Fix check for whether PI is reduced (#8485)

Fixes cvc5/cvc5-projects#505.

Also fixes a counter-intuitive behavior where 0 was not considered reduced and does minor cleanup.

ci: Fix typo in update-pr job. (#8492)

Improve documentation for Statistics in C++ API (#8476)

This PR improves the documentation of the Statistics and the Stat class in the C++ API.

[proofs] Adding post-visit processing to proof node updater (#8431)

Previously in the proof node updater only structural reasoning was done at post-visit time (merging subproofs, checking free assumptions). This commit adds a virtual method to allow updating the proof node at post-visit time.

In particular this commit is important to functionality in the alethe post processing that is deactivated in master.

CC @Lachnitt

Remove support for Python 2.x (#8488)

This removes support for Python 2.x. We haven't been testing it and
there isn't a good reason to support it.

Add examples/bags.cpp (#8463)

Fix Java examples (#8484)

This fixes the Java examples. The examples were not able the find the
`cvc5::cvc5jar` target because the namespace had accidentally been
changed to `cvc5::internal::` in commit
bbcd471ed40c813c48957ced5596471cc0ccebe9. This reverts that change.

Fix lower vs upper bound issue for eager RE conflicts (#8482)

Fixes #8481.

Install necessary packages (#8479)

We use beautifulsoup to generate the version selector of the release documentation. This PR makes sure all necessary dependencies for this script are installed.

Only run update-pr for normal commits on main (#8478)

Doing a release (or generally pushing two commits at the same time) can trigger a race condition in the update-pr action that technically fails the CI workflow. This PR only runs this action for normal commits, in particular it does not run it for releases (which is the common case where we push multiple commits at once). To be sure, it also puts all update-pr jobs into a concurrency group that enforces sequential execution.

Improve documentation for OptionInfo (#8474)

This PR improves the documentation for OptionInfo and adds documentation for the DriverOptions class.

Move Java package to `io.github.cvc5` (#8469)

Previously, we were using io.github.cvc5.api to mirror the C++
namespace that the API was in. The namespace of the C++ API changed to
simply cvc5 and so this commit updates the Java package accordingly.

[proofs] [doc] Documenting arrays, bit-vectors, datatypes and quantifiers rules (#8465)

[proofs] [doc] Document equality rules (#8462)

docs: Remove api namespace. (#8455)

Fix non-termination in the strings rewriter (#8438)

Fixes #8434.

This makes our component containment utility less aggressive. This impacts (seldom used) rewrites for indexof and replace only.

api: Mark experimental kinds. (#8464)

Start post-release for 0.0.8

Bump version to 0.0.8

ci: Do not cancel jobs on main branch. (#8471)

This will prevent that jobs on the main branch get cancelled when new PRs are merged in before the previous ones finished on main.

Fix case of Boolean skolem for ground term E-matching (#8447)

Work towards fixing the second issue on cvc5/cvc5-projects#487, which now gives the same error as #8347.

ci: Update older PRs first. (#8477)

api: Remove isUninterpretedSortParameterized from header file. (#8470)

Method was removed in #8425.

Allow for multiple (equal) base model values (#8467)

This PR weakens an assertion about multiple model values in the same equivalence class. We now accept multiple base model values in the same equivalence class, as long as they compare equal. This allows to gracefully handle cases where real algebraic numbers fail to realize that they are rational.
Fixes #8414.

Exclude competition build for issue8377-resolve-indexed.smt2. (#8468)

Fixes the nightly competition builds.

Move cvc5::internal::context to cvc5::context. (#8451)

Patch cross reference in Kind.java documentation (#8458)

This PR patches cross reference links in Kind.java comments for now until a proper way is implemented that handles documentation for cpp, python and Java API.

docs: Add bags to list of theory references. (#8461)

api: Add Sort::getUninterpretedSortConstructor(). (#8459)

This further introduces TypeNode::isInstantiatedUninterpretedSort().

Fix policy for purifying arguments of exp (#8416)

This corrects the policy for when to purify exp. It ensures we purify exp whenever the kind is not a variable or constant, instead of when the kind is a transcendental function app. The latter permits problematic terms like (exp (* (exp 1.0) (exp 1.0)).

This also corrects an issue where information for ordering on variables would be skipped if we failed to produce a model value for a single variable, which was the original source of the error on #8415.

It furthermore fixes the PfRule ARITH_TRANS_EXP_APPROX_BELOW, which did not handle non-constant arguments of exp.

Fixes #8415.

Fixes for sygus-inst (#8448)

Fixes two issues:

Symmetry breaking was disabled after latest refactoring of sygus options. This meant that the terms considered by sygus-inst were often redundant.
The instantiation constant attribute is set on evaluation variables. This avoids model-unsoundness issues with sygus-inst, which are caused by using the evaluation variable (itself) in instantiations.
The latter issue was discovered by trying the second issue from cvc5/cvc5-projects#487 with --sygus-inst, where it incorrectly says "sat" after the fix from #8447.

Fixed #8456. Fixes #8457.

Fix subtype issue in cegqi arithmetic (#8440)

Fixes #8410.

Was not properly checking for cases where an Integer variable had a Real term as its solution.

TypeNode: Unify functions to instantiate parametric sorts. (#8449)

This unifies `instantiateParametricDatatype()` and
`instantiateSortConstructor()` into `instantiate()`. It further fixes
how the API calls TypeNode instantation.

[API] Move `UnknownExplanation` to `cvc5_types.h` (#8450)

This also fixes some minor issues in the `parseenums.py` script.

[proof] [doc] Document external proof rules (#8439)

Move cvc5::internal::main to cvc5::main. (#8454)

Add information for cardinality constraint to the Python API (#8444)

This PR complements #8422 by adding a tester and a getter for cardinality constraints to the python API. The corresponding test from solver_black is translated and included.

Adding some missing python API methods and tests (#8441)

This PR adds methods to the python API, as well as tests for the new methods and other tests for existing methods, translated from solver_black.cpp.

Change tuple tokens and update datatypes theory ref (#8420)

Changes tuple_ to tuple. for consistency.

Also fixes the lexer list for smt2 and updates the datatypes theory reference with missing content.

Add LFSC to internal proof checker (#8442)

Similar to ALETHE, this was forgotten. Was not causing issues since --proof-check=eager is not used by default.

Fix some documentation warnings  (#8453)

Rename master branch to main. (#8452)

Show the code for utilities in the docs. (#8387)

This PR adds the code for printing synthesis solutions to the docs. Various other changes are made to increase the consistency between the different bindings.

Signed-off-by: Abdalrhman M Mohamed <abdalrhman-mohamed@uiowa.edu>

TypeNode: Rename isSort() and getSortConstructorArity(). (#8446)

Names of these two functions were slightly confusing with respect to API
terminology. This renames isSort() to isUninterpretedSort() and
getSortConstructorArity() to getUninterpretedSortConstructorArity() for
more consistency and clarity.

Introduce internal namespace and remove api namespace. (#8443)

The public cvc5 API now lives in the cvc5 namespace. All internal parts were moved into the (new) internal namespace.
The final hierarchy will be as follows:

cvc5
  ~~ public API
  ::context
  ::internal
  ::parser
  ::main

After this PR it will be:

cvc5
  ~~ public API
  ::internal
      ::context
      ::main
  ::parser

api: Add Sort::getInstantiatedParameters(). (#8445)

This adds a function to retrieve the sort arguments an instantiated
sort has been instantiated with. It further deletes
Sort::getDatatypeParamSorts() and
Sort::getUninterpretedSortParamSorts().

bv-to-int: fix translation of bvneg  (#8437)

The translation of bvneg to integers did not match the comment documenting it, causing #8413 .
This PR fixes the issue and includes the test from #8413 as well as a simpler test.
Fixes #8413 .

Make ensureTermSort private (#8436)

This method was used to correct a limitation in the old API regarding parsing decimals. It should not be a public API method.

Add information for cardinality constraint to the API (#8422)

Python API is not implemented yet, as it requires new infrastructure for returning pairs.

Make ProofNodeManager mkScope more robust (#8435)

This make mkScope more robust in two ways:

- Literals rewritten to true can be justified by MACRO_SR_PRED_INTRO.
- Literals that are rewritten to other non-rewritable free assumptions can also be linked.

This is enough to ensure that current issues with (= t false) vs (not f) are fixed for Boolean arrays.

Add bags.rst (#8432)

Fix issue related to use of Boolean term variable for set/bag choose (#8423)

Fixes cvc5/cvc5-projects#501.

I am considering making this detail internal to SkolemManager to avoid similar issues in the future. However, there are some subtle performance implications in doing so, so this will be addressed later.

[API] Add `{is,get}RoundingModeValue()` (#8429)

It also fixes a wrong entry in s_rmodes_internal.

TypeNode: Refactor get param types handling. (#8428)

This introduces TypeNode::getInstantiatedParamTypes() and deletes
TypeNode::getParamTypes(). This is in preparation for adding
api::Sort::getInstantiatedParameters().

Fix for issue 5925: constant arrays should be nonlinear. (#8430)

Fixes #5925. The "nonlinear" optimization did not take constant arrays into account.

api: Add Sort::isInstantiated(). (#8425)

This further removes Sort::isUinterpretedSortParameterized().

Move `RoundingMode` to `cvc5_types.h` (#8427)

This moves RoundingMode to cvc5_types.h and switches to using the
auto-generated enum bindings. It also fixes the Java-bindings generator
for enums (certain parts were previously hardcoded for Kind) and
extends the unit tests for Solver::mkRoundingMode() to actually check
the value being created.

Mark more methods as experimental (#8426)

Rename get-interpol to get-interpolant. (#8424)

[API] Mark methods as experimental (#8249)

ci: Enable all language bindings for debug build. (#8419)

api: Remove left-over Sort::getUninterpretedSortName from header. (#8421)

[proofs] Alethe: Call Printer (#8408)

The alethe printer was not called on Master.

[proofs] Alethe: Add ALETHE_RULE to builtin proof checker (#8409)

Proofs would fail because the internal proof checker would return null and the alethe check is not trusted.

Fix synth result python unit test (#8418)

Mark solve-bv-as-int as expert. (#8417)

Option not yet stable.

Separating produce-interpols from the mode of interpolant generation (#8326)

In current master, --produce-interpols takes a mode, where "none" is the default mode, in which interpolant generation is not enabled.
This PR makes --produce-interpols a Boolean, and adds a interpols-mode option to determine the mode, similarly to unsat cores.

builtin: Move type rules implementation to .cpp file. (#8407)

api: Rename *SortConstructor* to *UninterpretedSortConstructor*. (#8406)

Fix spurious assertion failure (#8404)

This was wrong when doing sequences of reals and a seq.nth merges with a seq.len.

Fixes cvc5/cvc5-projects#502.

Throw logic exception for set.map (#8403)

Support parsing/rewriting, but not solving currently.

More minor cleaning of options (#8401)

Removes a few more unnecessary options and moves the location of one.

Fixes for API kind documentation (#8397)

Also renames str.tolower -> str.to_lower, str.toupper -> str.to_upper.

Co-authored-by: Aina Niemetz <aina.niemetz@gmail.com>

Add API unit tests for options (#8339)

This PR adds some unit tests that cover some remaining cases of getOptionInfo() and getDriverOptions().
It also adds some fixes to the java bindings of these methods.

api: Unify mkOp variants. (#8369)

Co-authored-by: Gereon Kremer <nafur42@gmail.com>

api: More comprehensive documentation of INTERNAL_KIND. (#8400)

[Parser] Fix resolution of indexed symbols (#8383)

Fixes #8377. Commit 3a97480ffab492f8272ad9c7c192d04b43eeea60 changed how
we handle indexed symbols. In particular, it added the option to resolve
them later when the arguments are known. However, the condition for when
to do this resolution was incorrect: It was applied to _all_ known
indexed symbols and not only the ones that can't immediately be resolved
to a kind. This commit fixes the condition.

api: Remove Sort::isParametricDatatype(). (#8405)

Previously, Sort::isParametricDatatype() returned true for both
instantiated and non-instantiated parametric datatypes.

This deletes the method, instead one can check getDatatype().isParametric(). Parametric datatypes will be distinguished from instantiated parametric datatypes via a forthcoming method Sort::isInstantiated.

Co-authored-by: ajreynol <andrew.j.reynolds@gmail.com>

[proofs] [sat] Have SAT solver communicate whether it has optimized the assertion level of a clause (#8399)

This way both the SAT proof manager and the Proof Cnf Stream can properly track
proofs for clauses added at assertion levels below their original user level.

This commit, besides some minor tweaks, adds the hooks in the places where
a clause can be created with an optimized level and we need to track:

when the explanation of a propagation is requested
when a clause/lemma is added
when a lemma is added (from the backlog of lemmas added when Minisat was busy)
For clauses derived via resolution, this information is computed directly in the SAT proof manager.

This commit also reverts a change from #7790 where whether to optimize clauses was computed only once for the SAT solver. This cannot be the case because between different check-sat calls the state can change.

Finally, this commit enables proofs for several regressions that were previously incompatible with proofs. Since now proofs are compatible with optimizing the level of clauses during incremental solving, this commit should lead to performance improvements.

Fixes cvc5/cvc5-projects#314

api: Rename kind NULL_EXPR to NULL_TERM. (#8402)

Generate `enum` bindings for Python and Java (#8393)

This commit generalizes the generation of bindings for enums to include
enums in cvc5_types.h. The commit only generates the bindings, but
does not use them yet (e.g., do add an argument to
Solver::blockModels()). The generated Java bindings already respect
the C++ namespace whereas the Python bindings require a minor
restructuring to make the namespaces work (i.e., instead of cvc5kinds,
we should have cvc5.api.kinds).

Update checkSynth and checkSynthNext to return SynthResult (#8382)

Also extends to non-trivial unit test of SynthResult.

Note this also changes the expected output when using --sygus-out=status from unsat/sat/unknown to feasible/infeasible/fail (the option is used mostly just for our regressions). The output mode status-or-def is now equivalent to standard and is hence deleted.

Change output of abduction/interpolation for failed inputs (#8396)

Changes from "none" to "fail" to be consistent with SyGuS standard. Note that this means that we don't know if an abduct/interpolant exists.

[proofs] Alethe: Bug Fix in Cong Rule (#8391)

cvc5 suffered a segfault in the CONG rule because the refl step, e.g. (= v0 v0), was added without the cl connector, e.g. (cl (= v0 v0))

api: Remove  blocks in kinds header. (#8398)

[proofs] [cnf] Utilities to notify and track proofs of optimized SAT clauses in the ProofCnfStream (#8388)

Adds functionality for the TheoryProxy and ProofCnfStream modules to be notified of clauses that were asserted in lower levels than the current one. These clauses have their proofs tracked in the ProofCnfStream via an OptimizedClausesManager object.

Since the SAT solver may optimize the assertion level of propagation
explanations and of added clauses, we need to be able to maintain proofs across
context-popping. Not doing this can lead to open proofs. To do this the Proof
cnf stream uses an OptClausesManager to re-add proofs of facts inserted at
optimized levels.

Future PRs will change the SAT solver to use these notifications.

Fixes related to set defaults for sygus/proofs (#8395)

This ensures we always report that SyGuS is incompatible with proofs. As a result, we require disabling sygus in 2 contexts where it should have been disabled before.

Fix Python API tests (#8392)

Note that we are currently not running API tests on the CI due to the
changes in 23dd064.

api: Refactor kinds documentation. (#8384)

Properly guard commands in the SyGuS API (#8390)

This commit ensures we don't segfault in the SyGuS API (for non-text inputs) if the option sygus is not set to true. It also renames mkSygusVar to declareSygusVar for consistency with the sygus input format.

For SyGuS API inputs, we now use the option sygus to true instead of setting the language to sygus2.

This furthermore changes a few details in set-defaults regarding the relationship between the language, the sygus option, and when to apply default options for sygus.

It also adds a unit test for checkSynth.

Recategorize options (#8386)

Fixes for theory reference for datatypes (#8380)

Document proof rules for coverings solver (#8376)

This PR converts the documentation for the proof rules for the coverings solver.

Minor updates for quantifiers options (#8385)

[proofs] [sat] Handle resolution proofs for optimized clauses in incremental (#8389)

The SAT solver may associate, to the result of a resolution, a lower assertion
level than the current one. To be able to produce proofs to such clauses, we
extend the SAT proof manager to track which resolution results were
optimized. Then, when the SAT solver pops, the manager is notified and stores
the proofs for these optimized clauses, so that they can be reinserted when the
user context is popped. The latter is handled by the SAT proof manager's
OptClauseManager attribute.

Document arithmetic proof rules (#8373)

This PR converts the documentation for the arithmetic proof rules, excluding those for transcendentals and coverings.

Standardize more instances of skolems (#8351)

This is work towards limiting our usage of witness terms for skolems.

It standardizes witnessing of disequalities for sets, bags, and arrays in the appropriate way that uses mkSkolemFunction(...) instead of mkSkolem(...).

[sat] Add option to disable Minisat simplifications (#7992)

Useful to better control behavior, specially in terms of how the solver performs
when these simplifications (mainly variable and clause elimination) are
disabled, e.g. with incremental and/or proofs.

Also renames the previously confusing "--minisat--elimination" option, which
only refers to variable elimination, a subset of the Minisat simplifications.

Moreover deletes an old comment which no longer applies.

Fix a couple of parse error messages for sygus (#8381)

[unsat-cores] [sat-proof] Fix open proofs due to theory lemmas (#8371)

Previously when producing sat proofs for unsat cores (no theory proofs) theory lemmas were becoming open leafs in the final proof, breaking the invariant that only inputs should be so. This commit guards against this by justifying these lemmas with a THEORY_LEMMA step.

Fixes cvc5/cvc5-projects#468