competition but might flush out some memory issues.  Passes all regressions so far..

add Configuration::isCompetitionBuild() and some main driver fixes

fix crash on command line parsing

Moved registration to theory engine

Adding Array types to SMT2 parser

Adding arithmetic symbols to CVC parser (Fixes: #176)

merge from CC work: pieces of the parser need to be declared to throw AssertionException, and language enum should have stream insertion op

Fixes for doubled-statistics (bug 171), a fix to muzzled builds and some minor code
cleanup found while searching for additional cases.  Closes bug 171.

add regressions from bug reports

better exception wording, assertion-handling in multiple-exception case; resolves bug 175.  also newer URL for config/pkg.m4

better exception wording, assertion-handling in multiple-exception case; resolves bug 175.  also newer URL for config/pkg.m4

workaround for strange CIMS installation of automake; resolves bug 172: autogen fails on CIMS machines

Added Cesare to list of authors

Changed AUTHORS - removed references to earlier CVC tool authors

Considerably simplified the way output streams are used.  This commit
should have no impact on production performance and speed up debug
performance considerably, while making the code much cleaner.  On some
benchmarks, debug builds now run _much_ faster.

We no longer have to sprinkle our code with things like:

  if(debugTagIsOn("context")) {
    Debug("context") << theContext << std::endl;
  }

which we had to do to get around performance problems previously.
Now just writing:

  Debug("context") << theContext << std::endl;

does the same in production and debug builds.  That is, if "context"
debugging is off, theContext isn't converted to a string, nor is it
output to a "/dev/null" ostream.  I've confirmed this.  In production
builds, the whole statement inlines to nothing.  I've confirmed this
too.

Also, "Debug" is no longer a #definition, so you can use it directly
in production builds where you couldn't previously, e.g.

  if(Debug.isOn("paranoid:check_tableau")) {
    checkTableau();
  }

I'm leaving debugTagIsOn() for now, but marking it as deprecated.

assigning benchmark statuses

better detection for static binary building

fix to production build

enable arrays

don't do extra-checking for all regressions; that's probably a bad default

With "-d extra-checking", rewrites are now checked (after
post-rewrite, another full rewrite is performed and the results
compared).

Also added another response code to rewriters.  Theories return a
CVC4::theory::RewriteResponse from preRewrite() and postRewrite().
This class has nice subclasses to make the theory rewriters somewhat
self-documenting in termination behavior.  They look like
tail-recursive rewriting calls, but they're not; they are
instantiations of the RewriteResponse result code, which carries the
Node being returned:

  // Flags the node as DONE pre- or post-rewriting, though this is
  // ignored if n belongs to another theory.
  //
  // NOTE this just changed name from RewritingComplete(), which
  // didn't match RewriteAgain().
  //
  return RewriteComplete(n);

  // Flags the node as needing another pre-rewrite (if returned from a
  // preRewrite()) or post-rewrite (if returned from a postRewrite()).
  //
  return RewriteAgain(n);

  // Flags the node as needing another FULL rewrite.  This is the same
  // as RewriteAgain() if returned from preRewrite().  If it's returned
  // from postRewrite(), however, this causes a full preRewrite() and
  // postRewrite() of the Node and all its children (though the cache is
  // still in effect, which might elide some rewriting calls).
  //
  // This would have been another fix for bug #168.  Its use should be
  // discouraged in practice, but there are places where it will
  // probably be necessary, where a theory rewrites a Node into
  // something in another theory about which it knows nothing.
  // A common case is where the returned Node is expressed as a
  // conjuction or disjunction of EQUALs, or a negation of EQUAL,
  // where the EQUAL is across terms in another theory, and that EQUAL
  // subterm should be seen by the owning theory.
  //
  return FullRewriteNeeded(n);

bug 168 fixed (TheoryEngine::rewrite is not fully rewriting to a fix point); problem had to do with the builtin theory post-rewriting DISTINCT into an arithmetic term not in normal form.  fix was to do DISTINCT rewriting in pre-rewrite.  note that this doesn't add to the amount of theory rewriting work that needs to be done, because everything is cached

make dist && make distcheck functional, other fixes

fix warnings

better config.reconfig script auto-generated

With this commit come a number of changes to build system to support
building with CLN or with GMP, the contrib/switch-config script
(enabling "fast switching" of different configurations in the same
builds/ directory), and also some minor changes.

./configure --with-gmp     (or --without-cln) forces building with GMP
and doesn't even look for CLN.  Configure fails if GMP isn't installed.

./configure --with-cln     (or --without-gmp) forces building with CLN
and doesn't even look for GMP.  Configure fails if CLN isn't installed.

./configure [no arguments] will detect what's installed.  CLN is
default, if it isn't installed, or is too old, GMP is looked for (and
configure fails if neither is available).

It is an error to specify --with-gmp --with-cln (or --without-* for
both) at the same time.

Building with CLN (whether forced or detected) adds a note to the
configure output mentioning the fact that the build of CVC4 will be
linked against a GPLed library and notifying the user of the
--without-cln option.

Building with GMP (whether forced or detected) affects the build
directory, so CLN and GMP builds are kept separate.

./configure --with-cln debug     builds in builds/$arch/debug
./configure --with-gmp debug     builds in builds/$arch/debug-gmp

The final binaries are linked explicitly against either gmp or cln,
but not both.  If linked against cln, cln pulls in gmp as a
dependency, so the result will be linked against both.

=== Details that you probably don't care about ===

The headers src/util/{integer,rational}.h are generated from the
corresponding .in versions.  A user installing a CVC4-devel package
will get the headers for rational and integer that match the library
that s/he installs.

The preprocessor #defines CVC4_GMP_IMP and CVC4_CLN_IMP are added to
cvc4autoconfig.h.  Only one is ever #defined.  cvc4autoconfig.h
doesn't need to be #included directly; you get it through #including
cvc4_private.h (or the parser version).

AM_CONDITIONALs are also defined so that Makefiles get the cln/gmp
configuration.  AC_SUBSTs are defined so that public headers (see
src/util/{integer,rational}.h.in) can use the setting.

*Public* headers that need to depend on the cln/gmp configuration
can't use cvc4autoconfig.h, because we're keeping that in the private,
internal-only space, never to be installed on users' machines.  Here,
something special is required, like the configure-level generation of
headers that I used for src/util/{integer,rational}.h.in.

Tim's Integer and Rational wrappers are the only bits of code that
should care which library is used (and also src/util/configuration.h,
which gives the user of the library information about how CVC4 is
built), and possibly some unit tests (?).

Merges the cln-test branch into the main branch.

The current commit allows for switching in between GMP and CLN by changing a flag manually in configure.ac.  A configure time flag has not yet been added for deciding between the two.

To get this to work you will need to install cln in some form (for Ubuntu users the packages are libcln6(lucid)/libcln5 on karmic and libcln-dev).  You will also need to install pkg-config. You will need to rerun ./autogen.sh, and reconfigure.

re-generated comment headers of source files

roll back a small change that made arith fail some asserts

* Added white-box TheoryEngine test that tests the rewriter

* Added regression documentation to test/regress/README

* Added ability to print types of vars in expr printouts
  with iomanipulator Node::printtypes(true)... for example,
    Warning() << Node::printtypes(true) << n << std::endl;

* Types-printing can be specified on the command line with
  --print-expr-types

* Improved type handling facilities and theoryOf().
  For now, SORT_TYPE moved from builtin theory to UF theory
  to match old behavior.

* Additional gdb debug functionality.  Now we have:

    debugPrintNode(Node)            debugPrintRawNode(Node)
    debugPrintTNode(TNode)          debugPrintRawTNode(TNode)
    debugPrintTypeNode(TypeNode)    debugPrintRawTypeNode(TypeNode)
    debugPrintNodeValue(NodeValue*) debugPrintRawNodeValue(NodeValue*)

  they all print a {Node,TNode,NodeValue*} from the debugger.
  The "Raw" versions print a very low-level AST-like form.
  The regular versions do the same as operator<<, but force
  full printing on (no depth-limiting).

* Other trivial fixes

add documentation for additional clarity, re-add addTerm()

Parsing support for SMT divisions: LRA, QF_UFLIA, QF_UFLRA, QF_UFNRA, UFNIA

Adding documentation for --strict-parsing (Closes: #166)

fix to switch fall-through; stats now off by default regardless of -d debugging options; thanks Chris for spoting this

checking in CC module interface for reference.

Support for failing .smt and .smt2 regressions (and other examples with
additional output).  If the benchmark file has '% EXPECT: ' gestures,
like for cvc regressions, that is used (after being stripped out so that
the cvc4 smt parser never sees these special lines).  However, this can
be a pain, since then you can't run the regression manually on the
command line (since it fails to parse).  So if there is another file
in the same directory as $benchmark called $benchmark.expect, that is
scanned for '% EXPECT: ' etc., and the benchmark file is used verbatim.

* theory "tree" rewriting implemented and works

* added TheoryArith::preRewrite() to test and demonstrate
  the use of pre-rewriting.

* array types and type checking now supported

* array type checking now supported

* theoryOf() dispatching properly to arrays now

* theories now required to implement a (simple) identify()
  function that returns a string identifying them for
  debugging/user output purposes

* added "builtin" theory to hold all built-in kinds and their
  type rules and rewriting (currently only exploding distinct)

* fixed production build failure (regarding NodeSetDepth)

* removed an errant "using namespace std" in util/bitvector.h
  (and made associated trivial fixes elsewhere)

* fixes to make unexpected exceptions more verbose in debug builds

* fixes to make multiple, cascading assertion fails simpler

* minor other fixes to comments etc.

add --default-expr-depth=N command line parameter, expose setdepth() to public interface

This commit merges the decaying-rows branch into the main trunk.

Update to stats.h is now back into the trunk.  The code should compile once again.

Merging the unate-propagator branch into the trunk.  This is a big update so expect a little turbulence. This commit will not compile. There will be a second commit that fixes this in a moment. I am delaying a change to avoid svn whining about a conflict.

* Add CDMap<>::insertAtContextLevelZero(k, d) for inserting "initializing"
  data into a CDMap.  Such a key doesn't disappear from the map on pop,
  but rather returns to its "initializing" state, set by
  insertAtContextLevelZero().  This can be used for lazy assignment,
  among other things, and has been added to support some exploratory
  coding by Tim in arithmetic.

* Made internal CDOmap<> copy constructor private (it should always have
  been).  This is necessary to avoid CxxTest (or others) doing nasty
  generic programming things that cause context invariants to be broken.

* Added unit testing for this feature, and in general beef up the unit
  testing for CDMap<>.

* src/expr/node_manager.cpp: Better output for unhandled cases in getType().

Added post_mortem.py a statistics collector for user with the smt_curnch cluster. Also a spelling correction for the statistic theory::conflict.

Made ~Stat() virtual. Added some additional statistics. And added some documentation.

"statistics" and "staticbinary" are now tags on the build (so you get build directories like builds/x86_64-unknown-linux-gnu/debug-staticbinary-nostatistics .. etc.  This is useful to distinguish static binary builds and statistics builds from each other when you configure multiple times in the same source directory

Merging the statistics branch into the main trunk. I'll go over how to use this Tuesday during the meeting. You'll need to run autogen and receonfigure after updating.

bug fix (unreported on bugzilla): skolem variables failing removal from pool

fix some minor annoyances in the regression test Makefiles; add some documentation

Added the experimental. +bool TheoryArith::AssertEquality(TNode n, TNode original){

More assorted changes to arithmetic in preparation for the code review.