more smtcomp-submission script work

Flush output stream after result printed in portfolio.

Fix for competition mode + parallel.

Fix parallel run script.

Merge branch 'master' of https://github.com/CVC4/CVC4

switched bv equality order

Update SMTCOMP script to handle all quantified logics.

Fix an omission in bv sources.

--best now implies --with-glpk --with-abc

Some clean-up, post bv-merge.

Add abc to build id and fix static building.

Add abc to --show-config output and Configuration class API.

Add ability to select abc source path.

Fix arch_flags for abc.

Merge pull request #31 from kbansal/sets

Sets

fixed unit tests failures

disable another test, after recent merges taking too long

disable failing test

sets: comment out an assertion too strong

user/sat context issue in sets

fix in sets rewriter

fixing bv ackermanization cache bug

Add new --pb-rewrites options to QF_LIA run script for SMT-COMP.

Some news about API changes.

Merging Tim's pseudoboolean work from his fmcad14 branch.

Signed-off-by: Morgan Deters <mdeters@cs.nyu.edu>

reverting portfolio hack

Merging CAV14 paper bit-vector work.

Disallow copy/assignment of SmtEngine.

Tim's options for QF_LIA and QF_LRA---SOI+approx.

Merge pull request #29 from kbansal/alternatefix

Fix for emptyset in smt2 parser, sets translator to quantified logic, misc

Add missing set of braces, fixes --trace.

Also ensure // commented Debug() lines don't get included in Debug/Trace_tags.

parseErrorHelper : factor out whole word matching

catches some corner cases, more readable too

test for prvs commit (tokenize emptyset)

9978c259f30b1f4b2c70c04589a309033a6eb1f6

Previous "repeat" fix required extra lookahead (leading to assert-fails).  Fixed, at the cost of an antlr warning that's safe to ignore for now.

smt2 parser: tokenize emptyset only if theory enabled

Better error when there are \backslashes in |quoted symbols|.

Allow 'repeat' as an SMT-LIB user symbol name (UFNIA/vcc-havoc does this).

sets translate: a different translation using axioms

todo: set logic correctly, split the code for two translators

sets translator: fix for dags

Merge pull request #28 from kbansal/sets

Sets translator, bug fixes

Fix submission script (again).

rm warning from helloworld example

Patch for the subtype theoryof mode to make the equalities over disequal types get sent to the theory of the type.
Adding a new test case for bug 569.
Fixes to the normal form of arithmetic so that real terms are before integer terms.

sets: fix equality propagation

-{d,t} help => --show-{debug,trace}-tags

option to hide stats which are zero (off by default), also some aliases

Sets translate, and other short fixes

- $ is a simple symbol is smt2.
- ever found yourself counting in kind.h? no longer.
- expose parser "logic is set" state for smt/smt2 (any better way?)
- a more helpful assertion message in smt_engine

SMT-COMP version gets built --with-abc.

Add --default-dag-thresh to translator, build translator with other examples.

When printing in SMT, print N-ary bvadd/bvmul/concat/bvand/bvor/bvxor as binary.

Add operator support (resolves bug #563).

SmtEngine::checkModel() now checks that model values are of the correct type (related to bug #569).

Update commit # for get-abc script, anticipating Liana's merge.

Fix usability issue with tear-down incremental mode.

SMT strict mode now disallows N-ary use of concat, bvadd, bvmul, bvand, bvor, and bvxor.

Fixing run-script for smt-comp

Another check when making SMT-COMP submission zipfiles.

Fix StarExec description files for new requirements.

Support E-matching/QCF for Set operators.

Fix for Windows builds (rlimit doesn't exist on Windows).

More make rules

One final bit (I hope) of make magic

More make rules

Bug fix for string-opt2 (copied from Tianyi's branch).

Update submission make rules.

Change SMT COMP script to use external timeouts.

Run script updates: no --stats, also application-track version.

run script fix

Improve --dt-stc-ind for multi-variable datatype properties.

Fixes for --inst-max-level

Fix personal.mk for some make targets.

Minor changes to script.  Disable cbqi sat.

Add option to avoid dumping partial models/proofs.

Some fixes to GC order in Java.

Merge pull request #27 from kbansal/statistics

update stats_black

update stats_black

New --tear-down-incremental mode, useful for debugging and performance profiling.

fix timespec printing

sorry prvs fix added some unrelated code

Revert "timespec printing bug"

This reverts commit 9006b759cfa01c6006196e0716c2d67c760556a6.

timespec printing bug

Fix typo in Java destruction code; should fix some recent bug reports of crashes in Java.

Improved type-checking for tuple and record selects.

Fix bug 567

This bug got introduced in 96eccb0d6134ccf4ead0134299b2e3750a890083.
The backing Node didn't always exist because of the changes.

Fixing Tim's subtype/solving bug for arrays

Separating an implicit inclusion of smt_engine.h from theory.h.

Fixing a soundness bug due to the default implmentation of Theory::ppAssert() not respecting subtyping.

Improve quantifier instantiation: always use original terms when matching (was missing for simple triggers).   Minor updates to scripts.

Some cleanup, fix warnings raised by Debian packager.

Fix bug in E-matching Real/Int terms.

Safer swig-wrapping for unsigned long long in Java, which will throw an exception if the argument is out of bounds for unsigned long long.  Thanks to Steve Siegel for the report.

Fix compiler warning (missing virtual dtor)

More documentation fixes. Apologies for multiple commits.

Fixing documentation for glpk configuration.

minor fix for string equality engine assertion.

Merge pull request #26 from kbansal/sets

Sets

lfsc_checker: fix some warnings reported by _both_ gcc and clang

sets: fix a bug in model building, another in handling set of sets

minor improvements (fixes) to did-you-mean suggestions

Minor fixes.  Add SMTCOMP 2014 script.

Finish --dump-instantiations option.  Update scripts.

Reject native extended ASCII characters. It requires user to use escaped sequence for an extended ASCII character.

Reject un-escaped extended ASCII characters

Add lazy strategy for bounded integers to avoid non-terminating unsat cases.  Add regressions.

Merge branch 'master' of github.com:tiliang/CVC4