Add debug traces to theory inference manager (#6250)

Fix non-linear for unknown case (#6252)

As a result of this issue, currently we are incorrectly trying to repair a model when one is not guaranteed to exist, leading to a spurious assertion failure.

Fixes #6228. The benchmarks on that issue now answer "unknown" without an assertion failure.

Make ResetCommand go through APISolver (#6172)

This PR changes ResetCommand to not call SmtEngine::reset but instead reconstruct the api::Solver object. This makes SmtEngine::reset obsolete and removes it, and moves the original options from SmtEngine to api::Solver.
The motivation for this change is twofold:

The ResetCommand should not use SmtEngine directly, but only through the API (i.e. Solver).
As soon as the statistics data lives within the registry, we need to re-register statistics after resetting the SmtEngine. We can now do this within the api::Solver constructor.

Rename namespace CVC4 to CVC5. (#6249)

Refactor GMP and Poly dependencies (#6245)

Refactors GMP and libpoly to also use external projects and be available within cmake as proper targets.

Refactor dependencies for external SAT solvers (#6215)

This PR refactors how we obtain, build and use the external SAT solvers used by CVC4: CaDiCaL, CryptoMiniSat and Kissat.
All three contrib scripts are removed and instead an external project is integrated into the cmake find scripts.

Refactor SymFPU dependency (#6218)

This PR refactors the contrib script to download SymFPU to a cmake external project.

Bags: Move implementation of type rules from header to .cpp file. (#6247)

Fix years in COPYING. (#6248)

Eliminate dependencies on quantifiers engine in internal quantifiers code (#6240)

This completes eliminating dependencies on quantifiers engine from internal quantifiers code. It eliminates quantifiers_engine.h as an include from src/theory/quantifiers/ apart from theory_quantifiers.cpp where it is owned.

Followup PRs will further eliminate circular dependencies that arose will refactoring quantifiers engine.

Add missing inference ids (#6242)

Towards having complete stats on inference ids for each lemma, fact, and conflict.

FP: Move implementation of type rules from header to .cpp file. (#6241)

Fix compilation of Python bindings for named build directories (#6244)

In current master, the following fails whenever <name> contains a /:

./configure.sh --python-bindings --name=<name>

The reason is that src/api/python/genkinds.py adds a directory to the python path while relying on the fact that the build directory is located directly under the main repo directory, which is not the case if <name> contains a /.
This PR fixes this by having cmake determine the right directory to add to the python path.

Fix printing for double patterns (#6235)

Make SEXPR simply typed (#6160)

Currently, SEXPR applications are given a parametric type SEXPR_TYPE applied to the types of its arguments. This means that SEXPR that are type checked consume roughly double the memory. This issue arises in practice when printing proofs in the internal calculus.

There is no need to have SEXPR_TYPE as a parametric type, this PR makes SEXPR simply typed.

Also moves some implementation of TypeNode methods to type_node.cpp.

Implement simple tracking of instantiation lemmas (#6077)

We require tracking of instantiation lemmas for quantifier elimination. Recently, this feature was removed in favor of reconstructing instantiations via substitutions. This does not quite work if instantiation lemmas have more complex post-processing, e.g. virtual term substitution.

This PR reimplements a much simpler form of instantiation tracking that simply adds instantiation bodies to a vector, per quantified formula. It uses this vector for quantifier elimination.

Fixes #5899.

Refactoring quantifier annotation kinds, add kinds in preparation for pool-based instantiation (#6234)

This is in preparation for a new pool-based instantiation technique.

Eliminate use of rational from tptp parser (#6239)

Give a better error when sygus grammar rules contain free variables. (#6199)

Fix total time statistic (#6233)

Since one of the last changes to the total time collection in the driver, this collection fails when the solver terminates unexpectedly (either by a signal or an exception). This PR fixes this issue and does some cleanup along the way.

Miscellaneous elimination of dependencies on quantifiers engine  (#6238)

This should be the last PR before quantifiers engine will not be passed to quantifiers modules.

Add external project to install gtest (#6229)

This PR enables us to build gtest ourselves if it is not already installed.

Eliminate the use of quantifiers engine in sygus solver (#6232)

Fix configuration printing. (#6236)

Eliminate use of quantifiers engine in enumerative instantiation (#6217)

This also makes minor updates to how term tuple enumerators are constructed.

Move decision manager into theory inference manager (#6231)

This makes it so that the decision manager is accessible from TheoryInferenceManager.

This is work towards breaking circular dependencies in quantifiers, and also helps simplify several other dependencies in e.g. UF and datatypes.

Modular bv2int part 1 (#6212)

This PR introduces the header file for a more modular bv-to-int module, that will be called from the preprocessing pass bv-to-int, and possibly from the bit-vector solver after preprocessing.

The header file is basically a copy of the bv_to_int.h header file from preprocessing, with some adjustments to increase modularity.

In addition to the header file we also introduce an empty unit test that #includes the header, in order to identify compilation errors. The unit test will be populated in subsequent PRs, that will also include implementations.

FloatingPointLiteral: Constructor for special consts. (#6220)

This replaces static helpers for creating special consts with
constructors. This is in preparation for a FP literal implementation
using MPFR. In the next step, I'll introduce a FloatingPointLiteral base
class, from which the specialization FloatingPointSymFPULiteral is
derived. The MPFR implementation will also be derived from the base class.
This is in order to make unit tests that compare between the two
possible. Further, in the worst case, MPFR will have to use SymFPU for
unsupported cases (to be determined).

When building ANTLR via CMake, do not require javac #6224 (#6225)

As title; attempts to correct #6224.

Signed-off-by: Andrew V. Jones andrewvaughanj@gmail.com

Refactor ANTLR3 dependency (#6202)

This PR refactors our first, and arguably most fragile, dependency.
Right now all dependencies need to be manually installed (by calling the appropriate contrib/get-X script). For optional dependencies, we additionally need to enable them when calling the configure script (or via ccmake).
This PR is the first step in refactoring all dependencies to be automatically build (if required) as an external project.

Note that this not only eliminates the need to call contrib scripts, but also simplifies cross compilation: as all dependencies are now built within the build folders, every build folder has its own copy which may use different toolchains.

Use color output to print configuration. (#6219)

FloatingPointLiteral: Make constructors that shouldn't be used outside of FloatingPoint(Literal) private. (#6211)

Pass term registry to quantifiers modules (#6216)

Ensure nonlinear extensions properly reconsiders its model (#6204)

In certain cases, the nonlinear extension would not re-check properly but only repeat an (already failed) model repair. The result lemma would then already be in cache and thus not be sent to the solver.
This PR ensures that modelBasedRefinement is always run and entirely removes the d_builtModel flag that was responsible for this behavior. Additionally, it asserts that the lemma that (tries to) force the model to be reconciled during theory combination is actually sent.
Fixes #6192.

FP: Refactor FloatingPointLiteral in preparation for MPFR. (#6206)

This pushes all symfpu specific parts from FloatingPoint into
FloatingPointLiteral. FloatingPoint is now generic. An additional
FloatingPointLiteral implementation using MPFR will be made configurable
similiarly to how we handle Integers with either GMP or CLN backend.

Refactor construction of triggers (#6209)

This PR centralizes our utilities for generating triggers. It also splits the statistics class from quantifiers off from quantifiers engine.

Do not use Configuration class in API black tests. (#6205)

Add missing includes. (#6207)

This PR adds includes that are missing from source files, but currently provided by other includes.
This mostly concerns <sstream> which is currently included by the statistics, which will change in the future.

Deleting old LFSC signatures (#6194)

Use inference manager to access intantiate utility instead of quantifiers engine (#6198)

Towards breaking dependencies on quantifers engine.

Only consider relevant terms for integer branches (#6181)

Linear arithmetic simply tried to branch on the first integer variable that had a non-integral assignment.
If it holds stale variables that are not part of the current input, these branches can be emitted and are processed by the solver, but the resulting new assertions will not be considered relevant and thus not added to the theory.
As it still triggers a new theory check, linear arithmetic repeats the same procedure and causes an infinite loop.
This PR explicitly tracks the currently relevant nodes by storing all preregistered nodes and only allows branching on variables from this set.
Fixes #6146.

Refactor our integration of LFSC (#6201)

This PR further decouples LFSC from the remaining build system, but makes it more convenient to use at the same time.
The contrib/get-lfsc-checker script is now completely standalone and installs LFSC and the necessary signatures to deps/, as well as wrapper scripts to conveniently run lfscc from there and directly check cvc4 proofs.
The goal would be to automatically use LFSC in our regressions as well.

Remove unused code for axioms (#6197)

This is leftover from a previous way of eliminating extended operators

Removing unused build options and deprecated proof compile flag (#6195)

Passing term registry to ematching utilities (#6190)

Model is now nested into term registry.

This PR also resolves some complications due to namespaces within quantifiers.

Remove internal includes of Api header. (#6193)

Replace old sygus term reconstruction algorithm with a new one. (#5779)

This PR replaces the old algorithm for reconstructing sygus terms with a new "proper" implementation.

Moving instantiate and skolemize into quantifiers inference manager (#6188)

After this PR, utilities for instantiation are available from the quantifiers inference manager instead of quantifiers engine. This means that the majority of the dependencies on quantifiers engine will (finally) start being cleaned up after this PR.

Move statistics from the driver into the SmtEngine (#6170)

This PR does some refactoring on how we handle statistics in the driver, and some minor cleanup along the way.

    The SmtEngine now has dedicated statistics for the data collected within the driver and provides utility functions to set them.
    The driver pushes the collected statistics to the SmtEngine instead of adding them itself to the statistics registry.
    The node manager no longer holds a statistics registry (that nobody used anymore anyway)
    The command executor no longer holds a pointer to the SmtEngine itself. The pointer is not necessary and seems to become stale after we call reset on the command executor (which, luckily, we don't seem to do usually)

The main motivation for this change is to make the whole statistics infrastructure private to the library and not exporting it to the outside world.

Move equality query utility into quantifiers model (#6186)

This simplifies the initialization of quantifiers engine.

This PR also makes general improvements to EqualityQuery.

 Function types are always first-class (#6167)

This eliminates one of the dependencies of TypeNode on options. In particular, this makes it so that function types are always considered first-class.

This change makes it so that higher-order types can always be constructed; logic exceptions should occur if they are used in constraints.

Add skolem definition manager (#6187)

This creates a central utility for managing "skolem definitions", e.g. mapping between skolems and the lemmas that define their behavior.

This utility is taken from the satRlv branch. It will also be used for the new implementation of the justification decision heuristic.

Note that this PR takes some helper functions out of term formula removal (e.g. hasSkolems) Prior to this PR, these helper functions were incorrect since term formula removal does not account for all introduced skolems. For instance, Theory::ppRewrite may introduce skolems directly. This PR consolidates these cases into the new class, which is called from PropEngine when lemmas and assertions are added. At the moment, the only use of this method is for CEGQI, which needs to do its own tracking of skolems in certain literals.

It also makes some minor reorganization to prop engine.

FP: Add documentation for FloatingPointLiteral constructors. (#6183)

Guard for non-unique skolems in term formula removal (#6179)

In rare cases, we may reuse skolems for different terms (those that are the same up to purification) due to recent changes in how skolem are generated. This guards for this case in the term formula remover, which avoids assertion failures in cd insert hash map.

Fixes #6132.

Simplify strings term registration (#6174)

String terms may enter into the equality engine without appearing in assertions, due to eager context-dependent simplification internal to the equality engine (--strings-eager-eval). In rare cases, we did not catch when a new string constant appeared in the equality engine, meaning it would not be marked as relevant leading to bogus models in incremental mode.

This makes it so that proxy variables are stored in a user-context dependent manner, which impacts when terms marked as having a proxy variable are registered.

The PR also simplifies our policies for when string terms are registered slightly.

Fixes #6072.

Clean up remaining raw uses of output channel (#6161)

After this PR, with only a few exceptions, all calls to output channel for lemmas, conflicts are made through inference manager.

This is work towards standardizing the statistics for theories.

Improved tracing for equivalence classes of EE (#6169)

Helps debugging model issues.

Generate cvc/Kind.java for the java API (#6143)

PR changes:

Refactor python/genkinds.py by separating parsing from file generation.
Add java/genkinds.py to generate file Kind.java.
Enable java API in ./configure.sh with "under development" warning.

Refactor initialization of quantifiers model and builder (#6175)

This is in preparation for breaking several circular dependencies and moving
the instantiate utility into the theory inference manager.

BitVector: Change setBit to set the bit in place. (#6176)

Creating BitVectors (and deleting them) is in general expensive because
of the underlying multi-precision Integer. If possible, unnecessary
constructions and desctructions of BitVectors should be avoided.
The most common use case for `setBit` is that for an existing BitVector,
a given bit should be set to a certain value. Not doing this in place
generates unnecessary constructions and destructions of BitVectors.

FP: Use setBit instead of bv or in conversion from Real. (#6177)

This is a minor optimization that goes into effect as soon as #6176 goes
in.

When giving an SMT-LIB version, defaulting to SMT-LIB 2.6 (#6171)

Warning if not a supported version.

Move stats registry to env. (#6173)

This PR moves the statistics registry from SmtEngine to Env.

Eliminate dependency on quantifiers engine in quantifiers model (#6165)

Eliminate more uses of SExpr. (#6149)

This PR eliminates all remaining uses of SExpr outside of statistics.

New C++ Api: Comprehensive guards for member functions of class Solver. (#6153)

(proof-new) Fixes to set defaults (#6163)

This copies most of the remaining changes to set_defaults.cpp from proof-new.

In particular, it recognizes when proofs must be disabled.

This is required to fix the regressions (locally) and the nightlies.

Move utilities for inferred bounds on quantifers to own class (#6159)

This also moves some methods from TermEnumeration to QuantifiersBoundInference.

This is required for breaking several cyclic dependencies within quantifiers.

New C++ Api: Comprehensive guards for member functions of class Term. (#6150)

Rename test/unit/expr to test/unit/node. (#6156)

This is in preparation for renaming src/expr to src/node.

Rename fixtures in test/unit/context to conform to naming scheme. (#6158)

Naming scheme is `Test<directory><Black|White><name>`.

Rename fixtures in test/unit/base to conform to naming scheme. (#6157)

Naming scheme is `Test<directory><Black|White><name>`.

ci: Enable checking of proofs + unsat cores. (#6088)

This commit refactors the run_regression.py script and adds options for enabling/disabling checking of proofs and unsat cores. Both options are enabled by default and disabled for each corresponding CI build.

[proof-new] Activating proofs when dumping proofs (#6155)

Further standardization of strings statistics (#6128)

Also eliminates use of raw output channel in strings.

cmake: Generate cvc4_export.h and set visibility to hidden. (#6139)

The build system (cmake) will automatically generate an export header
cvc4_export.h, which makes sure that the correct export features are
defined depending on the compiler and target platform. The macro CVC4_EXPORT
replaces CVC4_PUBLIC and its usage is reduced by 2/3.

Co-authored-by: Gereon Kremer <nafur42@gmail.com>

[proof-new] Renaming proof option to be in sync with SMT-LIB (#6154)

[proof-new] Disabling proofs on regressions with known bug (#6151)

This is so that we can use CI in master for proofs.

New C++ Api: Comprehensive guards for member functions of class Sort. (#6136)

Fix rewrite for double replace (#6152)

Fixes #6142.

New C++ Api: Comprehensive guards for member functions of class Grammar. (#6148)

Replace HistogramStat by IntegralHistogramStat (#6126)

This PR uses IntegralHistogramStat instead of HistogramStat when appropriate, that is everywhere.

Disable sqlite (#6145)

Cryptominisat supports writing statistics to a sqlite3 database, and automatically enabled it when it can find sqlite bindings.
This disables sqlite3, as we don't need it anyway.
Fixes #6131.

Make nonlinear extension account for relevant term set (#6147)

This fixes a subtle issue with non-linear and theory combination.

It currently could use irrelevant terms preregistered to the ExtTheory for its model-based refinement. This means that the non-linear extension could accidentally modify values for terms that are not included in its term set, violating theory combination.

In particular, in the minimized example from #5662, (* a k) was a stale term in ExtTheory, and non-linear extension falsely believed that a was a term whose model value could be modified, since moreover a was not a shared term. In reality, a was not a shared term since it only was registered to UF.

Fixes #5662.

Split inst match generator class to own file (#6125)

Letify quantifier bodies independently (#6112)

This fixes a subtle bug with how quantifier bodies are letified.

It makes our letification more conservative so that let symbols are never pushed inside quantifier bodies, instead quantifier bodies are letified independently of the context.

Reorganizing initialization of term registry in quantifiers (#6127)

This is in preparation for moving several utilities into the quantifiers inference manager.

This PR moves ownership of TermRegistry and QuantifiersRegistry to TheoryQuantifiers from QuantifiersEngine.

New C++ Api: Comprehensive guards for member functions of class Op. (#6140)

New C++ Api: Comprehensive guards for member functions of Datatype classes. (#6141)

[proof-new] Adding a dot printer for proof nodes (#6144)

Adds a dot printer for proof nodes. Also adds an option to choose the proof format (as a mode).

Signed-off-by: Diego Della Rocca de Camargos <diegodellarocc@gmail.com>

New C++ Api: Move checks to separate file. (#6138)

New C++ API: Rename TRY CATCH macros. (#6135)

Schedule preregistration lemmas to be satisfied after user assertions (#6134)

Commit d47a8708171f1cf488fe9ce05f56f2566db53093 refactored the interface of
prop engine. In doing so, it changed the order in which preregistration lemmas
were asserted. Before the commit, they were asserted after all the user
assertions. After the commit, they were asserted after each user assertion that
generated them. This, however, seems to have a negative performance impact,
especially for string benchmarks because the justification heuristic tries to
justify the assertions in the order in which they appear. Intuitively, it makes
sense to first try to satisfy the user assertions before trying to satisfy the
preregistration lemmas.

Signed-off-by: Andres Noetzli <noetzli@amazon.com>

cmake: Remove install rules for old API headers. (#6120)

(proof-new) Miscellaneous sync to master (#6129)

Towards having proofs working on master.

[proof-new] Fix arity check when building equality engine proofs  (#6133)

Broken in dc679ed.

Add missing includes for statistics (#6124)

Simplify instantiation match generator interface (#6121)

Add more unit tests for api::Sort. (#6122)

ci: Replace debug builds with assertion enabled production builds. (#6098)

This will help reduce the CI times and ccache sizes.