portability updates to build system

Adds a very small test that triggers a bug. The bug is from the commit for -r1063.

minor fixes as a result of review of Chris's getType() rewrite; also fix some macros to make various GCC versions happy

Fixes RowVector::has().

Factors out the QF_LRA decision procedure from TheoryArith and puts this into its own class SimplexDecisionProcedure. Implements about 1/2 of the pivoting rule from Alberto's thesis (section2.5.3).

The Row implementation has no been replaced by RowVector and ReducedRowVector.  A RowVector is an array of ArithVar and Rational pairs. (This replaces a map based implementation in Row.) ReducedRowVector is a RowVector with a notion of having a basic variable.  The Tableau is now a collection of ReduceRowVector's.  A major difference between ReducedRowVectors and Rows is that the iterator now includes the basic variable and its coefficient (always -1). Before only nonbasic members were accessible by the iterator.

Changing NodeBuilder::debugCheckType() to maybeCheckType()
Changing NodeManager/ExprManager constructors to take Options

Disabling bottom-up algorithm in NodeManager::getType() when type checking
is not requested or eager type checking is enabled

fix confusing CXXTEST configure message, indicating success at finding cxxtest when it wasn't found.

Small change to documentation in NodeManager::getType

Slightly more efficient version of getType

make dist-building more pleasant (put .tar.gz in builds/ directory)

Changing dependency info in README

Modifying getType to use a non-recursive algorithm (Fixes: #228)

fix test Makefile

"make dist" fixes; a distribution tarball can now build and pass tests. "make distcheck" fails only because one of the "clean" targets needs work in test/unit

support focus on a particular subpackage (e.g. "expr")

inter-package dependence graph generation (in dot format)

GetValueCommand now gives a TUPLE as output, with the first operand the input expression and the second the value (resolves bug 227)

Cleaning up some header files

Adding dependency info to README

for static linking of driver binary, list libmain.a first (fixes link errors in last night's regressions)

missing case in expr output; resolves bug 226

Adding unit test for InteractiveShell

add a CVC4_UNDEFINED keyword, for intentionally undefined functions (like private copy constructors and assignment, for instance) that generates better, compile-time error messages if the function is used (before, you'd have to wait until link time); also some minor cleanup

Removed slack.h, and arith_activity.h. Replaced IsBasicManager with the more general ArithVarDenseSet.  Renamed NextArithRewriter to ArithRewriter.

Adding Parser::setInput and using it in InteractiveShell (Fixes: #225)
Removing ParserBuilder::withStateFrom

removing unused functionality from util; related to bug #222

fix valgrind-reported errors in parser builder; a non-SMT parser was always used (rather than an Smt or Smt2) regardless of input language

Saving state between lines in interactive mode (Fixes: #223)

Using Options in ParserBuilder and InteractiveShell

Merging main/getopt.cpp, main/usage.h, and smt/options.h in
util/options.h,cpp

Code cleanup for TheoryArith.

comment out the "interactive" check in SmtEngine::getValue() for now (resolves bug 224), and fix a comment in NodeManager header

Fixes to getValue for TheoryArith.

* Option --no-type-checking now disables type checks in SmtEngine
* Adding options --lazy-type-checking and --eager-type-checking
  to control type checking in NodeBuilder, which can now be enabled
  in production mode and disabled in debug mode
* Option --no-checking implies --no-type-checking
* Adding constructor SmtEngine(ExprManager* em) that uses default options

Changing --no-early-type-checking to --no-type-checking
Disabling type checking when --no-checking is given (Fixes: #221)

Enabling semantic checks in ParserBuilder

Adding detection of TTY vs. piped input for interactive mode

Fixing minor whitespace bug in the parser

Adding support for interactive mode

fix bug #220 (assertion fails if no query/check-sat); add bug220.smt2 and bug217.smt2 as regressions; fix to build system to only run regressions (not units) if you "make -C test regress", for example (this matches behavior elsewhere)

Fixed computation of infinitesimals for arithmetic model generation.

Removed vector<Monomial> monos from Polynomial.  Now using expr::NodeSelfIterator.

Added test/regress/regress1/arith and populated it with some fast SMT LIB problems.

with --stats, statistics are dumped for memouts and (normal) exceptions.

IDENTITY has been removed.

minor unit test fix-ups

fix debugPrintNode(), debugPrintTNode(), debugPrintNodeValue(), debugPrintTypeNode() -- thanks Tim for pointing this out

fix some leaks in parser, add debug code to node manager to find more

hooked up "we are incomplete" flag after conversation with Tim (a theory notifies the theory engine through its output channel); some cleanup; add a regression for bug #216

Merge from cc-memout branch.  Here are the main points

* Add ContextMemoryAllocator<T> allocator type, conforming to
  STL allocator requirements.

* Extend the CDList<> template to take an allocator (defaults
  to std::allocator<T>).

* Add a specialized version of the CDList<> template (in
  src/context/cdlist_context_memory.h) that allocates a list
  in segments, in context memory.

* Add "forward" headers -- cdlist_forward.h, cdmap_forward.h,
  and cdset_forward.h.  Use these in public headers, and other
  places where you don't need the full header (just the
  forward-declaration).  These types justify their own header
  (instead of just forward-declaring yourself), because they
  are complex templated types, with default template parameters,
  specializations, etc.

* theory_engine.h no longer depends on individual theory headers.
  (Instead it forward-declares Theory implementations.)  This is
  especially important now that theory .cpp files depend on
  TheoryEngine (to implement Theory::getValue()).  Previously,
  any modification to any theory header file required *all*
  theories, and the engine, to be completely rebuilt.

* Support memory cleanup for nontrivial CONSTANT kinds.  This
  resolves an issue with arithmetic where memory leaked for
  each distinct Rational or Integer that was wrapped in a Node.

check last result in (get-assignment); some context cleanup

use "forward" headers

additional model gen and SMT-LIBv2 compliance work: (get-assignment) now supported; work on Result type (biggest noticeable change is that CVC4 now outputs lowercase "sat" and "unsat"), Options class moved to src/smt, to allow for future work on runtime configuration via (set-option) command

reverting some changes to parser from last commit

support for SMT-LIBv2 :named attributes, and attributes in general; zero-ary define-fun; several set-info, set-option, get-option, get-info improvementss

fix to unit tests

bug fixes to model gen

Model generation for arith, boolean, and uf theories via
(get-value ...) SMT-LIBv2 command.  As per SMT-LIBv2 spec,
you must pass --interactive --produce-models on the command
line (although they don't currently make us do any extra
work).  Closes bug #213.

* (define-fun...) now has proper type checking in non-debug builds
  (resolves bug #212)

* also closed some other type checking loopholes in SmtEngine

* small fixes to define-sort (resolves bug #214)

* infrastructural support for printing expressions in languages
  other than the internal representation language using an IO
  manipulator, e.g.:

    cout << Expr::setlanguage(language::output::LANG_SMTLIB_V2) << expr;

  main() sets the output language for all streams to correspond to
  the input language

* support delaying type checking in debug builds, so that one can debug
  the type checker itself (before it was difficult, because debug builds did
  all the type checking on Node creation!): new command-line flag
  --no-early-type-checking (only makes sense for debug builds)

* disallowed copy-construction of ExprManager and NodeManager, and made other
  constructors explicit; previously it was easy to unintentionally create
  duplicate managers, with really weird results (i.e., disappearing
  attributes!)

support (set-info) on status, source, category, difficulty, smt-lib-version, and notes; reduces extraneous "unsupported" output

oops, reverting a change to a regression test that had intentionally caused a typechecking violation

type checking for define-fun in production builds; related to (and might resolve) bug 212

NodeSelfIterator implementation and unit test (resolves bug #204); also fix ParserBlack unit test initialization

Small tableau optimization.

SMT-LIBv2 (define-fun...) command now functional; does eager expansion at preprocessing time

declare-sort, define-sort working but not thoroughly tested; define-fun half working (just need to decide where to expand)

parser and core support for SMT-LIBv2 commands get-info, set-option, get-option, get-assertions, get-value, define-sort, define-fun, and declare-sort with arity > 0; SmtEngine doesn't yet support most of these, but will shortly...

fix gdb issues (at least for static builds); resolves bug 194

fix regular expressions in build system

fixing CLN builds, which had broken the build tonight; will re-run regression script

re-add a dependency to fix compile warnings

remove/shuffle some #include dependencies; fix some documentation; apply coding standards

Fix to bug 211. ArithVar is now typedefed to uint32_t.

file header documentation regenerated with contributors names; no code modified in this commit

revert a workaround fix to CDMap that was committed as part of the arith-indexed-vars merge, and fix the root cause (maybe?) in attribute.cpp: previously, items from the cdnodes attribute table weren't properly being "obliterated" from the table due to a typo

dump statistics on abnormal output: unexpected exceptions, SEGV, ILL, memout...

branches/arith-indexed-variables merged into the main trunk.

re-add no-deprecated to C sources; update some file-level documentation; first look at cdvector for code review

last update broke the parser inadvertently, fixing...

replacement implementation for clock_gettime() on mac os x, build portability (resolving mac os x issues), code cleanup, fix compiler warnings

fixed a number of problems with mac os x builds.  build now works on mac os x if you disable the clock_gettime check in configure.ac (resolves bug #202), but the parser is broken (new bug #208)

fix predicate bug in UF; code cleanup in theory.cpp

node iterator work

fix pre-registration of operator, previously committed; clean up theory engine code and unit test

fix unit test for kinded iterators in Node/TNode

fix TLS support for platforms (e.g. Mac OS X) where __thread storage class doesn't exist, and clean up a few things in NodeManager

comment fix as per this morning's meeting; also, don't theory-rewrite operators (resolves bug #198)

add workaround for systems (i.e., Mac OS X) that don't support __thread; also configure script auto-detection of __thread support and syntax

- This update adds DynamicArray<T>.  This is a bare bones heap allocated array that dynamically can increase in size.  This has functionality similar to vector<T>. The main difference is that it can be constructed in an ill-formed manner. This means that it can generalize CDList<T>.
- CDVector<T> has been added. This is intended to allow for context-dependent destructive updates, while the vector size increases are permanent. Behaviorally, this is most similar to vector< CDO<T> >. The differences between the two are: only one ContextObj is registered to the Context, backtracks are done in a lazy fashion, CDVector::push_back(val) sets the value of back() at context level 0 to val where vector<CDO<T>>::push_back(val) sets back() at the current context level to val and back() at context level 0 to the default constructor T().

equality triggers for the equality engine
fixed order of destruction in smt_engine

roll back an unintended change with r900

Fix build system for Mac OS X builds (resolves bug #203)

basic union find for bitvectors

Fixing NodeBuilderBlack

Rm'ing automatic type check in NodeBuilder for vars/constants

remove assertion in TNode destructor and ensure all TNode methods check rc > 0 (resolves bug #200); on NodeManager/ExprManager side, no more prepareToBeDestroyed() / inDestruction

fix statistics-registry-related memory leaks

part of review (bug #197): coding conventions, file-level documentation, re-ran update-copyright.pl, etc.