More rewrites for indexof (#1648)

 Move regression tests to single Makefile.am (#1658)

Until now, regression tests were split across tens of different
Makefile.am, which required a lot of code duplication and does not
really seem to be in the spirit of automake. If we want to change the
LOG_COMPILER/LOG_DRIVER for example, we have to change every single
Makefile.am, which is cumbersome (I was able to get something
semi-working by exporting those variables but it didn't seem very
clean). Additionally, it made the output of the regression tests fairly
verbose and split the output across multiple log files. Finally
it also limited parallelism when running the regression tests (this fix lowers
the time it takes to run regression level 1 from 3m to 1m45s on my
machine with 16 threads).

This commit moves all the regression tests into
test/regress/Makefile.tests and changes test/regress/Makefile.am to deal
with this new structure. Finally, it changes how the test summary in
test/Makefile.am is produced: instead of relying on the log files for
the subdirectories, it greps for the test results in the log files of
the individual tests. Not the most elegant solution but we should
probably anyway delegate that task to a Python script at some point.

Fix various regression tests (#1657)

While reorganizing the regression tests, I found three tests with a
wrong status, one that CVC4 reported unknown for and some regression
tests that had command line options set in the Makefile.am instead of
the tests themselves. This commit fixes the status of the three
regression tests (verified the status with Z3), adds command line
options to make the previously "unknown" test work, and moves the
command line options from the Makefile.am into the individual regression
tests. The latter also required some minor changes to the regression
script because it would not try to determine the expected output from
the (set-info :status ...) command if there was one directive (such as
EXPECT/COMMAND-LINE/etc.).  This was an issue with the tests that now
have a COMMAND-LINE directive.

Fix for string disequality processing (#1679)

Add support for CaDiCaL as eager BV SAT solver. (#1675)

Minor refactor datatypes sygus (#1673)

Internally remove redundant assertions and infer equalities in NonLinearExtension (#1633)

Fix datatype dump regression. (#1672)

Minor fix and addition to sygus sampler (#1678)

Add parameterized datatypes example. (#1676)

correct instruction for running example (#1669)

Enable CEGQI for non-linear (#1674)

Document inferences for strings (#1642)

Use Cryptominisat version 5.0.2 (instead of 4.2.0). (#1664)

SmtEngine::getModel() is now public. (#1665)

Printers are now managed as unique_ptr (fix mem leak). (#1654)

Some minor cleanup in bv::utils. (#1663)

Add support for SMT-LIB v2.5 command get-unsat-assumptions (#1653)

Skip (get-unsat-assumptions) tests not supported (#1656)

(get-unsat-assumptions) requires the proof infrastructure,so we can't
run the regression tests if CVC4 has not been configured for it. This
commit changes the regression script to skip tests containing
(get-unsat-assumptions) when CVC4 has not been compiled with proof
support.

Cleanup Cryptominisat SAT wrapper. (#1652)

Cryptominisat has name conflicts with the other Minisat implementations since
the Minisat implementations export var_Undef, l_True, ... as macro whereas
Cryptominisat uses static const. In order to avoid these conflicts we
forward declare CMSat::SATSolver and include the cryptominisat header only
in cryptominisat.cpp.

Further, the helper functions are moved into an anonymous namespace in the .cpp file and functions that were not used are removed.

Fixed message in get-antlr script.

Fix Travis for unit test compilation errors. (#1651)

make units does not fail if we have compile error for a unit test, however, make check does.
-Wsuggest-override is now explicitly disabled for unit tests since CxxTest does not add override keywords to the generated source code and thus get a lot of compiler warnings.

Further, this fixes some issues introduced with #1647 due to make units not failing on Travis and fixes the nightly builds.

Make statistics output consistent. (#1647)

* Fixes --hide-zero-stats (and really skips the 0 values)
* Removes the additional newline after each statistic
* Introduces theory::getStatsPrefix(TheoryId) to generate consistent
  prefixes for statistics based on the theory id
  (e.g., THEORY_BV -> "theory::bv").

Simplify initialization of quantifiers engine (#1641)

Refactor symmetry breaking in datatypes sygus (#1640)

Remove printf from output utilities (#1629)

This commit removes the unused printf functions from the output utilities. It also adds `const` keywords where possible. Finally, it removes overloaded `const char*` functions if the same function existed for `const std::string&` and the `const char*` version was only casting the `const char*` to an `std::string`. This conversion happens implicitly, so the `const char*` version is not needed.

Update semantics for string indexof and replace (#1630)

Fix boost url in contrib/get-win-dependencies.

This fixes the broken windows nightly builds.

Enable -Wsuggest-override by default. (#1643)

Adds missing override keywords.

Fix for sampler. (#1639)

Add support for check-sat-assuming. (#1637)

This adds support for check-sat-assuming. It further adds support for SmtEngine::query() over a
vector of Expressions, e.g., smtEngine->query({a, b}); checks the validity (of the current input
formula) under assumption (not (or a b)).

Add CVC4_PUBLIC keyword to overloads of << for Expr containers. (#1644)

Add uniform way to serialize containers of Expr to stream. (#1638)

Fixed typo.

Optimization for sygus streaming mode (#1636)

Simplify sygus wrt miniscoping (#1634)

Fixed comments in smt_engine.h.

Print candidate rewrites in terms of original grammar (#1635)

Create infrastructure for sygus modules (#1632)

SmtEngine::getAssignment now returns a vector of assignments. (#1628)

Minor fixes for rec-fun (#1616)

Remove unused code in pushDefineFunRecScop in smt2.cpp. (#1627)

Improve rewriter for string indexof (#1592)

Option to not use partial function semantics for arithmetic div by zero (#1620)

Improvements to sygus sampling (#1621)

Add unit tests for BitVector, minor BV rewrite fix (#1622)

This commit adds unit tests for the BitVector class and adds some additional argument checks. Additionally, it fixes a minor issue in the ZeroExtendUltConst rule if the zero_extend was by 0 bits. In that case, the rule was calling BitVector::extract() with high < low.

Split and document bitvector.h. (#1615)

Fix cd-simplification for strings (#1624)

Minor improvements to string rewriter (#1572)

Fixed disabling the BV equality slicer for quantifiers. (#1623)

This fixes an incorrect condition introduced in #1619 to disable the BV equality slicer.

Disable BV equality slicer if not pure QF_BV. (#1619)

Improve documentation of bv::utils::isCoreTerm (#1617)

Moved and simplified bv::utils::intersect. (#1614)

Tested against the recursive implementation with a temporary assertion on regression tests
with --bv-eq-slicer=auto.

Minor fixes and additions for transcendental functions (#1612)

Also adds parsing support for PI in smt2 with syntax "real.pi".

Unrecursified and merged bv::utils::is(Core|Equality)Term. (#1605)

This unrecursifies and merges bv::utils::isCoreTerm and bv::utils::isEqualityTerm to avoid
code duplication.

In the best case, the recursive implementation visits less nodes. This can be achieved with
the non-recursive implementation, however, at the cost of increased code complexity.
In practice, on QF_BV the new implementation slightly improves performance.

Tested against the recursive implementation with a temporary assertion on regression
tests (bv::utils::isCoreTerm was tested with --bv-eq-slicer=auto).
Further tested on QF_BV with a TO of 300s (slight performance improvement).

bv::utils::mk(And|Or) Do not return true if size of vector is 0. (#1613)

Make regress1 default, only test regress0 on Travis. (#1611)

Removed bv::utils::mkConjunction (redundant). (#1610)

Fix corner case for rewrite of mult by pow 2 (#1601)

Refactor regressions (#1581)

Fix context memory manager unit test (#1609)

Commit 83f150c727f197c530d6f46a75b516eea52bed29 changed the flag
that we use to determine whether to use the context memory manager
or the debug version. However, the change was not reflected in
the context memory manager unit test. This commit fixes the unit
test to check the correct flag.

Quantifiers subdirectories (#1608)

Remove unused cd_set_collection.h (#1606)

Provide a uniform way to serialize node containers to output stream. (#1604)

Moved (unrecursified) bv::utils::collectVars. (#1602)

Skip header for determining top contributors list. (#1603)

Option to use extended rewriter as a preprocessing pass (#1600)

Minor improvements to sygus sampler (#1598)

Move (unrecursified) bv::utils::numNodes to lazy_bitblaster.cpp. (#1594)

This unrecursifies and moves bv::utils::numNodes to an unnamed namespace in lazy_bitblaster.cpp
(only place where it is used). Tested against the recursive implementation (with a temporary
Assertion) on regression tests.

More minor improvements to synth-rr (#1597)

Move BitVector specific funs from bv::utils to util/bitvector.h. (#1589)

Remove mkNode from bv::utils (#1587)

Removing an always true comparison (unsigned) >= 0u.  (#1582)

Class to reduce printing of redundant candidate rewrites (#1588)

Renaming CHECK to CVC4_CHECK. This avoids name collisions with other popular assertion macros. This name is likely temporary while Assert() is deprecated. (#1590)

Replacing an incorrect reference to an injected class name when the type was meant. (#1585)

Replace CMM flag with debug CMM flag, fix leak in debug CMM (#1586)

Previously, we had -DCVC4_CONTEXT_MEMORY_MANAGER that needed to be added as a compile flag
to use the context memory manager (which we want by default). This makes compiling with
other build systems cumbersome because you have to know about the flag.

This commit replaces the -DCVC4_CONTEXT_MEMORY_MANAGER flag with a -DCVC4_DEBUG_CONTEXT_MEMORY_MANAGER
flag that does the opposite (in absence of the flag, we use the context memory manager).
Additionally, the commit fixes a memory leak in the debug context memory manager (the
destructor did not clean up the allocations).

Inlining line_buffered_input to avoid warning about unused variables in production builds. (#1584)

Clean up bv utils (part one). (#1580)

This is part one of an effort to clean up bv utils. It addresses review comments not addressed in
#1566 (changes of moved code), removes unused functions and moves a helper to compute the
gcd over Index.

Adding virtual destructors on classes with virtual functions. (#1583)

Minor improvements to sygus sampling. (#1577)

Updated copyright

Initializing Timer::d_wall_limit (CID 1362899). (#1573)

Simplify and cleanup bv::utils::mkConjunction. (#1571)

Check whether Cryptominisat4/ABC was installed via get-* script. (#1565)

Remove invalid regression test (#1579)

Removing an unused variable. (#1576)

Fixing more inconsistent usages of override. (#1575)

Reduce number of Travis builds. (#1578)

Fixing line numbers on type_checker_template.cpp (#1574)

Cleanup Cryptominisat header. (#1561)

Clang formatted sat_solver_factor.cpp

Use template for bv::utils::mkOr. (#1570)

Adds a new CHECK macro that abort()s on failure. (#1532)

Add remaining transcendental functions (#1551)

Use template for bv::utils::mkAnd. (#1569)

Renamed bv::utils::isBVGroundTerm to isBvConstTerm. (#1568)

Split and document theory_bv_utils. (#1566)

This moves the implementation from the header to the .cpp file. It further documents all functions in
the header file.

Use separate shell script for common get-* script parts. (#1567)

Fixes two memory leaks coming from Transf. (#1564)

First, it adds a virtual destructor so the subclasses will get cleaned up. Second, it wraps the returned
pointer in a unique_ptr. Should fix ASAN failures in the nightly run.

Updated copyright header for bv_inverter.(cpp|h).