[proofs] Alethe: Add ALETHE_RULE to builtin proof checker (#8409)

Proofs would fail because the internal proof checker would return null and the alethe check is not trusted.

Fix synth result python unit test (#8418)

Mark solve-bv-as-int as expert. (#8417)

Option not yet stable.

Separating produce-interpols from the mode of interpolant generation (#8326)

In current master, --produce-interpols takes a mode, where "none" is the default mode, in which interpolant generation is not enabled.
This PR makes --produce-interpols a Boolean, and adds a interpols-mode option to determine the mode, similarly to unsat cores.

builtin: Move type rules implementation to .cpp file. (#8407)

api: Rename *SortConstructor* to *UninterpretedSortConstructor*. (#8406)

Fix spurious assertion failure (#8404)

This was wrong when doing sequences of reals and a seq.nth merges with a seq.len.

Fixes cvc5/cvc5-projects#502.

Throw logic exception for set.map (#8403)

Support parsing/rewriting, but not solving currently.

More minor cleaning of options (#8401)

Removes a few more unnecessary options and moves the location of one.

Fixes for API kind documentation (#8397)

Also renames str.tolower -> str.to_lower, str.toupper -> str.to_upper.

Co-authored-by: Aina Niemetz <aina.niemetz@gmail.com>

Add API unit tests for options (#8339)

This PR adds some unit tests that cover some remaining cases of getOptionInfo() and getDriverOptions().
It also adds some fixes to the java bindings of these methods.

api: Unify mkOp variants. (#8369)

Co-authored-by: Gereon Kremer <nafur42@gmail.com>

api: More comprehensive documentation of INTERNAL_KIND. (#8400)

[Parser] Fix resolution of indexed symbols (#8383)

Fixes #8377. Commit 3a97480ffab492f8272ad9c7c192d04b43eeea60 changed how
we handle indexed symbols. In particular, it added the option to resolve
them later when the arguments are known. However, the condition for when
to do this resolution was incorrect: It was applied to _all_ known
indexed symbols and not only the ones that can't immediately be resolved
to a kind. This commit fixes the condition.

api: Remove Sort::isParametricDatatype(). (#8405)

Previously, Sort::isParametricDatatype() returned true for both
instantiated and non-instantiated parametric datatypes.

This deletes the method, instead one can check getDatatype().isParametric(). Parametric datatypes will be distinguished from instantiated parametric datatypes via a forthcoming method Sort::isInstantiated.

Co-authored-by: ajreynol <andrew.j.reynolds@gmail.com>

[proofs] [sat] Have SAT solver communicate whether it has optimized the assertion level of a clause (#8399)

This way both the SAT proof manager and the Proof Cnf Stream can properly track
proofs for clauses added at assertion levels below their original user level.

This commit, besides some minor tweaks, adds the hooks in the places where
a clause can be created with an optimized level and we need to track:

when the explanation of a propagation is requested
when a clause/lemma is added
when a lemma is added (from the backlog of lemmas added when Minisat was busy)
For clauses derived via resolution, this information is computed directly in the SAT proof manager.

This commit also reverts a change from #7790 where whether to optimize clauses was computed only once for the SAT solver. This cannot be the case because between different check-sat calls the state can change.

Finally, this commit enables proofs for several regressions that were previously incompatible with proofs. Since now proofs are compatible with optimizing the level of clauses during incremental solving, this commit should lead to performance improvements.

Fixes cvc5/cvc5-projects#314

api: Rename kind NULL_EXPR to NULL_TERM. (#8402)

Generate `enum` bindings for Python and Java (#8393)

This commit generalizes the generation of bindings for enums to include
enums in cvc5_types.h. The commit only generates the bindings, but
does not use them yet (e.g., do add an argument to
Solver::blockModels()). The generated Java bindings already respect
the C++ namespace whereas the Python bindings require a minor
restructuring to make the namespaces work (i.e., instead of cvc5kinds,
we should have cvc5.api.kinds).

Update checkSynth and checkSynthNext to return SynthResult (#8382)

Also extends to non-trivial unit test of SynthResult.

Note this also changes the expected output when using --sygus-out=status from unsat/sat/unknown to feasible/infeasible/fail (the option is used mostly just for our regressions). The output mode status-or-def is now equivalent to standard and is hence deleted.

Change output of abduction/interpolation for failed inputs (#8396)

Changes from "none" to "fail" to be consistent with SyGuS standard. Note that this means that we don't know if an abduct/interpolant exists.

[proofs] Alethe: Bug Fix in Cong Rule (#8391)

cvc5 suffered a segfault in the CONG rule because the refl step, e.g. (= v0 v0), was added without the cl connector, e.g. (cl (= v0 v0))

api: Remove  blocks in kinds header. (#8398)

[proofs] [cnf] Utilities to notify and track proofs of optimized SAT clauses in the ProofCnfStream (#8388)

Adds functionality for the TheoryProxy and ProofCnfStream modules to be notified of clauses that were asserted in lower levels than the current one. These clauses have their proofs tracked in the ProofCnfStream via an OptimizedClausesManager object.

Since the SAT solver may optimize the assertion level of propagation
explanations and of added clauses, we need to be able to maintain proofs across
context-popping. Not doing this can lead to open proofs. To do this the Proof
cnf stream uses an OptClausesManager to re-add proofs of facts inserted at
optimized levels.

Future PRs will change the SAT solver to use these notifications.

Fixes related to set defaults for sygus/proofs (#8395)

This ensures we always report that SyGuS is incompatible with proofs. As a result, we require disabling sygus in 2 contexts where it should have been disabled before.

Fix Python API tests (#8392)

Note that we are currently not running API tests on the CI due to the
changes in 23dd064.

api: Refactor kinds documentation. (#8384)

Properly guard commands in the SyGuS API (#8390)

This commit ensures we don't segfault in the SyGuS API (for non-text inputs) if the option sygus is not set to true. It also renames mkSygusVar to declareSygusVar for consistency with the sygus input format.

For SyGuS API inputs, we now use the option sygus to true instead of setting the language to sygus2.

This furthermore changes a few details in set-defaults regarding the relationship between the language, the sygus option, and when to apply default options for sygus.

It also adds a unit test for checkSynth.

Recategorize options (#8386)

Fixes for theory reference for datatypes (#8380)

Document proof rules for coverings solver (#8376)

This PR converts the documentation for the proof rules for the coverings solver.

Minor updates for quantifiers options (#8385)

[proofs] [sat] Handle resolution proofs for optimized clauses in incremental (#8389)

The SAT solver may associate, to the result of a resolution, a lower assertion
level than the current one. To be able to produce proofs to such clauses, we
extend the SAT proof manager to track which resolution results were
optimized. Then, when the SAT solver pops, the manager is notified and stores
the proofs for these optimized clauses, so that they can be reinserted when the
user context is popped. The latter is handled by the SAT proof manager's
OptClauseManager attribute.

Document arithmetic proof rules (#8373)

This PR converts the documentation for the arithmetic proof rules, excluding those for transcendentals and coverings.

Standardize more instances of skolems (#8351)

This is work towards limiting our usage of witness terms for skolems.

It standardizes witnessing of disequalities for sets, bags, and arrays in the appropriate way that uses mkSkolemFunction(...) instead of mkSkolem(...).

[sat] Add option to disable Minisat simplifications (#7992)

Useful to better control behavior, specially in terms of how the solver performs
when these simplifications (mainly variable and clause elimination) are
disabled, e.g. with incremental and/or proofs.

Also renames the previously confusing "--minisat--elimination" option, which
only refers to variable elimination, a subset of the Minisat simplifications.

Moreover deletes an old comment which no longer applies.

Fix a couple of parse error messages for sygus (#8381)

[unsat-cores] [sat-proof] Fix open proofs due to theory lemmas (#8371)

Previously when producing sat proofs for unsat cores (no theory proofs) theory lemmas were becoming open leafs in the final proof, breaking the invariant that only inputs should be so. This commit guards against this by justifying these lemmas with a THEORY_LEMMA step.

Fixes cvc5/cvc5-projects#468

Clean options (#8309)

Deletes many unnecessary options, cleans some documentation, consolidates several options.

Add API unit tests for statistics (#8341)

This PR adds some unit tests that cover getStatistics() and the api::Stat class.

Add SynthResult to the API (#8370)

Does not modify the code to return a SynthResult yet, just adds the class.

Co-authored-by: Aina Niemetz <aina.niemetz@gmail.com>

Add `getOptionInfo()` and `getOptionNames()` to python API (#8342)

These extended options operations were still missing from the python API and are added with this PR. To simplify the integration (and also provide a reasonably pythonic interface) we return a dictionary from getOptionInfo() instead of exposing a std::variant-like interface.
The PR also includes the corresponding unit tests.

Document proof rules for transcendentals (#8375)

This PR converts the documentation for the proof rules for the transcendental reasoning in the arithmetic solver.

Make IDOF_MAX rewrite only apply when all children are constant (#8363)

Fixes #8346.

Only update latest tag if commit changed. (#8379)

Previously the latest tag was always updated when a new binary was added to a release (i.e. 3 updates per commit). This commit ensures that we only update the tag if the commit sha changed.

Add internal synth result class (#8352)

This is in preparation for refactoring the return values of several API methods.

Run gen-versioninfo unconditionally (#8368)

This fixes an issue where the output of `--show-config` would not be updated properly in certain cases (e.g., when files were modified but cmake is not run). We now run the `gen-versioninfo` target unconditionally, always updating the `versioninfo.cpp` where the version data for `--show-config` is stored.

Store latest builds in a special release (#8337)

This PR refactors our current github ci action that takes care of storing binaries for releases. It now stores binaries both in the current release (if we are in a release build) or attaches them to a special latest tag. For any regular build on the master branch, it moves the latest tag to the current commit, weeds out the current assets attached to that latest release and adds the current binary. This makes sure we always have the equivalent of our current nightly builds in one place.

Co-authored-by: Andres Noetzli <andres.noetzli@gmail.com>

Remove dependency on build (#8367)

We automatically update PRs that can be merged automatically in the CI on master. This PR makes it so that this update is done immediately, not only after the CI has run successfully for master.
As we only merge to master if CI works, CI failures on master should only be glitches or issues with the CI itself.
This allows to merge stuff to master twice as fast when using the auto-merge feature.

update SET_COMPREHENSION documentation (#8372)

Initial documentation on LFSC (#8365)

Fix cvc5-projects issue 497 (#8331)

Fixes cvc5/cvc5-projects#497

Fix non-termination issue in sygus enumerator (#8340)

This ensures that the sygus enumerator does not get stuck in rare cases.

In particular this is important when doing PBE and one of the enumerators (among return/condition enumeration) is out of values. This ensures we break when we fail to increment an enumerator for a type that is required to validate a child enumerator.

Change null terminator for regular expression intersection (#8362)

Refactor proof rule documentation (#8303)

This PR starts to refactor the proof rule comments so that they generate proper sphinx documentation.
It sets up doxygen to include the proof_rule.h, includes some useful configuration for mathjax and provides proper documentation for all core rules and Boolean rules.

Updates for the theory reference for separation logic (#8366)

Make uncovered-api-functions.py exit with 1 if something is not covered (#8360)

This simplifies the integration of this script in CI or buildbot jobs. The idea is to automatically check that the whole API is covered by unit tests, and that the language bindings do the same.

[proofs] Alethe: fixing formatting and adding missing comment (#7779)

update sets-and-relations.rst (#8364)

Add a timeout option for verification of synthesized terms. (#8359)

This PR adds an option to timeout on the verification check for the terms enumerated by the Sygus solver.

[FP] Remove `FLOATINGPOINT_TO_FP_GENERIC` kind  (#8334)

This commit removes the `FLOATINGPOINT_TO_FP_GENERIC` kind, which was
only used in the parser and immediately rewritten by the floating-point
arithmetic solver. It extends the `ParseOp` class to handle indexed
operators of which we do not know the kind (`to_fp` in this case) by
storing the name and the indices. The name is then resolved later when
we have parsed the arguments.

Fixes for witness terms appearing in CEGQI instantiations (#8350)

Fixes #8344.

We now have cases where witness terms e.g. `(witness x : String. len(x) = N)` appear in model values.  These terms require special care in CEGQI.

There are 2 fixes in this PR:
(1) we update our policy on what a legal term is,
(2) we erase annotations from witness terms appearing in instantiations, which is required for ensuring that proofs are consistent.  Otherwise, the skolemization lemma for a witness term does not introduce the same skolem.

Refactor result class (#8313)

This significantly refactors the internal result class. Entailments and "which" field are deleted, "Sat" is renamed to "Status". Moreover "TYPE_NONE" is made into a status.

Simplifies the usage of this class throughout the code.

It also changes the API Result method isSatUnknown to isUnknown.

api: Unify mkTerm variants. (#8357)

[API] Support `Op::operator[]` in Java and Python (#8356)

This commit adds support for `Op::operator[]` in Java and Python and
updates all unit tests to be consistent.

Remove `Op::getIndices()` (#8355)

This commit removes `Op::getIndices()`. As discussed offline, the
semantics of that method were confusing and the use cases are covered by
`Op::getNumIndices()` and `Op::operator[]()` (which mirror
`Term::getNumChildren()` and `Term::operator[]()`).

Future changes are going to update the Python and Java bindings to
support `Op::operator[]()`.

Fix return value for candidate rewrite database (#8354)

Currently causes sygus reconstruction to return spurious solutions, due to being justified by candidate rewrites.

Refactor documentation (#8288)

This PR moves some stuff around in our documentation. Most notably, it moves some sections out of the "Binary documentation" to become their own top-level sections. While doing so, it refactors a few things in options and statistics to be more agnostic to the way cvc5 is used. To allow for command-output being used in regular (not auto-generated) documentation, we add a new extension that takes care of injecting the build folder into a new wrapper run-command.

Fix LFSC conversion for seq unit (#8353)

Fix names of unit tests (#8338)

We are generally converging to tests names that are identical to their file name relative to the test directory, making running a particular subset of tests via ctest -R reasonably easy. This PR makes sure that the tests in unit/api/cpp also adhere to this schema.

Fix learned literals for top-level AND (#8336)

This is important for a deep restart strategy where substitutions may be consolidated by the preprocessor to a single AND.

Add `getStatistics()` to python API (#8343)

This PR adds Solver.getStatistics() to the python API. To make the usage a bit more pythonic, we do not expose the iterator interface of api::Statistics but instead offer .get() which returns the whole range as a dictionary. The ::get() method to obtain a single statistic value is instead implemented via __getitem__().
The PR also includes the corresponding unit tests.

[Parser] Simplify `Smt2::addIndexedOperator()` (#8333)

It seems that Smt2::addIndexedOperator() has not been updated after we
fully switched the parser over to using API kinds. This commit
simplifies Smt2::addIndexedOperator() accordingly.

ctest: Fix labels for python unit tests. (#8328)

Previously, Python unit tests were labeled with one single label "unit
python". This fixes their labeling to two separate labels, "unit" and
"python".

Update care graph computations to use standard node trie algorithm (#8298)

Standardizes a few new methods in theory to support this.

This should not change the behavior, only refactors.

This is in preparation for adding efficient care graph computation for bags, and towards possible fixes for arrays.

Replace `Debug` by `Trace` (#7793)

This PR replaces all usages of Debug() by Trace(), the same for similar methods like Debug.isOn().
Given that Debug is no longer used then, it is removed.

Remove unused options handler (#8335)

The option --bitblast-aig was removed in #7455, but the corresponding
options handler was not. This commit removes the options handler.

[CI] Use ccache for Windows builds (#8332)

On Ubuntu, there are ccache symlinks for `x86_64-w64-mingw32-gcc` and `x86_64-w64-mingw32-g++` but not the POSIX-specific variants. Furthermore, not all Linux distributions add the `-posix` suffix for that variant. Thus, this commit changes our Toolchain file to use the more generic `x86_64-w64-mingw32-gcc` and `x86_64-w64-mingw32-g++` compiler names and changes our CI to use the POSIX variant by default.

api: Fix documentation for *TO_FP* kinds. (#8329)

api: Fix documentation for UNINTERPRETED_SORT_VALUE kind. (#8330)

don't build gtest in CI (#8323)

We currently build gtest in /usr/bin/... with every CI job on ubuntu. This PR removes this and uses our own external project instead. This way, we only build gtest if necessary and then cache these builds with ccache (saving some CI time).

[CI] Strip stored binaries  (#8327)

This commit ensures that published binaries are stripped to make them
smaller. The stripping of the binaries is done before running the
regressions to make sure that the stripped binaries work as intended.
Stripping binaries decreases the executable size from about 28 MB to 24
MB.

Add unit test and assertion to test and catch cvc5-projects/issues/#337. (#7578)

Remove unused files in `regress0` (#8325)

[CI] Build and release Win64 binaries (#8321)

This commit adds a check that cross-compiles a Windows binary, fixes
some minor issues to make the Windows build work, and adds support for
publishing a Windows binary to a (micro-)release.

Note: Regressions are currently not run for Windows builds.

Use native cancellation mechanism (#8311)

Github actions have a native mechanism to cancel previous runs of the same workflow now, much like the cancel workflow we have.

unit: Add test for api::Kind. (#8322)

First step towards refactoring regression tests. (#8324)

This moves the current regression test infrastructure to
test/regress/cli. This is in preparation for introducing a new category
of regression api tests.

Add regression for cvc5-projects issue 490 (#8317)

Fixes cvc5/cvc5-projects#490.

api: Print the correct string for external kinds. (#8320)

We currently print the string representation of the internal kind.

run_regression: Make sure to strip trailing whitespaces from error output. (#8319)

Should finally fix arm64 (qemu) nightly failures.

api: Make mkDatatypeDecl argument const&. (#8315)

Fix shared library Windows builds with LibPoly (#8306)

This commit fixes two issues that prevented us from compiling a shared
build of cvc5 for Windows:

    The search path of LibPoly is fixed to /usr/x86_64-w64-mingw32 when
    cross-compiling for Windows
    (https://github.com/SRI-CSL/libpoly/blob/06d4e3c1a1c18a5253398889c296ef787a3ce1cd/cmake/x86_64-w64-mingw32.cmake#L10).
    As a result, LibPoly was not able to find the cross-compiled version
    of GMP in our deps folder. Instead of passing search paths to
    LibPoly, this commit changes the CMAKE_ARGS passed to LibPoly to
    directly contain GMP_INCLUDE_DIR and GMP_LIBRARY.
    LibPoly installs the generated .dll files into bin instead of
    lib
    (https://github.com/SRI-CSL/libpoly/blob/06d4e3c1a1c18a5253398889c296ef787a3ce1cd/src/CMakeLists.txt#L91).
    The commit changes the by-products and
    Poly_LIBRARIES/PolyXX_LIBRARIES to account for this.

Fix getModelValue for arithmetic (#8316)

Fixes #8276.

Theory::getModelValue is used as an optimization for computing the care graph of arrays. This method was wrong for (non-linear) arithmetic when the NL extension repaired values in the model.

Ensure trusted steps are given for skolem lemmas when proofs are enabled (#8302)

Fixes cvc5/cvc5-projects#492.

Ignore `CMAKE_SYSROOT` when cross-compiling (#8318)

This commit changes our build system to ignore CMAKE_SYSROOT for
find_file(), find_path(), and find_library() when cross-compiling.
Previously, it could happen that, e.g., when we were cross-compiling a
static build for Windows, CMake would pick up /usr/lib/libgmp.a
instead of cross-compiling GMP. The comments in the Toolchain-*.cmake
files suggest that the new behavior was the intended behavior all along.

Make learned literal computation more robust (#8308)

Simplifies our computation so that preprocessed learned literals are those exactly appearing as top-level assertions only.

api: Remove Sort::isFirstClass(). (#8312)

[BV] Fix strategy for rewriting `bvnot` (#8297)

Fixes #8240. The currenty strategy was returning REWRITE_DONE
incorrectly, e.g., when we had a term like (bvnot (bvnot (bvnot #b0)))
because EvalNot was applied before NotIdemp, so we did not evaluate
the innermost bvnot after removing the double bvnot. The commit
fixes the strategy s.t. we are allowed to return REWRITE_DONE.

Add unit test involving seq concat term (#8257)

On closer inspection, the initial version of the unit test has a type error, where an incorrect concatentation term is constructed.

Adds the updated test. Fixes cvc5/cvc5-projects#423.

Fix issues involving multiple sources of model substitutions in NL (#8300)

Fixes #8294.

The first benchmark times out, the second is added as a regression.

The issues center around 2 sources of substitutions (coverings and sine solvers) for model substitutions.

Also does minor cleanup to nl model.