sync exerimental scripts with regular ones

Minor changes to smt comp script for quantified arith.  Add option --cbqi-sat whether to disable sat for quantified arith.

experimental run scripts

runscript thread stack 256

Refactoring of sygus parsing, properly parse Constant/Variable constructors.

application smtcomp

Flatten sygus grammars during parsing. Remove duplicate operators from grammars.

Add casc 25 tfn script.  Change tff script to output instantiations. Work towards parsing non-flattened sygus grammars.

When proof enabled, disable uf sym break. Add regression.

Do not enforce dt fairness when single invocation sygus.

changed resource step options to unsigned

added options for controlling resource step-count for various solving stages

Merge pull request #75 from Dunedune/master

Added missing LogicException to throws in method lemma.

Add missing regression

Bug fix for CNF proofs (and/or case 1), thanks to Alain Mebsout for bug report.

Added throw LogicException to method lemma.

Fixes related to cbqi + E-matching.

Avoid ensureLiteral on unpreprocessed formulas in cbqi.

Refactor interface for incompleteness in quantifiers engine, cbqi. Minor fix for sygus.

Added Finn Haedicke as a contributor.

Merge pull request #74 from finnhaedicke/namespace_minisat

moved Minisat namespace into CVC4

Allow sygus with no syntactic restrictions for LIA.  Add regressions.

Add missing regression.

Support for arbitrary constants/variables in Sygus grammars.

Minor improvements to infrastructure. Minor changes to default options. Add tff script. Minor additions to sygus.

Add casc25 fnt script.

Minor fix for corner cases of fmf-fun, fix for --dt-rewrite-error-sel. Add competition scripts (in progress).

Fix smt2 printing of fun-def. Simplification of mbqi interface.

Merge branch 'master' of https://github.com/CVC4/CVC4

Fixed problem with private/public header clash

Disambiguate namespaces in options, fix permissions

Updating failing unit tests.

Bug fixes and improvements for mbqi with theory symbols, TheoryModel fullModel=false assigns values to eqc. Bug fix for fmf-fun. Minor change to resource limiting for quantifiers. Add fmf regressions.

More parser related bug fixes (define-funs-rec, declare-funs). Bug fix for fmf mbqi=gen-ev for interpreted operators.

Fix sygus parser for non-tokenized operators, reenable regression. Fix for --fmf-fun.

Fix compiler errors due to unbalanced throw specifiers.

Merge branch 'master' into google

Whitespace difference

A few more minor updates to match google repository with CVC4 repository
(mostly whitespace differences).

Added option for --check-unsat-cores and various core bug fixes (merge of Morgan's proof branch).

Merge pull request #73 from kbansal/parser-dont-tokenize

Parser dont tokenize

Changes needed to compile at Google, plus some bug fixes from Google.

Fix file permissions

Fix bug in fmf mbqi=fmc with arrays. Add two datatypes regressions.

Adding an example of a tester in SMT2.

Farkas proof coefficients.

This commit adds tracking of Farkas coefficients to proof enabled builds in the theory of linear
real arithmetic when proofs are enabled. There could be some performance changes due to subtly
different search paths being taken.

Additional bug fixes:
- Polynomial::exactDivide did not satisfy preconditions to the Monomial constructor.
  To prevent future problems, Monomials should now be made via one of the mkMonomial functions.
- Fixes a bug in SumOfInfeasibilitiesSPD::greedyConflictSubsets().
  There was a way to use a row twice in the construction of the conflicts.
  This was violating an assumption in the Tableau when constructing the intermediate rows.

Constraints:
- To enable proofs, all conflicts and propagations are designed to go through the Constraint system
  before they are converted to externally understandable conflicts and propagations in the form
  of Node.
- Constraints must now be given a reason for marking them as true that corresponds to a proof.
- Constraints should now be marked as being true by one of the impliedbyX functions.
- Each impliedByX function has an ArithProofType associated with it.
- Each call to an impliedByX function stores a context dependent ConstraintRule object
  to track the proof.
- After marking the node as true the caller should either try to propagate the constraint or raise
a conflict.
- There are no more special cases for marking a node as being true when its negation has a proof
  vs. when the negation does not have a proof. One must now explicitly pass in a inConflict flag
to the impliedByX (and similar functions).
For example,this is now longer both:
  void setAssertedToTheTheory(TNode witness);
  void setAssertedToTheTheoryWithNegationTrue(TNode witness);
  There is just:
    void setAssertedToTheTheory(TNode witness, bool inConflict);

Patch for Kshitij's fix on requriePhase

Merge pull request #72 from kbansal/decision-requirephase

https://www.starexec.org/starexec/secure/details/job.jsp?id=6972

The plot is bit misleading. Those not on x=y, are from QF_BV/asp which are segfaulting (see bugzilla 623). No performance impact on other logics it was tested on.

moved Minisat namespace into CVC4

This avoids conflicts when CVC4 is linked to an application that
also uses plain Minisat.

Fix option --quant-fun-wd.  Add mk_starexec script to contrib.

Handle (degenerate) case of synthesis conjectures for constants.  Disable delta lemmas.

disable failing sygus tests

update comment

string parser builtinop changes

bv parserchanges cleanup

fp builtinop parser changes

fp reorder tokens to match other occurences

THEORY_INTS parser changes

THEORY_REAL_INTS parser changes

array theory builtinop

cleanup

dont tokenize bv operators (normal ones)

Enabling the regression test: test/regress/regress0/unconstrained/mult1.smt2

Fix for unconstrained bug.

Adding an example that violates an assertion during unconstrained simplification.

Making CVC4::theory::quantifiers::PrenexQuantMode public for now.

disable string reqressions timing out after change

DE requests respect requirePhase

Fix unsat-core issues related to rewrite rules, quantifiers preprocessing, and strings preprocessing.  Minor fix for conjecture generation for finite types.

Fix performance issue with variable triggers + instantiation restrictions.

Bug fix negative contains cache.

Make fun-def quantifiers carry the function app they define, make fun-def utilities more robust.  Fix bug in conjecture generation for non-parameterized operators.

Removing the reference to THEORY_BOOL from the equality engine. This theory
id was used as an internal marker in a set of theories tagging reasons of a
propagated disequalities. Replaced it with THEORY_LAST which is not completely
kosher but is safe in the context being used.

Minor fixes for cegqi.

Merge pull request #71 from kbansal/const-are-triggers

change const are triggers from false to true in equality engines

Performance comparison:
   https://www.starexec.org/starexec/secure/details/job.jsp?id=6941

Bug opened for testcase that became much worse:
  http://church.cims.nyu.edu/bugzilla3/show_bug.cgi?id=621

Improvements and bug fixes related to cbqi/cegqi.  Minor fix for fmf with fun-def. Add skolemization options.

fix no return value warning

fix echo command in --tear-down-incremental

printer change for string smtlib2

change const are triggers from false to true in equality engines

Parsing support for define-fun-rec/define-funs-rec.

Decouple counter-example guided quantifier instantiation from Sygus.

Add requirePhase len(x) = 0.

Fixed proof unitialized memory and minor memory leaks.

Bug fix for BV

Patches for 32-bit ARM

Updating resize for occurence lists to properly resize the whole state.

Strings split on constant lengths, add length=0 to split lemma for empty string.

Minor fixes and improvements to cegqi-si for linear arithmetic.

CNF proofs.  Infrastructure for preprocessing proofs.  Updates to smt.plf signature.  Add regressions.

Minor fixes.  Extend cegqi-si to real arithmetic.

More work on arithmetic single invocation synthesis conjectures.

Revert "dummy commit to force nightly builds"

This reverts commit d2b44175c45a6d2c2fa9c3f8ec1ca1c433cb399b.

Robust strategy for single invocation LIA synthesis conjectures.  Add regressions.

Switch back to eager loop temporarily.

minor fix for internal string print

New trigger options.  --inst-no-entail on by default.  Misc cleanup.

dummy commit to force nightly builds

Merge branch 'master' of https://github.com/CVC4/CVC4

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