Updates based on the group code review of arithmetic on 2011-02-15.  The only substantive change is that UnatePropagator no longer uses attributes. The rest is comments and other beatification.

Deleting depricated files.

getting ready for slicing bitvectors

Overview of the changes:
- Preparing to remove row ejection from the code base!
- Checks for conflicts immediately after a pivot to avoid potentially wasteful search.
- Added arithvar_set.h. This replaces ArithVarSet that was previously in the Tableau, and ArithVarDenseSet.
- Removes variables that have no preregistered bounds during presolve().
- Theory::isLeafOf() currently returns true for atoms. (I was unaware.) I modified Variable::isMember() to account for this exclude atoms.
- Added statistics all over the place.

This commit effects both boolean search and simplex search so expect running times to go all over the place. The time differences should be roughly as follows:
http://goedel.cims.nyu.edu/regress-results/compare_jobs.php?job_id=1486&reference_id=1447&p=10&category=1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,29

updates for the rewriter, added some statistics

Reverses the order of the d_possiblyInconsistent queue. (It is that old termination bug again. *le sigh*)

3 heuristics were added to arithmetic. A heuristic for detecting an encoding of min added to static learning in LRA. A heuristic added for when the true branch and false branch are both constants (also in static learning). A heuristic for checking whether any variables begin in conflict before pivoting.

fix for build errors

Commit for the theory engine and rewriter changes. Changes are substantial and not yet finalized but I need to put it in to work further with the theory writers. Please check the files that you 'own'. Any comments or discussion is welcome. Further details will be coming in a follow up email later.

tls.h, rational.h, and integer.h are only re-generated if changed.  this obviates the need for a full rebuild just because you re-./configured.

minor fixes for correct doxygen output

make some CC module methods private that should not have been public

congruence closure module now supports things other than APPLY_UF; ported from "arrays" branch to trunk

permit PARAMETERIZED operators to be zero-ary

fix to static learning application in UF, resolves bug# 239

Changin the get() semantics to a CDQeue-sque semantics.

Merge from ufprop branch, including:

* Theory::staticLearning() for statically adding new T-stuff before
  normal preprocessing.  UF's staticLearning() does transitivity of
  equality/iff, solving the diamonds.

* more aggressive T-propagation for UF

* new KEEP_STATISTIC macro to hide Theories from having to
  register/deregister statistics (and also has the advantage of
  keeping the statistic type, field name, and the 'tag' used to output
  the statistic in the same place---instead of scattered in the theory
  definition and constructor initializer list.  See documentation for
  KEEP_STATISTIC in src/util/stats.h for more of an explanation).

* more statistics for UF

* restart notifications from SAT (through TheoryEngine) via
  Theory::notifyRestart()

* StackingMap and UnionFind unit tests

* build fixes/adjustments

* code cleanup; minor other improvements

add statistics support information to --show-config

small changes to documentation; also, '\''make doc'\'' doesn't build dot graphs (but nightly build system will produce them)

fix improper CongruenceClosureWhite test by merging from a uf branch; fixes the nightly test failure

add some stats to UF/CC

The "UF engineering issues" release, after much profiling.

* swap in backtracking data structures (that use and maintain their own
  undo stack) in some places instead of the usual Context-aware
  paradigm (MUCH faster).

* cosmetic changes to UF, CC modules.

Added Theory::presolve().

SmtEngine now fails with a ModalException if --incremental is not enabled
but a push/pop or multiple query is attempted (previously it could give
incorrect answers)

Also, fix some multi-query and push-pop tests that had wrong answers, and
support a new "% COMMAND-LINE: " gesture in regression tests so that a
test can pass additional, specific command line flags it wants to run
with (here, --incremental).

Also fix mkbuilddir script for when it's called from contrib/switch-config.

fix function signatures

cleanup from today's commits: delegate as-yet-unimplemented prettyprinters in a better way; fix arith Makefile

Changes to Solver and PropEngine to support lemmasOnDemand during solve but not yet in d_checkSat.

Pretty-printer infrastructure created (in src/printer) and SMT-LIBv2 printer
implemented.  This new infrastructure removes support for pretty-printing
(even in the AST language) an Expr with reference count 0.  Previously,
this was supported in a few places internally to the expr package, for
example in NodeBuilder.  (Now, a NodeBuilder cannot be prettyprinted, you
must extract the Node before printing it.)

This commit merges the arith-prop-opt branch into the main trunk. This was done by way of the intermediate branch arith-prop-tmp. Both arith-prop-opt and arith-prop-tmp will now be phased out.

minor tweaks to last commit, testing infrastructure

fix some things with the build system (make dist, make install, make check)

Some bug fixes in the SAT for lemmas, and an experiment with a more complete (wr propagation) splitter in arithmetic.

make addsourcedir executable

Lemmas on demand work, push-pop, some cleanup.

command-line flag to disable theory registration, also SMT-LIBv2 compliance (per SMT-LIB mailing list this afternoon)

cleanup, documentation, SMT-LIBv2 compliance

fix out-of-date version/copyright for minisats

Moving Options fiddling to options.h

competition mode implies --no-checking

Moving the post_mortem.py script out of contrib and into the cvc4 scripts directory.

Updates post_mortem.py script to be able to handle certain kinds of crashes and new statistics.

This commit adds the ejected and un-ejected statistics.

Adds size() to RowVector.

Adds statistics for the number of Uservariables and Slack variables used by arithmetic.

Adds AverageStat to stats.h.

small fix to debug segfaults

enable dependence graphs in doxygen; fix lots of doxygen warnings, fix some documentation, and make it possible to "make doc" on a clean source tree (post-configure)

maximize stack limit, handle SEGV signals on an alternate signal stack, and try to diagnose stack overflow

Adds a hueristic from Alberto's thesis. For a fixed window the row count is used to select which non-basic variable is a row in made basic.

Fix for a problem caused by using a != instead of == in generateConflictBelow(). Resolves a bug introduced in -r1063.

portability updates to build system

Adds a very small test that triggers a bug. The bug is from the commit for -r1063.

minor fixes as a result of review of Chris's getType() rewrite; also fix some macros to make various GCC versions happy

Fixes RowVector::has().

Factors out the QF_LRA decision procedure from TheoryArith and puts this into its own class SimplexDecisionProcedure. Implements about 1/2 of the pivoting rule from Alberto's thesis (section2.5.3).

The Row implementation has no been replaced by RowVector and ReducedRowVector.  A RowVector is an array of ArithVar and Rational pairs. (This replaces a map based implementation in Row.) ReducedRowVector is a RowVector with a notion of having a basic variable.  The Tableau is now a collection of ReduceRowVector's.  A major difference between ReducedRowVectors and Rows is that the iterator now includes the basic variable and its coefficient (always -1). Before only nonbasic members were accessible by the iterator.

Changing NodeBuilder::debugCheckType() to maybeCheckType()
Changing NodeManager/ExprManager constructors to take Options

Disabling bottom-up algorithm in NodeManager::getType() when type checking
is not requested or eager type checking is enabled

fix confusing CXXTEST configure message, indicating success at finding cxxtest when it wasn't found.

Small change to documentation in NodeManager::getType

Slightly more efficient version of getType

make dist-building more pleasant (put .tar.gz in builds/ directory)

Changing dependency info in README

Modifying getType to use a non-recursive algorithm (Fixes: #228)

fix test Makefile

"make dist" fixes; a distribution tarball can now build and pass tests. "make distcheck" fails only because one of the "clean" targets needs work in test/unit

support focus on a particular subpackage (e.g. "expr")

inter-package dependence graph generation (in dot format)

GetValueCommand now gives a TUPLE as output, with the first operand the input expression and the second the value (resolves bug 227)

Cleaning up some header files

Adding dependency info to README

for static linking of driver binary, list libmain.a first (fixes link errors in last night's regressions)

missing case in expr output; resolves bug 226

Adding unit test for InteractiveShell

add a CVC4_UNDEFINED keyword, for intentionally undefined functions (like private copy constructors and assignment, for instance) that generates better, compile-time error messages if the function is used (before, you'd have to wait until link time); also some minor cleanup

Removed slack.h, and arith_activity.h. Replaced IsBasicManager with the more general ArithVarDenseSet.  Renamed NextArithRewriter to ArithRewriter.

Adding Parser::setInput and using it in InteractiveShell (Fixes: #225)
Removing ParserBuilder::withStateFrom

removing unused functionality from util; related to bug #222

fix valgrind-reported errors in parser builder; a non-SMT parser was always used (rather than an Smt or Smt2) regardless of input language

Saving state between lines in interactive mode (Fixes: #223)

Using Options in ParserBuilder and InteractiveShell

Merging main/getopt.cpp, main/usage.h, and smt/options.h in
util/options.h,cpp

Code cleanup for TheoryArith.

comment out the "interactive" check in SmtEngine::getValue() for now (resolves bug 224), and fix a comment in NodeManager header

Fixes to getValue for TheoryArith.

* Option --no-type-checking now disables type checks in SmtEngine
* Adding options --lazy-type-checking and --eager-type-checking
  to control type checking in NodeBuilder, which can now be enabled
  in production mode and disabled in debug mode
* Option --no-checking implies --no-type-checking
* Adding constructor SmtEngine(ExprManager* em) that uses default options

Changing --no-early-type-checking to --no-type-checking
Disabling type checking when --no-checking is given (Fixes: #221)

Enabling semantic checks in ParserBuilder

Adding detection of TTY vs. piped input for interactive mode

Fixing minor whitespace bug in the parser

Adding support for interactive mode

fix bug #220 (assertion fails if no query/check-sat); add bug220.smt2 and bug217.smt2 as regressions; fix to build system to only run regressions (not units) if you "make -C test regress", for example (this matches behavior elsewhere)

Fixed computation of infinitesimals for arithmetic model generation.

Removed vector<Monomial> monos from Polynomial.  Now using expr::NodeSelfIterator.

Added test/regress/regress1/arith and populated it with some fast SMT LIB problems.

with --stats, statistics are dumped for memouts and (normal) exceptions.

IDENTITY has been removed.

minor unit test fix-ups

fix debugPrintNode(), debugPrintTNode(), debugPrintNodeValue(), debugPrintTypeNode() -- thanks Tim for pointing this out

fix some leaks in parser, add debug code to node manager to find more