[proofs] Fix singleton check in MACRO_RES post-processing (#7498)

Previously the check for whether the original conclusion of the MACRO_RESOULTION step was a singleton was incomplete. Now the test is made the proper way.

Depends on #7497.

Fixes cvc5/cvc5-projects#318

[proofs] Modularize check for whether a clause is singleton (#7497)

Essentially moves the code for this check from the Alethe post-processor. A further PR will include a new use of this method.

[proofs] Reset local var in SatProofManager since incremental exists (#7500)

Fixes cvc5/cvc5-projects#317

Disable automatic symmetry in proofs of theory explanations (#7493)

This avoids cyclic proofs in a rare case where theory explanations involve an equality and its symmetric form.

This PR disables auto-symmetry on lazy proofs used for theory explanations, which is slightly less convenient but avoids potentials for cyclic proofs. Note this complication would not arise if the theory engine did not allow non-rewritten equalities to be propagated between theories.

Fixes cvc5/cvc5-projects#311.

[proofs] Fix and simplify CHAIN_RESOLUTION checker (#7492)

Fixes cvc5/cvc5-projects#319

Add regressions for fixed issues (#7495)

Fixes #4656. Fixes #5234. These do not occur on master.

Disable sygus-inst when incremental (#7485)

Fixes #7385.

Option --sygus-inst relies on the quantifier-free sygus extension of datatypes, which does not support incremental mode. Updating it to support incremental is a long term project.

Until this is complete, --sygus-inst should not be run in incremental mode.

[proofs] Alethe: Translate Block of clause pattern rule (#7406)

Implementation of the translation of a number of rules that follow the clause pattern into the Alethe calculus.

Co-authored-by: Haniel Barbosa <hanielbbarbosa@gmail.com>

[proofs] Alethe: Translate AND_INTRO rule (#7405)

Implementation of the translation of EQ_RESOLVE rules into the Alethe calculus.

Co-authored-by: Haniel Barbosa <hanielbbarbosa@gmail.com>

[proofs] Alethe: Translate AND_ELIM rule  (#7404)

Implementation of the translation of AND_ELIM rules into the Alethe calculus.

Co-authored-by: Haniel Barbosa <hanielbbarbosa@gmail.com>

[proofs] Alethe: Translate CONTRA rule (#7403)

Implementation of the translation of CONTRA rules into the Alethe calculus.

Co-authored-by: Haniel Barbosa <hanielbbarbosa@gmail.com>

Upload docs for tags to docs-releases (#7415)

This automatically uploads the generated docs to a new repository docs-releases (which should eventually become docs). In contrast to docs-ci, we only store docs for releases there.

Fix frequent rebuild of options target (#7450)

The mkoptions.py script only updates its output files if their content would actually change. This avoid a full rebuild on every run, and makes sure that only parts that actually change are rebuild.
Unfortunately this interacts badly with how cmake/make/... do inter-target dependency tracking.
This PR adds a stamp file options.stamp that is always updated by mkoptions.py and used by cmake as main output.

Fix Configuration::isStaticBuild (#7456)

This PR fixes a minor issue in Configuration::isStaticBuild() which would always return true. Note that CVC5_STATIC_BUILD is always defined via #cmakedefine01 in cvc5config.h.

[proofs] Alethe: Translate NOT_NOT_ELIM rule (#7402)

Implementation of the translation of NOT_NOT_ELIM rules into the Alethe calculus.

Co-authored-by: Haniel Barbosa <hanielbbarbosa@gmail.com>

[proofs] Alethe: Translate MODUS_PONENS rule (#7401)

Implementation of the translation of MODUS_PONENS rules into the Alethe calculus.

Co-authored-by: Haniel Barbosa <hanielbbarbosa@gmail.com>

Add new method for enumerating unsat queries with SyGuS (#7459)

This adds a new option for --sygus-query-gen=unsat to generate unsat queries (previously, only satisfiable queries were supported).

The algorithm can be seen as a variant of abduction where we conjoin predicates that both (1) refine the current model and (2) avoid repeated unsat cores.

It does some minor refactoring of ExprMinerManager to support the new module.

[proofs] Alethe: Translate EQ_RESOLVE rule (#7400)

Implementation of the translation of EQ_RESOLVE rules into the Alethe calculus.

Co-authored-by: Haniel Barbosa <hanielbbarbosa@gmail.com>

Fix spurious checks to closed proofs (#7484)

This leads to issues when (1) proofs are enabled, (2) unsat cores are enabled and full proofs are disabled in a subsolver.

This is the case for the abduction algorithm that uses unsat core learning, when proofs are explicitly enabled. This led to spurious assertion failures when testing proof new.

Java and python unit tests for mkCardinalityConstraint (#7486)

Adds leftover missing unit tests for new API call for mkCardinalityConstraint from eeb78c8.

Fix more missing uses of CDProof::isSame (#7491)

Fixes cvc5/cvc5-projects#306.

Fix support for global declarations (#7480)

Previously, we asserted global declarations as substitutions/formulas just before check-sat. This is not ideal since the current set of assertions can be preprocessed without having knowledge of definitions of defined functions. Moreover, this could lead to model unsoundness if it were the case that a defined symbol was solved during preprocessing.

Fixes #7479. In that example, y was solved for true and then we failed to overwrite y with its definition (> x 0), hence dropping the definition. Now, y is defined as (> x 0) before we preprocess.

Remove HOL/fmf bound messages in set defaults (#7487)

This block is misleading after the last commit.

Add inference for count map (#7264)

Reenable proofs on some regressions (#7483)

[proofs] Alethe: Translate SPLIT rule  (#7399)

Implementation of the translation of SPLIT rules into the Alethe calculus.

Co-authored-by: Haniel Barbosa <hanielbbarbosa@gmail.com>

[Regression Script] Support older Python versions (#7482)

This removes two uses of f-strings, which are not supported by Python
<3.6.

Delete redundant file option_Info.cpp (#7477)

Add new eager conflict detection in strings for integer equivalence classes (#7453)

Required to address Zelkova bottlenecks.

This generalizes the methods for eager prefix/suffix conflicts for strings to do eager lower/upper bound conflicts for integer equivalence classes based on string-specific reasoning about length terms. This avoids cases where Simplex fails to show a concise conflict due to not having access to string reasoning (e.g. strings::ArithEntail) for arithmetic bounds.

The approach can still be improved by inferring fixed length for regular expression memberships, analogous to what is done for prefix/suffix conflicts.

It also changes EqcInfo to store (str.len x) instead of x for length terms.

Remove spurious assertoin (#7458)

Fixes #7439. That benchmark is now "unknown".

Add requires libpoly to regression (#7467)

Required to avoid timeout in non-libpoly builds.

FYI @dddejan .

Refactor java package name from cvc5 to io.github.cvc5.api (#7340)

This PR refactors java package name from cvc5 to io.github.cvc5.api.
It also refactor the names of cpp and java files.

Remove options::X__name (#7414)

This PR removes the static strings options::module::X__name that hold the primary long option name. We used them to figure out which option an handler function was called on for certain handler functions. This was always a weird way, and the past refactorings have eliminated all these cases.
This also removes the need to the two arguments option and flag to all option handlers.

Remove stale pointer to proof node manager from skolemize utility (#7471)

Issue was introduced when cleaning this utility to the new style (to not take explicit pnm).

[proof] Fixing CHAIN_RESOLUTION checker (#7465)

Previously the checker was doing things in a smart way that could lead to issues when a clause coincided with a singleton clause as a literal of another clause within the chain.

Fixes cvc5/cvc5-projects#310

Fix out-of-sync pruning in CDCAC proofs (#7470)

This PR resolves a subtle issue with CDCAC proofs.
The CDCAC proof is maintained as a tree where (mostly) every node corresponds to an (infeasible) interval generated within the CDCAC method. We prune these intervals regularly to get rid of redundant intervals, which also sorts intervals. The pruning however relied on a stable ordering of both intervals and child nodes within the proof tree, as there was no easy way to map nodes back to intervals.
This PR adds an objectId field to the proof tree nodes and assigns ids to the CDCAC intervals. This allows for a robust mapping between the two, even if the interval list is reordered.

Fixes cvc5/cvc5-projects#313.

Fix another double negation proof issue (#7468)

This PR fixes another subtle proof issue in the circuit propagator concerning negated ites.
Fixes cvc5/cvc5-projects#309.

Remove `--uf-ho` option (#7463)

This option was previously a way of knowing whether higher-order was enabled, which now should be queried via LogicInfo::isHigherOrder.

It also adds an optimization to hasFreeVar required for QCF to be robust and not take a performance hit due to HO operators.

Fix symmetry issue in theory engine conflicts (#7469)

Fixes --check-proofs on proof-new on regress0/strings/issue5384-double-conflict.smt2.

Add more abduction regressions (#7461)

Fixes #5848.

This also fixes an issue leftover from #6605 where a spurious assertion failure was thrown.

Also introduces subfolder regress/regress1/abduction.

[proofs] Alethe: Translate FACTORING rule (#7398)

Implementation of the translation of FACTORING rules into the Alethe calculus.

Co-authored-by: Haniel Barbosa <hanielbbarbosa@gmail.com>

[proofs] Alethe: Translate CHAIN_RESOLUTION rule (#7397)

Implementation of the translation of RESOLUTION and CHAIN_RESOLUTION rules into the Alethe calculus.

Co-authored-by: Haniel Barbosa <hanielbbarbosa@gmail.com>

Make CAD proofs user context dependent (#7466)

Given that arithmetic lemmas can survive the current (sat) context by being buffered in the inference manager, their proofs need to do as well. This PR changes the CAD proofs to be user context dependent.

Fixes cvc5/cvc5-projects#315.

Refactor theory inference manager constructor (#7457)

Eliminates a style where proof node manager was passed as an argument to indicate proofs enabled if non-null. All theory inference managers now check Env::isTheoryProofProducing instead.

Since BV did not pass a proof node manager to its inference manager, this PR also incidentally enables equality engine proofs for BV.

Making `IntBlaster` inherit from `EnvObj` (#7431)

This PR makes the IntBlaster class inherit from EnvObj, along with derived modifications.

Do not use global proxy variable attribute for strings (#7460)

Fixes #6180.

Fix memory management of `ErrorInformation` (#7388)

Fixes
https://scan6.coverity.com/reports.htm#v37053/p11644/fileInstanceId=125548448&defectInstanceId=32441274&mergedDefectId=1453884.

Add missing methods to Solver.java (#7299)

A life of solver object was simple before summer. Then it got complicated with getDifficulty, optional proofs getProof, more assumptions addSygusAssume, and finally different options to choose from OptionInfo.
This PR attempts to prepare solver objects for this new life.

Make expression mining use configurable options and logic (#7426)

Required for doing options-specific internal fuzzing using SyGuS.

docs: Use light gray for background on the right. (#7438)

Also fix case of negated ite (#7454)

This PR follows #7452 and fixes the proofs generated for backward propagation of negated ite terms.

Fix symmetric proof issue for ITE in circuit propagator (#7452)

This PR goes back to #7446 and implements a proper fix that handles both symmetrical cases.

Split utilites from CEGIS core connective module (#7441)

Towards a new module for enumerating unsat queries via SyGuS.

[Regression Script] Fix printing of error diff (#7451)

[proofs] Fix open proof in SAT solver due to cycles (#7448)

Add regression (#7447)

This PR fixes a proof for an xor term that failed to eliminate a double negation.

Fixes cvc5/cvc5-projects#304

Fix incorrect proof from ITE in circuit propagator (#7446)

This PR fixes an incorrect proof in the circuit propagator related to back-propagation of an ite term.
Fixes cvc5/cvc5-projects#305.

Refactor regressions script (#7249)

This makes the regression script more modular by refactoring all the
different checks into separate classes, which makes it easier to add
additional tests and to run only a subset of the tests.

Make cardinality constraint a nullary operator (#7333)

This makes cardinality constraints nullary operators. This eliminates hacks for supporting these previously.

It also removes an unimplemented kind CARDINALITY_VALUE.

Notice that the parser and printer now do not use a common syntax for cardinality constraints, this will be resolved on followup PRs.

Working on windows builds (#7381)

This makes a push to fix our windows nightly builds. It does a couple of things:
- remove `CVC5_WINDOWS_BUILD` and check `CMAKE_SYSTEM_NAME` instead
- use `CMAKE_SHARED_LIBRARY_SUFFIX` instead of `so`
- properly set `IMPORTED_IMPLIB` on imported shared libraries
- fix the GMP build, where the header is different for shared and static builds
- fix the find&sed patching for libpoly
- add `CVC5_EXPORT` to nested types in the API
- remove `CVC5_EXPORT` from enums
- add `-Dcvc5_obj_EXPORTS` to actually enable exports
- Fix how template function `safe_print` is exported.

Add setup to generate graphs for cmake target dependencies (#7383)

This adds the target `target-graphs` that generated graphs of cmake dependencies based on `cmake --graphviz`. It is a nice to tool to debug the cmake setup in some cases.

Enable and fix dump test (#7387)

Fixes #1649. The test was not enabled before and was still expecting
CVC-style output.

Fix (#7437)

This PR reintroduces support for the (deprecated) option interactive-mode. It was erroneously removed in #7295.

Fixes #7379.

Enable some previously failing regressions (#7434)

Fix docs upload (again) (#7435)

This is a follow-up to #7420. This time, I tested the modified code with every combination of values...

api: Add Solver::mkSepEmp(). (#7432)

@alex-ozdemir

api: Improve documentation for special cases with nullary ops. (#7433)

Fixes #7430.

Move variadic trie utility to its own file (#7410)

Work towards a new internal fuzzing technique.

The new fuzzing technique leverages elements of the IJCAR 2020 paper on abduction, this moves https://github.com/cvc5/cvc5/blob/master/src/theory/quantifiers/sygus/cegis_core_connective.h#L44 to its own file. A followup PR will break this and further utility methods out of this file.

Add regressions for fixed issues (#7421)

Fixes #5288, fixes (the 3rd benchmark on) #5741, fixes #6184, fixes #5735, which do not trigger on master.

Add `isNull` and `isUpdater` to `Sort` class of python API  (#7423)

This adds two missing functions to the python API, along with tests for them. It also adds a missing test for the cpp API.

Throw exception if checking model with separation logic heap (#7422)

Fixes #5515.

It is currently not possible to check-model with separation logic. Checking models requires either additional bookkeeping (heap per formula position) or otherwise is expensive to check.

This makes us give a recoverable exception.

Check for higher-order variables in TheoryUF::ppRewrite (#7408)

Fixes #7000. That sequence of API calls now throws a logic exception.

Fix inadvertent failure of workflow step (#7420)

This fixes an issue introduced with #7352: jobs fail immediately if any command has a non-zero exit code. The way we obtained the exit code of the `diff` command was incompatible with this policy, which is why we currently never upload any docs to `docs-ci`.

Eliminate last static calls to rewriter from smt layer (#7355)

Make SyGuS solver robust to non-closed enumerable sorts (#7417)

This makes the SyGuS solver robust to variables that are not closed enumerable, e.g. arrays of uninterpreted sorts.

It corrects an issue in array's mkGroundTerm issue which would allow constants to enter into constraints for SyGuS problems with arrays. This method does not cause further issues currently since quantifiers is guarded in several places to ensure array constants are not constructed via this method.

It also makes it so that we don't add explicit CEGIS refinement lemmas unless evaluation unfolding is enabled and the counterexamples are from closed enumerable types; there is no reason to add these unless we are combining with evaluation unfolding.

This addresses several of the issues raised in #6605.

Do not construct instantiation for checking propagating instantiations spurious (#7390)

This makes the check for when an instantiation is "propagating" faster by not constructing the substitution + rewriting of the entire formula, and instead threading the substitution through the entailment check utility's evaluateTerm utility.

On a handful of challenge Facebook benchmarks, we go 35 seconds -> 18 seconds with this change.

This also eliminates the argument exp to the evaluateTerm method, which is no longer used, and eliminates hasSubs from several methods, which is redundant.

Check whether abduct option is enabled (#7418)

This addresses one of the issues related to #6605.

api: Rename get(BV|FP)*Size functions for consistency. (#7428)

[proofs] Alethe: Documentation on Translation (#7394)

Provides background on the translation into the Alethe calculus that is common to all rules.

Co-authored-by: Haniel Barbosa <hanielbbarbosa@gmail.com>

Add LFSC signature for n-ary programs (#7360)

This is the last utility signature. Theory signatures will be added afterwards.

Use codatatype bound variables for codatatype values (#7425)

Previously, we had conflated codatatype bound variables and uninterpreted constants (as they have the same functionality). However, we should separate these concepts so we can ensure that uninterpreted constants are only used for uninterpreted sorts.

Reimplement support for relational triggers (#7063)

This makes relational triggers its own kind of instantiation match generator. Future PRs will delete the code interleaved in the core InstMatchGenerator class for handling relational triggers.

This PR also fixes two issues related to how trigger techniques are combined:
(1) instantiation match generators that are generated as part of multi-triggers now are properly specialized (using getInstMatchGenerator),
(2) there was a bug with auto-generated triggers: when the first auto-generated trigger was generated that was already a user trigger, then we would ignore all other auto-generated triggers.

This is work towards finding a solution for the choice.move.hard Facebook benchmark, where relational-triggers appear to be a possible solution.

Do not make assumption about model for Boolean variables in FMF (#7407)

Fixes cases where models can be wrong for FMF with Boolean variables in the bodies of quantified formulas.

Fixes #6744, all benchmarks on that issue are fixed. This PR adds 2 of the regressions from that issue.

Correctly parse uninterpreted constant values in get-value (#7393)

SMT-LIB indicates that abstract values can appear in terms as arguments to `get-value`.  This is not currently the case, as pointed out by #6908.

This updates our parser so that bindings are added to the symbol table for all uninterpreted constants in the model whenever we parse a `get-value` term.

Fixes #6908.

Avoid escaping `double-quotes` twice. (#7409)

With -o raw-benchmark, The command:

(echo """")
was printed as

(echo """""""")
because we run the quote-escaping procedure twice on it. This PR fixes the issue by ensuring that we only run it once.

Make proofs of rewrites robust to use in internal subsolvers (#7411)

We are currently using an attribute to mark "rewritten with proofs". This is incorrect as attributes are global, but proofs of rewrites are local to the solver instance.

This enables applications of proofs within internal subsolvers, and is required for a new internal fuzzing technique.

Add basic regular expression type enumerator (#7416)

The lack of a type enumerator for regular expressions makes certain things impossible e.g. sygus-based sampling for RE queries.

It is trivial to support a basic RE enumerator that takes singleton languages of strings. This commit adds this utility as the type enumerator for RE.

Fix expected conclusion for EQ_RESOLVE when expanding MACRO_SR_PRED_TRANSFORM (#7412)

Fixes a proof checking failure during post-processing.

Fixes a rare case where the RHS of equality resolve step requires a symmetry step.

Support sequences of fixed finite cardinality (#7371)

The only open case is dynamic cardinality types (e.g. uninterpreted sorts when FMF is enabled).

Fix issue related to sanity checking integer models (#7363)

We now insist that we sanity check integer models in linear logics. Previously, we could trigger an assertion failure in Minisat if a user asked for a model in a state where the linear solver had assigned a real value to an integer variable, as we would be sending a lemma during collectModelValues in a state where we had already terminated with "sat".

This also changes an assertion to warning, to allow the regression to pass.

Fixes #6774 (This PR fixes a followup issue after the original bad model reported there was fixed by sanity checks).

As the assertion failure is downgraded to a warning, fixes #6988, fixes #7252.

Remove setDefaults methods (#7413)

This PR removes some auto-generated utility methods to set an option if it has not been set by the user. It was once added as we thought it might be useful, but we do not actually use it.

Add regression for fixed issue (#7395)

Fixes #6653.

The third benchmark on that issue is no longer an issue, this adds it as a regression, which is the last open benchmark on the referenced issue.

Move check for experimental arrays features to `theory_arrays.cpp`. (#7391)

Check for experimental array features was done at the parser module, which meant that users of the API could use them without calling Solver::setOption("arrays-exp"). This PR fixes that by moving the check to the internal theory module.

Update SMT-COMP script (#7389)

PR #6848 disabled relevancy order by default, but for QF_NIA, it helps
us solve significantly more benchmarks (17525 vs. 16889 with a 20 minute
timeout using the updated SMT-COMP script). This also updates the
options for `QF_AUFBV` and `QF_ALIA` to use `--decision=stoponly`,
following the name change of the option.

Python api documentation: Op, Grammar, Result, Enums (#7095)

This PR adds documentation to the python class Op, Grammar, Result, and for API enums.
Additionally, documentation for isNull functions in the datatype classes is added for the python API, and a small change in the cpp API documentation is introduced.

Add more regressions for fixed issues (#7382)

Fixes #6535, Fixes #6475, Fixes #5660, Fixes #6607, Fixes #6638, Fixes #6642, Fixes #6775.

Have docs_upload properly upload tags. (#7352)

This PR improves our docs-ci mechanism to properly upload documentation for tags.

Fix bad cast in the python API (#7359)

Fix issues related to proofs of lemmas with duplicate conclusions in strings (#7366)

This makes string proof construction more robust by maintaining two separate proof inference constructors, one for facts and one for lemmas/conflicts. This avoids issues where 2 lemmas with the same conclusion (but possibly different explanations) are added in the same call to check.

This fixes one of the two issues related to proofs for #6973.

Add regressions for fixed issues (#7369)

Fixes #4393. Fixes #3966.

These issues do not occur on current master.