add workaround for systems (i.e., Mac OS X) that don't support __thread; also configure script auto-detection of __thread support and syntax

- This update adds DynamicArray<T>.  This is a bare bones heap allocated array that dynamically can increase in size.  This has functionality similar to vector<T>. The main difference is that it can be constructed in an ill-formed manner. This means that it can generalize CDList<T>.
- CDVector<T> has been added. This is intended to allow for context-dependent destructive updates, while the vector size increases are permanent. Behaviorally, this is most similar to vector< CDO<T> >. The differences between the two are: only one ContextObj is registered to the Context, backtracks are done in a lazy fashion, CDVector::push_back(val) sets the value of back() at context level 0 to val where vector<CDO<T>>::push_back(val) sets back() at the current context level to val and back() at context level 0 to the default constructor T().

equality triggers for the equality engine
fixed order of destruction in smt_engine

roll back an unintended change with r900

Fix build system for Mac OS X builds (resolves bug #203)

basic union find for bitvectors

Fixing NodeBuilderBlack

Rm'ing automatic type check in NodeBuilder for vars/constants

remove assertion in TNode destructor and ensure all TNode methods check rc > 0 (resolves bug #200); on NodeManager/ExprManager side, no more prepareToBeDestroyed() / inDestruction

fix statistics-registry-related memory leaks

part of review (bug #197): coding conventions, file-level documentation, re-ran update-copyright.pl, etc.

svn:ignore properties for new bv stuff

some code cleanup, documentation, review of "kinded-iterator" code, and addition of a unit test

iterators for tim, begin<PLUS>() and end<PLUS>() should give him what he wants

Rm'ing Makefile.in's

Moving automatic type check to NodeBuilder (Fixes: #199)

hooking up the bitvector tests

bitvector rewriting for the core theory and testcases

Bug fix to CVC4::theory::arith::VarList as well as some superficial changes. test/regress/regress0/arith/arith.03.cvc now passes and is turned on by default.  Tiny documentation fix for the arithmetic normal form.

* added test/regress/regress0/arith for easy arithmetic regress tests.

ensure uf/congruence closure debugging stuff isn't called in production builds

make Node iterators more STL-friendly, resolves bug #196

build system consistency in target names for unit test targets

statistics are now printed on timeout (SIGXCPU) and SIGINT if --stats is given

link TAGS file into builds/ directory, when built.  Resolves bug #195

* New normal form for arithmetic is in place.
* src/theory/arith/normal_form.{h,cpp} contains the description for the new
  normal form as well as utilities for dealing with the normal form.
* src/theory/arith/next_arith_rewriter.{h,cpp} contains the new rewriter.
  The new rewriter implements preRewrite() and postRewrite() for arithmetic.
* src/theory/arith/arith_rewriter.{h,cpp} have been removed.
* TheoryArith::rewrite() has been removed.
* Arithmetic with the new normal form outperforms the trunk where the branch
  occurred (-r797) on 46% of the examples in QF_LRA. (33% have no noticeable
  difference.) Some important optimizations are stilling pending to the code
  for handling the new normal form. (Bug 196.)

"Leftist NodeBuilders" are now supported.

That is, "nb << a << b << c << OR << d << AND" turns into
  (AND (OR a b c) d)

The rule is:  pushing a kind onto a NodeBuilder with a nonzero
number of child Nodes in it, the action "collapses" it.  If a
kind is already associated to the NodeBuilder, it is an error.

Thus:
  NodeBuilder<> nb(AND); nb << AND;
and
  NodeBuilder<> nb; nb << AND << OR;
are both errors (if assertions are on).

In reality, though, the implementation is trickier, as the collapsing
is done lazily on the following push.  This complicates things a bit,
but by placing an Assert(false), I found that we aren't depending on
the old behavior (at least for any unit tests or regressions in the
source tree).  The Assert(false) is now removed and leftist
NodeBuilders are in business.

Fixes bug 101.

recategorize eq_diamond14 as a regress2 test (instead of regress0)

fix an error in TimerStat

neglected build system update from r848 (last commit)

* add TimerStat statistic type
* add Stats black-box unit test
* new make target: "make units" now runs unit tests only
* revised make target: "make regress" now runs regressions only
* configure.ac: pull in librt for clock_gettime()

"make check" now places binaries in the proper place before doing the checks; this closes bug 46 finally, though the major annoyances related to this bug already had been fixed long ago

reflect in build strings that -gmp is now the default and -cln is an option

added documentation, closes bug 97

Making GMP default, CLN opt-in with --with-cln

updating the minisat restart parameters after running some experiments

turn off extra-checking (which does extra theory-rewriter checking); it was enabled by mistake in the last commit

UF theory bug fixes, code cleanup, and extra debugging output.
Enabled new UF theory by default.

Added some UF regressions.

Some work on the whole equality-over-bool-removed-in-favor-of-IFF
thing.  (Congruence closure module and other things have to handle
IFF as a special case of equality, etc..)

Added pre-rewriting to TheoryBool which rewrites:

  * (IFF true x)          =>  x
  * (IFF false x)         =>  (NOT x)
  * (IFF x true)          =>  x
  * (IFF x false)         =>  (NOT x)
  * (IFF x x)             =>  true
  * (IFF x (NOT x))       =>  false
  * (IFF (NOT x) x)       =>  false

  * (ITE true x y)        =>  x
  * (ITE false x y)       =>  y
  * (ITE cond x x)        =>  x

Added post-rewriting that does all of the above, plus normalize IFF and ITE:

  * (IFF x y)             =>  (IFF y x), if y < x
  * (ITE (NOT cond) x y)  =>  (ITE cond y x)

(Note: ITEs survive the removal-of-ITEs pass only if they are Boolean-valued.)

A little more debugging output from CNF stream, context pushes/pops,
ITE removal.

Some more documentation.

Fixed some typos.

more tests, configuration for UF

Merge from "cc" branch:

CongruenceClosure implementation; CongruenceClosure white-box test.

New UF theory implementation based on new CC module.  This one
supports predicates.  The two UF implementations exist in parallel
(they can be selected at runtime via the new command line option
"--uf").

Added type infrastructure for TUPLE.

Fixes to unit tests that failed in 16-August-2010 regressions.
Needed to instantiate TheoryEngine with an Options structure, and
explicitly call ->shutdown() on it before destruction (like the
SMTEngine does).

Fixed test makefiles to (1) perform all tests even in the presence of
failures, (2) give proper summaries of subdirectory tests
(e.g. regress0/uf and regress0/precedence)

Other minor changes.

Add "no trash" CDMap elements, so that CDMap elements can themselves
be allocated in context memory.  CDMap black-box test extended.

Change TheoryEngine to use pointers to theories instead of
calling them directly.  In tests this doesn't appear to
lead to slowdown.

add zlib checks to configure (new minisat requires it?)

Fixing failures in minisat

renaming minisat .C to .cc

Adding the changes to the original copy

Importing MiniSat2 070721 into trunk

Removing newer version of MiniSat for Dejan's preferred import

Importing MiniSat2 2.2.0 into trunk

Removing old version of MiniSat for proper vendor import

Adding configuration_private.h to allow inlining of configuration checks

fix TheoryEngineWhite, add documentation; related to bug #188

Adding TypeCheckingException to throws clause in SMT parsers

Forcing a type check on Node construction in debug mode (Fixes: #188)
NOTE: mkNode/mkExpr/parsing functions can now throw type checking exceptions

fixed theory engine white test for new (old) theoryOf() behavior (re: bug 188)

Moving EQ->IFF handling from TheoryEngine to parser/type checker

Adding optional 'check' parameter to getType() methods

incorporate a fix from smtcomp2010 version for handling CNF of (= bool bool); also make theoryOf(= t1 t2) return theoryOf(t1.getType()), rather than theoryOf(t1), as the latter gives different results for (= (geq x1 x2) (leq x2 x1)) and (= a (leq x2 x1)), which is strange and causes problems.  should discuss at tuesday meeting.  resolves bug 187.

Added test file for fuzzsmt bug, bug187.smt2.

add >, <=, and >= comparisons for Exprs and Nodes

Fix for the type in sat propagation.

the tableaux optimization

Moving cluster-qf_lra-full to scripts project

Moving cluster-qf_lra-benchmark to scripts project

Adding missing operators in SMT2 parser: UMINUS, DIVISION, GEQ, LEQ

Fixing Array type in SMT v1.2

I am adding my smt-crunch scripts to source control.  Others may find them useful. To use them, log into goedel, sudo su acsys-user, and run ./cluster-script PATH_TO_EXECUTABLE. Be sure to change the email address in the script before using it. Improvements are of course welcome.

context work to support cdmaps with elements allocated in context memory

Updates to the post_mortem.py script.

Shared term manager tested and working
It is currently tracking all asserted equalities for simplicity.
Might want to check if this is a performance hit

Making plus-mult.cvc test a bit more torturous (as enabled by r744)

Fixes arith rewriter to allow for division by a constant. It previously only allowed for a constant divided by a constant.

Fixing test plus-mult.cvc by making it linear (Fixes: #184)

minor changes to cdmap/cdset interface for detection of duplicate inserts

chris and i committed the same fix; reverting the (now duplicated) fix

Updated headers

Added shared term manager.  Basic mechanism for identifying shared terms is
working.  Still need to implement theory-specific shared term propagation.

Disabling failing tests

add exit status to regression that was failing

some build system changes reverted after the CLN build system work a few days ago, these are now fixed:  competition configurations build with -O9 (as they used to); they are static-binary by default and shared libs are not built; also the default autoconf compiler flags "-g -O2" is removed from builds

competition submission should be fully static

fixed submission target

things for competition upload: new "make submission" target

Adding tests for precedence of arithmetic in CVC inputs

Adding config.reconfig to .gitignore

Fixed exit status for competition mode.

Don't eagerly collect zombies.  This should speed up things for competition but might flush out some memory issues.  Passes all regressions so far..

add Configuration::isCompetitionBuild() and some main driver fixes

fix crash on command line parsing

Moved registration to theory engine

Adding Array types to SMT2 parser

Adding arithmetic symbols to CVC parser (Fixes: #176)

merge from CC work: pieces of the parser need to be declared to throw AssertionException, and language enum should have stream insertion op

Fixes for doubled-statistics (bug 171), a fix to muzzled builds and some minor code
cleanup found while searching for additional cases.  Closes bug 171.

add regressions from bug reports

better exception wording, assertion-handling in multiple-exception case; resolves bug 175.  also newer URL for config/pkg.m4

better exception wording, assertion-handling in multiple-exception case; resolves bug 175.  also newer URL for config/pkg.m4

workaround for strange CIMS installation of automake; resolves bug 172: autogen fails on CIMS machines