Fix links when converting kinds documentation to python (#8557)

This mainly fixes explicit rst links when we convert the kinds comments to python.

python api: More fixes. (#8556)

Start post-release for 0.0.12

Bump version to 0.0.12

Maintain symlink to docs for latest release (#8555)

This PR creates/updates a symlink called latest to the last release. This simplifies permalinks into the documentation.

Remove duplicate lines (#8552)

We remove the arguments from links to solver methods in the Kinds
documentation to turn C++ references into python references. This
oftentimes collapses previously different overload of methods (usually
mkTerm()). This PR generically removes duplicate lines from these
comments using some re magic.

Bump Pythonic (transcendentals) & exception example (#8553)

- Bump version of Pythonic API to include transcendentals.
- Document Pythonic API's transcendentals.
- Add exception Pythonic API example.

api: Various fixes in Python documentation. (#8554)

Various improvements and fixes in the documentation (#8551)

This PR contains a variety of fixed and improvements to the documentation.

Rename getInstantiatedConstructorTerm to getInstantiatedTerm (#8549)

This is in line with the change for non-parametric constructors (getConstructorTerm -> getTerm).

Also adds documentation to make the use of constructors, selectors, testers, updaters more clear.

Use raw symbols in proofs (#8550)

This ensures we don't quote symbols that should not be quoted, fixing two issues:
(1) Proofs in the internal calculus don't convert `:args` to `|:args|`.
(2) LFSC identifiers for terms are not quoted based on SMT-LIB restrictions.

Work towards https://github.com/cvc5/cvc5-projects/issues/466, quoted TypeNode names still need to be addressed.

[proofs] [sat] Make SAT assumption bookeeping robust to incremental (#8536)

Similarly to what happened with proofs of optimized SAT clauses getting lost (in the sense of inserted at lower assertion levels than the current one, during incremental solving), we need to make the bookeeping of the current SAT assumptions in the SAT proof manager robust to context popping. Not doing so can break the final proof construction, which relies on this information. A regression is added which showed the issue via the openness of a step added to the lazy proof chain (even though this did not lead to issues in the final proof).

This commit extends the OptimizedClausesManager to also optionally track a hash set of nodes to have nodes added to it during popping. This is hooked in the SAT proof manager to the SAT assumptions hash set.

There are four instances of notifications to the SAT proof manager of SAT assumptions: two in the proof CNF stream and two in the SAT solver. We only need to worry about the proof CNF stream ones, since the SAT solver ones are for literals (which do
not have assertion levels) and for some cases of the final conflict clause generated, which is always at the current assertion level. For the proof CNF stream ones it suffices to notify the SAT proof manager when the CNF stream itself is notified that a propagation or clause was inserted at an optimized level, as these are the only possible cases.

Fix for get-value with empty uninterpreted sort domain (#8547)

Alternative for https://github.com/cvc5/cvc5/pull/8546.

We were mistakenly using `mkGroundTerm` instead of `mkGroundValue` to make the domain of an uninterpreted sort non-empty.

This ensures that get-value calls do not throw a spurious exception when there is a declared uninterpreted sort and there are no terms of that sort.

As a result, this also required fixing a few further issues regarding how uninterpreted sort constants are printed in models, and fixing the expected results on 2 more regressions.

Start post-release for 0.0.11

Bump version to 0.0.11

use one process more than we have cores (#8545)

This PR uses one process more than we have cores in the CI. This speeds up the CI jobs when time is spent waiting on IO instead of actually using the CPU.

Rename mkSygusGrammar to mkGrammar (#8544)

Remove variant of mkDatatypeDecl with one sort parameter (#8543)

Subsumed by the vector version.

Also marks more methods as experimetnal.

api: Rename get(Selector|Constructor)Term() to getTerm(). (#8537)

Follow renaming within pythonic API (#8532)

We are renaming files in the pythonic API to make it look less like it is somehow part of z3 (but still acknowledge that we took code from z3Py properly). This PR follows the change in cvc5/cvc5_pythonic_api#80.

Always cancel already running CI runs on forks (#8542)

One effect of our changed concurrency policy is that we never cancel runs on forks. This PR changes this, always allowing the concurrency mechanism to cancel on repositories that are not the main repository.

Minor edits in docs. (#8540)

Ignore irrelevant exponential terms (#8534)

Fixes #8517.

docs: Add Python installation instructions for pip. (#8538)

api: Remove DatatypeConstructor::getSelectorTerm(). (#8535)

Require that used model values are constant in CEGQI (#8528)

Fixes #8520.

Add a few miscellaneous pieces of documentation (#8533)

Remove java API methods that accepts lists as arguments (#8541)

This PR removes some unnecessary methods in the Java API that were added to simplify several unit tests that use dynamic arrays. The goal is to make the java API consistent and as small as possible.
Users could use asList, toArray methods to use generic lists if they wish.

Add more explanations in the API (#8493)

This also removes a few references to "first-order constants" (using "free constant" instead) since mkConst can be used to construct higher-order free constants.

Simplify the python base API in a few places (#8514)

This PR simplifies a few methods in the python base API.

Simplifications to the datatypes API (#8511)

This PR makes it so that common users of the datatypes API do not need to use "unresolved" datatypes sorts. Instead, these are automatically inferred by the NodeManager when calling mkMutualDatatypeTypes.

API Changes:
(1) adds addSelectorUnresolved to DatatypeConstructorDecl, which is the sole method needed to specify ordinary recursive selectors.
(2) adds to unit test examples that use this variant instead of using unresolved sorts.
(3) the API method mkUnresolvedSort is renamed to mkUnresolvedDatatypeSort and is marked experimental.

Note that unresolved datatype sorts are still needed to support mixed parametric datatypes and nested recursive datatypes in the smt2 parser, so they cannot be deleted yet.

Followup PR will add to documentation on elaborate further on how to use the datatypes API.

docs: Document UnknownExplanation. (#8508)

Prevent using the coverings solver with extended operators (#8523)

The way we construct the model within the nonlinear extension makes using multiple subsolvers that contribute to the model potentially unsound. This PR prevent the coverings solver from being used if extended operators are present, unless --nl-cov-force is given.
Fixes #8515. Fixes #8516.

api kinds: Refactor docs for kinds to properly render in Python. (#8510)

api: Remove Datatype::getConstructorTerm(). (#8529)

Replace regression by minimized one via ddSMT (#8531)

Only run pypi packaging when release is published (#8526)

We incorrectly triggered pypi packaging when a release was created or published, i.e. it would run twice.

make-release: Clarify instructions for pushing commits and tag. (#8524)

[proofs] [doc] Document string rules (#8498)

Also replaces negation of equality literals by disequality literals.

Change CI concurrency policy to not queue on main (#8530)

Previously, we would only allow one job per branch/PR and only cancel old jobs on PRs.
This PR changes this policy to allow multiple jobs at once on main.
The way this is done basically follows https://docs.github.com/en/actions/using-workflows/workflow-syntax-for-github-actions#example-using-a-fallback-value.

Document special member functions in python API (#8513)

This PR documents relevant special member functions __getitem__ and __iter__ for some classes in the base python API.

Python API: Do not rename enumerators. (#8507)

Co-authored-by: Mathias Preiner <mathias.preiner@gmail.com>
Co-authored-by: mudathirmahgoub <mudathirmahgoub@gmail.com>
Co-authored-by: Gereon Kremer <gkremer@stanford.edu>

[proofs] [alethe] Fix Alethe post-processor (#8525)

Previously the Alethe post-processor was merging subproofs, which should not be done at this stage. As a consequence some post-processed proofs were becoming open.

Start post-release for 0.0.10

Bump version to 0.0.10

Internal simplifications to constructing datatypes (#8519)

In preparation for #8511.

This makes it so that unresolved sorts are automatically inferred when constructing datatypes at the NodeManager level. This is in preparation for simplifying the API.

Changes:
(1) NodeManager is cleaned so that unresolved types are automatically inferred and are not a part of its public interface. Internal code generating datatypes is simplified as a result.
(2) Adds necessary utilities to TypeNode and cleans an unused flag
(3) The parser is cleaned to not track unresolved sorts in an ad-hoc manner.
(4) The API is patched to use the simpler interface.

Fix pypi packaging trigger again (#8512)

Further workflows are not triggered when the GITHUB_TOKEN is used. This PR creates new releases using the ACTION_USER_TOKEN instead.

[proofs] [doc] Minor changes to general proofs page, some changes to Alethe page, added DOT page (#8501)

Remove decorator from python API (#8505)

This PR removes the expand_list_arg decorator from the python API. It was used to allow calling a function f(x, *args) with a list as second argument and automatically expand the list into *args. While it merely allows for calling f(x, l) instead of f(x, *l), it adds considerable complexity to the code and documentation. Thus, following the Zen of python (have only one way to do it) we remove this decorator. This is also consistent with the pythonic API, were we made the same decision.

[API] Add mode argument for `Solver::blockModel()` (#8521)

This commit changes Solver::blockModel() to take a mode as an argument
instead of relying on an option.

Remove `UnknownExplanation::NO_STATUS` (#8518)

Result already supports storing a NONE result, so
UnknownExplanation::NO_STATUS seems redundant. This removes that
explanation, which was only being used in the optimization solver.

Fix javadoc custom tag warning (#8502)

Fix this warning
Note: Custom tags that could override future standard tags:  @apiNote. To avoid potential overrides, use at least one period character (.) in custom tag names.

docs: Add documentation for modes. (#8509)

Python api: Various fixes in docs. (#8480)

[API] Remove redundant version of `mkFunctionSort` (#8503)

mkFunctionSort that takes two sorts as arguments is redundant, because
the first argument is equivalent to a vector of size one passed to the
other overload of mkFunctionSort. This commit removes the method from
the C++ API but keeps the existing semantics for the Java and Python
bindings for convenience and consistency with, e.g. mkTerm.

Fix sygus-inst when combined with bounded string quantifiers (#8500)

Strings introduces bounded quantified formulas for reasoning about extended functions. We should not process these with sygus-inst.

Fixes #8497.

api: Swap arguments of declareSygusVar. (#8499)

Make it consistent with other declare*/define* functions.

api: Use std::optional for symbols in mk* functions. (#8495)

Makes all symbols in mk* functions optional.

make-release: Change instructions for pushing tag.

Start post-release for 0.0.9

Bump version to 0.0.9

Also run on created. (#8506)

The way we now create releases apparently does not trigger the release::published event. It should trigger the release::created event, though.

Add documentation for sequences (#8496)

Added documentation for sequences.

Fix bag example links (#8504)

Handled quoted symbols in indexed operators (#8491)

Fixes https://github.com/cvc5/cvc5/issues/8489.

The SMT-LIB standard says that symbols and quoted symbols are identical page 24: `This means for instance that abc and |abc| are the same symbol.`.  We did not parse quoted symbols in indexed operators, this fixes the issue.

Various fixes related to isDatatypeXXX checks. (#8473)

Sort, TypeNode: Rename functions related to datatypes. (#8472)

Disable minisat variable elimination when a parametric theory is present (#8487)

Fixes cvc5/cvc5-projects#506.

It seems there are extremely few cases where it is safe to use this option.

Remove examples that use the old API (#8486)

This removes examples that use the old API and the parser. They were not
currently being compiled and we can reintroduce them if we need
them/have a new parser API.

api: Remove warning for Sort::instantiate(). (#8475)

Do not export dt.size (#8483)

This kind is hardcoded only to work for sygus. I am not sure we want to support general constraints over it, or even if the token dt.size is the appropriate one.

Also adds a missing experimental warning that I had missed.

Fixes cvc5/cvc5-projects#504.

Fix check for whether PI is reduced (#8485)

Fixes cvc5/cvc5-projects#505.

Also fixes a counter-intuitive behavior where 0 was not considered reduced and does minor cleanup.

ci: Fix typo in update-pr job. (#8492)

Improve documentation for Statistics in C++ API (#8476)

This PR improves the documentation of the Statistics and the Stat class in the C++ API.

[proofs] Adding post-visit processing to proof node updater (#8431)

Previously in the proof node updater only structural reasoning was done at post-visit time (merging subproofs, checking free assumptions). This commit adds a virtual method to allow updating the proof node at post-visit time.

In particular this commit is important to functionality in the alethe post processing that is deactivated in master.

CC @Lachnitt

Remove support for Python 2.x (#8488)

This removes support for Python 2.x. We haven't been testing it and
there isn't a good reason to support it.

Add examples/bags.cpp (#8463)

Fix Java examples (#8484)

This fixes the Java examples. The examples were not able the find the
`cvc5::cvc5jar` target because the namespace had accidentally been
changed to `cvc5::internal::` in commit
bbcd471ed40c813c48957ced5596471cc0ccebe9. This reverts that change.

Fix lower vs upper bound issue for eager RE conflicts (#8482)

Fixes #8481.

Install necessary packages (#8479)

We use beautifulsoup to generate the version selector of the release documentation. This PR makes sure all necessary dependencies for this script are installed.

Only run update-pr for normal commits on main (#8478)

Doing a release (or generally pushing two commits at the same time) can trigger a race condition in the update-pr action that technically fails the CI workflow. This PR only runs this action for normal commits, in particular it does not run it for releases (which is the common case where we push multiple commits at once). To be sure, it also puts all update-pr jobs into a concurrency group that enforces sequential execution.

Improve documentation for OptionInfo (#8474)

This PR improves the documentation for OptionInfo and adds documentation for the DriverOptions class.

Move Java package to `io.github.cvc5` (#8469)

Previously, we were using io.github.cvc5.api to mirror the C++
namespace that the API was in. The namespace of the C++ API changed to
simply cvc5 and so this commit updates the Java package accordingly.

[proofs] [doc] Documenting arrays, bit-vectors, datatypes and quantifiers rules (#8465)

[proofs] [doc] Document equality rules (#8462)

docs: Remove api namespace. (#8455)

Fix non-termination in the strings rewriter (#8438)

Fixes #8434.

This makes our component containment utility less aggressive. This impacts (seldom used) rewrites for indexof and replace only.

api: Mark experimental kinds. (#8464)

Start post-release for 0.0.8

Bump version to 0.0.8

ci: Do not cancel jobs on main branch. (#8471)

This will prevent that jobs on the main branch get cancelled when new PRs are merged in before the previous ones finished on main.

Fix case of Boolean skolem for ground term E-matching (#8447)

Work towards fixing the second issue on cvc5/cvc5-projects#487, which now gives the same error as #8347.

ci: Update older PRs first. (#8477)

api: Remove isUninterpretedSortParameterized from header file. (#8470)

Method was removed in #8425.

Allow for multiple (equal) base model values (#8467)

This PR weakens an assertion about multiple model values in the same equivalence class. We now accept multiple base model values in the same equivalence class, as long as they compare equal. This allows to gracefully handle cases where real algebraic numbers fail to realize that they are rational.
Fixes #8414.

Exclude competition build for issue8377-resolve-indexed.smt2. (#8468)

Fixes the nightly competition builds.

Move cvc5::internal::context to cvc5::context. (#8451)

Patch cross reference in Kind.java documentation (#8458)

This PR patches cross reference links in Kind.java comments for now until a proper way is implemented that handles documentation for cpp, python and Java API.

docs: Add bags to list of theory references. (#8461)

api: Add Sort::getUninterpretedSortConstructor(). (#8459)

This further introduces TypeNode::isInstantiatedUninterpretedSort().