Change null terminator for regular expression intersection (#8362)

Refactor proof rule documentation (#8303)

This PR starts to refactor the proof rule comments so that they generate proper sphinx documentation.
It sets up doxygen to include the proof_rule.h, includes some useful configuration for mathjax and provides proper documentation for all core rules and Boolean rules.

Updates for the theory reference for separation logic (#8366)

Make uncovered-api-functions.py exit with 1 if something is not covered (#8360)

This simplifies the integration of this script in CI or buildbot jobs. The idea is to automatically check that the whole API is covered by unit tests, and that the language bindings do the same.

[proofs] Alethe: fixing formatting and adding missing comment (#7779)

update sets-and-relations.rst (#8364)

Add a timeout option for verification of synthesized terms. (#8359)

This PR adds an option to timeout on the verification check for the terms enumerated by the Sygus solver.

[FP] Remove `FLOATINGPOINT_TO_FP_GENERIC` kind  (#8334)

This commit removes the `FLOATINGPOINT_TO_FP_GENERIC` kind, which was
only used in the parser and immediately rewritten by the floating-point
arithmetic solver. It extends the `ParseOp` class to handle indexed
operators of which we do not know the kind (`to_fp` in this case) by
storing the name and the indices. The name is then resolved later when
we have parsed the arguments.

Fixes for witness terms appearing in CEGQI instantiations (#8350)

Fixes #8344.

We now have cases where witness terms e.g. `(witness x : String. len(x) = N)` appear in model values.  These terms require special care in CEGQI.

There are 2 fixes in this PR:
(1) we update our policy on what a legal term is,
(2) we erase annotations from witness terms appearing in instantiations, which is required for ensuring that proofs are consistent.  Otherwise, the skolemization lemma for a witness term does not introduce the same skolem.

Refactor result class (#8313)

This significantly refactors the internal result class. Entailments and "which" field are deleted, "Sat" is renamed to "Status". Moreover "TYPE_NONE" is made into a status.

Simplifies the usage of this class throughout the code.

It also changes the API Result method isSatUnknown to isUnknown.

api: Unify mkTerm variants. (#8357)

[API] Support `Op::operator[]` in Java and Python (#8356)

This commit adds support for `Op::operator[]` in Java and Python and
updates all unit tests to be consistent.

Remove `Op::getIndices()` (#8355)

This commit removes `Op::getIndices()`. As discussed offline, the
semantics of that method were confusing and the use cases are covered by
`Op::getNumIndices()` and `Op::operator[]()` (which mirror
`Term::getNumChildren()` and `Term::operator[]()`).

Future changes are going to update the Python and Java bindings to
support `Op::operator[]()`.

Fix return value for candidate rewrite database (#8354)

Currently causes sygus reconstruction to return spurious solutions, due to being justified by candidate rewrites.

Refactor documentation (#8288)

This PR moves some stuff around in our documentation. Most notably, it moves some sections out of the "Binary documentation" to become their own top-level sections. While doing so, it refactors a few things in options and statistics to be more agnostic to the way cvc5 is used. To allow for command-output being used in regular (not auto-generated) documentation, we add a new extension that takes care of injecting the build folder into a new wrapper run-command.

Fix LFSC conversion for seq unit (#8353)

Fix names of unit tests (#8338)

We are generally converging to tests names that are identical to their file name relative to the test directory, making running a particular subset of tests via ctest -R reasonably easy. This PR makes sure that the tests in unit/api/cpp also adhere to this schema.

Fix learned literals for top-level AND (#8336)

This is important for a deep restart strategy where substitutions may be consolidated by the preprocessor to a single AND.

Add `getStatistics()` to python API (#8343)

This PR adds Solver.getStatistics() to the python API. To make the usage a bit more pythonic, we do not expose the iterator interface of api::Statistics but instead offer .get() which returns the whole range as a dictionary. The ::get() method to obtain a single statistic value is instead implemented via __getitem__().
The PR also includes the corresponding unit tests.

[Parser] Simplify `Smt2::addIndexedOperator()` (#8333)

It seems that Smt2::addIndexedOperator() has not been updated after we
fully switched the parser over to using API kinds. This commit
simplifies Smt2::addIndexedOperator() accordingly.

ctest: Fix labels for python unit tests. (#8328)

Previously, Python unit tests were labeled with one single label "unit
python". This fixes their labeling to two separate labels, "unit" and
"python".

Update care graph computations to use standard node trie algorithm (#8298)

Standardizes a few new methods in theory to support this.

This should not change the behavior, only refactors.

This is in preparation for adding efficient care graph computation for bags, and towards possible fixes for arrays.

Replace `Debug` by `Trace` (#7793)

This PR replaces all usages of Debug() by Trace(), the same for similar methods like Debug.isOn().
Given that Debug is no longer used then, it is removed.

Remove unused options handler (#8335)

The option --bitblast-aig was removed in #7455, but the corresponding
options handler was not. This commit removes the options handler.

[CI] Use ccache for Windows builds (#8332)

On Ubuntu, there are ccache symlinks for `x86_64-w64-mingw32-gcc` and `x86_64-w64-mingw32-g++` but not the POSIX-specific variants. Furthermore, not all Linux distributions add the `-posix` suffix for that variant. Thus, this commit changes our Toolchain file to use the more generic `x86_64-w64-mingw32-gcc` and `x86_64-w64-mingw32-g++` compiler names and changes our CI to use the POSIX variant by default.

api: Fix documentation for *TO_FP* kinds. (#8329)

api: Fix documentation for UNINTERPRETED_SORT_VALUE kind. (#8330)

don't build gtest in CI (#8323)

We currently build gtest in /usr/bin/... with every CI job on ubuntu. This PR removes this and uses our own external project instead. This way, we only build gtest if necessary and then cache these builds with ccache (saving some CI time).

[CI] Strip stored binaries  (#8327)

This commit ensures that published binaries are stripped to make them
smaller. The stripping of the binaries is done before running the
regressions to make sure that the stripped binaries work as intended.
Stripping binaries decreases the executable size from about 28 MB to 24
MB.

Add unit test and assertion to test and catch cvc5-projects/issues/#337. (#7578)

Remove unused files in `regress0` (#8325)

[CI] Build and release Win64 binaries (#8321)

This commit adds a check that cross-compiles a Windows binary, fixes
some minor issues to make the Windows build work, and adds support for
publishing a Windows binary to a (micro-)release.

Note: Regressions are currently not run for Windows builds.

Use native cancellation mechanism (#8311)

Github actions have a native mechanism to cancel previous runs of the same workflow now, much like the cancel workflow we have.

unit: Add test for api::Kind. (#8322)

First step towards refactoring regression tests. (#8324)

This moves the current regression test infrastructure to
test/regress/cli. This is in preparation for introducing a new category
of regression api tests.

Add regression for cvc5-projects issue 490 (#8317)

Fixes cvc5/cvc5-projects#490.

api: Print the correct string for external kinds. (#8320)

We currently print the string representation of the internal kind.

run_regression: Make sure to strip trailing whitespaces from error output. (#8319)

Should finally fix arm64 (qemu) nightly failures.

api: Make mkDatatypeDecl argument const&. (#8315)

Fix shared library Windows builds with LibPoly (#8306)

This commit fixes two issues that prevented us from compiling a shared
build of cvc5 for Windows:

    The search path of LibPoly is fixed to /usr/x86_64-w64-mingw32 when
    cross-compiling for Windows
    (https://github.com/SRI-CSL/libpoly/blob/06d4e3c1a1c18a5253398889c296ef787a3ce1cd/cmake/x86_64-w64-mingw32.cmake#L10).
    As a result, LibPoly was not able to find the cross-compiled version
    of GMP in our deps folder. Instead of passing search paths to
    LibPoly, this commit changes the CMAKE_ARGS passed to LibPoly to
    directly contain GMP_INCLUDE_DIR and GMP_LIBRARY.
    LibPoly installs the generated .dll files into bin instead of
    lib
    (https://github.com/SRI-CSL/libpoly/blob/06d4e3c1a1c18a5253398889c296ef787a3ce1cd/src/CMakeLists.txt#L91).
    The commit changes the by-products and
    Poly_LIBRARIES/PolyXX_LIBRARIES to account for this.

Fix getModelValue for arithmetic (#8316)

Fixes #8276.

Theory::getModelValue is used as an optimization for computing the care graph of arrays. This method was wrong for (non-linear) arithmetic when the NL extension repaired values in the model.

Ensure trusted steps are given for skolem lemmas when proofs are enabled (#8302)

Fixes cvc5/cvc5-projects#492.

Ignore `CMAKE_SYSROOT` when cross-compiling (#8318)

This commit changes our build system to ignore CMAKE_SYSROOT for
find_file(), find_path(), and find_library() when cross-compiling.
Previously, it could happen that, e.g., when we were cross-compiling a
static build for Windows, CMake would pick up /usr/lib/libgmp.a
instead of cross-compiling GMP. The comments in the Toolchain-*.cmake
files suggest that the new behavior was the intended behavior all along.

Make learned literal computation more robust (#8308)

Simplifies our computation so that preprocessed learned literals are those exactly appearing as top-level assertions only.

api: Remove Sort::isFirstClass(). (#8312)

[BV] Fix strategy for rewriting `bvnot` (#8297)

Fixes #8240. The currenty strategy was returning REWRITE_DONE
incorrectly, e.g., when we had a term like (bvnot (bvnot (bvnot #b0)))
because EvalNot was applied before NotIdemp, so we did not evaluate
the innermost bvnot after removing the double bvnot. The commit
fixes the strategy s.t. we are allowed to return REWRITE_DONE.

Add unit test involving seq concat term (#8257)

On closer inspection, the initial version of the unit test has a type error, where an incorrect concatentation term is constructed.

Adds the updated test. Fixes cvc5/cvc5-projects#423.

Fix issues involving multiple sources of model substitutions in NL (#8300)

Fixes #8294.

The first benchmark times out, the second is added as a regression.

The issues center around 2 sources of substitutions (coverings and sine solvers) for model substitutions.

Also does minor cleanup to nl model.

Add skolem lemmas for bags card terms (#7995)

This PR refactors the way skolem lemmas are generated for bags, count terms, and card terms.
As a side effect, this refactoring fixed cvc5/cvc5-projects#481

Properly guard sort instantiate (#8247)

Fixes cvc5/cvc5-projects#387.

Adds a prefix of that unit test before the first exception.

Enable nl-cov-var-elim by default, but disable with proofs (#8310)

This changes our policy for --nl-cov-var-elim. It is now enabled by default (it is only used when the coverings solver is used, though), but then disabled when proofs are enabled. Before, it was forced to be enabled when coverings were enabled in set_defaults.

Fixes cvc5/cvc5-projects#489

Remove unecessary separation logic options (#8269)

Code changed indentation and was cleaned slightly.

Simplify `Scope` (#8307)

Previously, we were using an std::unique_ptr<std::vector<ContextObj*>>
to store the list of ContextObjs to be garbage collected before the
destruction of the Scope. Lazily allocating that vector is a
micro-optimization that is not worth the trouble.

Fix to consider leafs of theory sets to be variables (#8305)

Fixes cvc5/cvc5-projects#494.

With this fix, we now properly consider terms that belong to other theories that are of set type, e.g. (select x (as set.universe (Set RoundingMode)) in this example to be "variables" according to the theory of sets procedure.

The benchmark is unsat because there are 5 rounding modes and we are selecting an index in a sequence storing "false" at the first 6 indices.

Simplify reductions for set and bag choose (#8304)

Ensures that the reductions are deterministic, thus fixes cvc5/cvc5-projects#493.

The reductions can be further simplified to not introduce UF. This will be addressed in a later PR.

Rename TO_FP operator kinds. (#8285)

FLOATINGPOINT_TO_FP_FP -> FLOATINGPOINT_TO_FP_FROM_FP
FLOATINGPOINT_TO_FP_IEEE_BITVECTOR -> FLOATINGPOINT_TO_FP_FROM_IEEE_BV
FLOATINGPOINT_TO_FP_SIGNED_BITVECTOR -> FLOATINGPOINT_TO_FP_FROM_SBV
FLOATINGPOINT_TO_FP_UNSIGNED_BITVECTOR -> FLOATINGPOINT_TO_FP_FROM_UBV
FLOATINGPOINT_TO_FP_REAL -> FLOATINGPOINT_TO_FP_FROM_REAL

Fixes for skolem definition management (#8301)

Fixes two issues with how we manage skolem definitions (used for tracking which assertions are relevant for the decision engine).

First, the theory proxy must be notified of skolem definitions before we have assertions involving them, or else hasSkolems is wrong. This was previously done incorrectly for lemmas. This PR changes the order in PropEngine::assertLemmasInternal.

Second, skolem definitions are local to a solver instance and should not be managed by attributes, moreover they are user-context dependent. This changes it to a local user-context dependent map in Skolem.

Fixes #8296.

Remove unecessary methods from the API (#8260)

Removes checkEntailed from Solver.
Removes isEntailed, isNotEntailed, isEntailedUnknown from Result.
Removes isSubsortOf, isFunctionLike, getUninterpretedSortName, getSortConstructorName from Sort.

Updates examples and unit tests.

Add rewrite for allchar beneath union + star (#8299)

Addresses the issue on #8295.

The re elimination module was assuming that a trivial RE was rewritten when it was not.

Run preprocess rewrite on equalities until fixed point (#8291)

Previously we were only running once, while strings assumed this was run on what it returned.

This should significantly improve our performance on the benchmarks from SMT-LIB that involving looping word equations.

Minor sync from proof-new (#8293)

Introduce new splitting inference in sets + cardinality (#8290)

Fixes cvc5/cvc5-projects#486.

This introduces a new strategy which splits on whether Venn regions are equal to each other before it splits them into sub-Venn regions.

The issue in the above was caused by a case where the sets solver decided to make 2 Venn regions of the same equivalence class disjoint. By splitting on their equality first, this should introduce the necessary information to discover this is a conflict (via disequality witnessing). It should also be more efficient since we introduce new set terms lazier.

Add algorithm for finding pairs of paths in a node trie (#8286)

This is in preparation for cleaning our implementation of care graph computations.

Right now, UF, datatypes, sets, and strings all have copy/pasted versions of an algorithm that creates an index of operators and run the algorithm in the PR for computing care graphs.

Followup PRs will extend the theory interface and add an instance of this class for computing care graphs. Then, we will add optimized care graph computation for bags (which is missing right now), and then perhaps revisit arrays, which appears to have issues in its computeCareGraph method.

cmake: Do not require googletest if unit tests are disabled. (#8271)

Fixes #8088

Improvements for sygus query generation (#8224)

Makes the two sygus query generators have a common base class, which makes it so that they both can dump queries.

Also fixes the expression miner to use user-level sygus terms, otherwise we can make queries using invalid internal terms, e.g. SEQ_NTH_OOB skolem.

The majority of the diff in this PR is moving query_generator to query_generator_sample_sat, and adding a basic version of query generation.

Document type rules (#8248)

Fixes cvc5/cvc5-projects#272.
Fixes cvc5/cvc5-projects#270.
Fixes cvc5/cvc5-projects#269.
Fixes cvc5/cvc5-projects#268.

Also makes a few minor internal fixes to type rules.

Always ensure literal when requiring phase via inference manager (#8292)

Also to be safe, ensures we clear pending in quantifiers engine.

Fixes cvc5/cvc5-projects#484.

[API/Python] Add support for `Solver::getModel()` (#8267)

This commit implements support for Solver::getModel() in the Python API,
which was missing before.

api: Make checks header private. (#8283)

Remove old decision justification heurstic (#8275)

Fixes cvc5/cvc5-projects#374.

Update abduction and interpolation API to not use pass/return by reference (#8263)

Fix maximum value for pedantic proof level (#8246)

Fixes cvc5/cvc5-projects#357.
Now gives:
(error "Error in option parsing: proof-pedantic = 5773657586652532005 is not a legal setting, value should be at most 100.")

Guard parametric datatypes instantiated by non-first-class sorts (#8277)

Fixes cvc5/cvc5-projects#471.

Add first step for proofs documentation (#8193)

This PR initializes some documentation for our proofs. It adds some almost empty files and makes sure that we can show documentation for the PfRule enum.

Remove unecessary CEGQI options (#8281)

Code changed indenting, but did not change otherwise.

Consider APPLY_CONSTRUCTOR applied to values to be a value (#8284)

Fixes cvc5/cvc5-projects#474.

Previously TheoryModel::isModelValue was incorrect for APPLY_CONSTRUCTOR.

Fix reduction for arc trig functions (#8289)

We were not guarding the case where the argument was out of the bounds, e.g. arccos(x) requires -1 <= x <= 1.

Fixes cvc5/cvc5-projects#485.

[CI] Make building static/shared configurable (#8272)

This commit changes our CI workflow to actually pass through
build-shared and build-static to the configure-and-build action
and fixes how the condition is checked there. If we just pass through
the inputs, then the condition "${{ inputs.build-shared }}" != "true"
would be true (i.e., the step would be skipped) if
build-shared/build-static are not set explicitly in ci.yml because
of the default values for build-shared/build-static in ci.yml.

Refactor kinds parser (#8287)

This commit does a minor refactoring of the kinds parser. It moves the
Python name formatting out of parsekinds.py, adds parsekinds.py as a
dependency for the Java kinds generator, and reformats the scripts using
YAPF.

This is the first step towards generalizing the scripts for other enums.

Fix issue with subtyping from set membership in models (#8282)

Fixes cvc5/cvc5-projects#480.

That benchmark now times out.

Fix theoryOf call in get equality status (#8279)

Should depend on uninterpreted sort owner.

Fixes cvc5/cvc5-projects#476.

Eliminate unecessary datatype options (#8280)

Fix cvc5-projects issue 475 (#8278)

Fixes cvc5/cvc5-projects#475.

Add output -o pre-asserts (#8270)

Analogous to -o post-asserts.

Disable timing out regressions (#8273)

Fixes several of the nightly failures.

Both benchmarks involve undecidable logics and are delicate.

Also should fix the errors involving (missing) SyGuS warnings in the nightlies, which requires competition build to be disabled.

Fix regression errors for arm64 nightlies. (#8268)

Rename expert statistics to internal, add documentation (#8262)

We decided to rename statistics from "public / expert" to "public / internal". Also, this adds some reasonable documentation about statistics to our online docs.

Clear obsolete pending lemmas in arithmetic (#8236)

Arithmetic generally generates nonlinear lemmas as full effort checks, but only sends them out in the subsequent last call effort check. If this one does not happen, the next full effort check still has pending lemmas that may not only be irrelevant now, but possibly carry proofs that are already out of scope.
This PR makes sure that such lemmas are always pruned.
Fixes cvc5/cvc5-projects#465

Change interface for printing instantiations in the API (#8251)

Furthermore note that this should take several modes, similar to the discussion with `blockModel` / `getLearnedLiterals`.  It is currently limited to a fixed print mode.

Use expression mining independent of whether sygus stream is enabled (#8250)

Since it is possible to use SyGuS in incremental mode, e.g. for `get-abduct-next`, our expression mining, e.g. for filtering weak solutions, should apply independent of whether sygusStream is enabled.  This refactors the SyGuS solver so that we do so.

Add REGEXP_ALL kind to API (#8264)

Previously was immediately converted to (re.* re.allchar) upon construction.

Add regression for fixed issue 6700 (#8265)

Fixes #6700.

Eliminate the APPLY_SELECTOR_TOTAL kind (#8266)

Produce intermediate json output for coverage (#8252)

This splits the generation of coverage information into two steps, generating an intermediate json file. This allows further tooling to used this json information: we plan to check whether the APIs (and their tests) are complete by looking at their code coverage within the cpp api.

Do not expand APPLY_SELECTOR (#8174)

Currently we expand (sel_C_n x) to (ite (is-C x) (sel_C_n_total x) (uf x)) during ppRewrite. This introduces ITEs very eagerly and moreover is not necessary since we do congruence over selectors.

This makes it so that we don't do this expansion. The code changes to use APPLY_SELECTOR everywhere instead of APPLY_SELECTOR_TOTAL, which can be deleted in a followup PR. It makes some of the datatype utilities more robust and independent of options.

This required changing one detail of the sygus solver to not do evaluation unfolding in cases where a selector chain was wrongly applied, as this now will not rewrite to a constant.

[API/Python] Add support for `Solver::getProof()` (#8259)

This commit implements support for Solver::getProof() in the Python
API, which was missing before.

Guard another case of non-termination in quantifiers rewriting (#8255)

Fixes cvc5/cvc5-projects#152.

Make one CI job not use libpoly (#8261)

This PR fixes a regression that was missing the REQUIRES: poly annotation. To avoid these issues in the future, we add --no-poly to one of the CI jobs.

Fixes and additions to LFSC signature (#8205)

Includes:

Proper printing of various FP terms and constants.
Distinguishing "variants" of overloaded symbols, in case a user declares 2 symbols with the same name.
Miscellaneous fixes for printing terms.

Eliminate shadowing in the quantifiers rewriter (#8244)

Fixes #8227.

Recently, we allowed unevaluatable terms to be in the range of substitutions solved during preprocess.

In very rare cases, it may be the case that a quantified formula is substituted into itself, e.g.:
forall x. P(x, b) where b was solved to be forall x. P(x, c)
This leads to forall x. P(x, forall x. P(x, c)) where x is shadowed.

To resolve this issue, we eliminate shadowing in the quantifiers rewriter, e.g. we rewrite the above to forall x. P(x, forall y. P(y, c)).

An alternative solution would be to ensure we use capture avoiding substitutions, but this severely complicates our usage of substitutions throughout the preprocessor / proof system.

This PR also eliminates some dead code in the quantifiers rewriter.