Add rewrites for str.replace in str.contains  (#2623)

This commit adds two rewrites for `(str.contains (str.replace x y x) z) ---> (str.contains x z)`, either when `z = y` or `(str.len z) <= 1`. Additionally, the commit adds `(str.contains (str.replace x y z) w) ---> true` if `(str.contains x w) --> true` and `(str.contains z w) ---> true`.

 Fix heuristic for string length approximation (#2622)

 Refactor printing of parameterized operators in smt2 (#2609)

Improve reasoning about empty strings in rewriter (#2615)

 Fix partial operator elimination in sygus grammar normalization (#2620)

 Fix string ext inference for rewrites that introduce negation (#2618)

Fix default setting of CegisUnif options (#2605)

cmake: Use gcovr instead lcov for coverage report generation. (#2617)

Fix compiler warnings (#2602)

Synthesize rewrite rules from inputs (#2608)

Fix cegis so that evaluation unfolding is not interleaved. (#2614)

Optimize regular expression elimination (#2612)

Add length-based rewrites for (str.substr _ _ _) (#2610)

 Support for basic actively-generated enumerators (#2606)

Random: support URNG interface (#2595)

Use std::shuffle (with Random as the unified random generator) instead
of std::random_shuffle for deterministic, reproducable random shuffling.

Allow multiple synthesis conjectures. (#2593)

Fix compiler warnings. (#2601)

BV instantiator: Factor out util functions. (#2604)

Previously, all util functions for the BV instantiator were static functions
in theory/quantifiers/cegqi/ceg_bv_instantiator.cpp. For the corresponding
unit test, it was therefore required to include this cpp file in order to
test these functions. This factors out these functions into a
theory/quantifiers/cegqi/ceg_bv_instantiator_utils.(cpp|h).

Asan reported errors for the corresponing unit test because of this.

 BV inverter: Factor out util functions. (#2603)

Previously, all invertibility condition functions were static functions
in theory/quantifiers/bv_inverter.cpp. For the corresponding unit test,
it was therefore required to include this cpp file in order to test
these functions. This factors out these functions into a
theory/quantifiers/bv_inverter_utils.(cpp|h).

 Fix string register extended terms (#2597)

A regress2 benchmark was failing, due to a recent change in our strings rewriter.

The issue is that our string rewriter is now powerful enough to deduce that certain extended terms like `(str.substr (str.++ x "zb") 1 1)` must be non-empty. As a consequence, our emptiness-split `(str.substr (str.++ x "zb") 1 1) = "" OR len( (str.substr (str.++ x "zb") 1 1) ) > 0` is instead a propagation `len( (str.substr (str.++ x "zb") 1 1) ) > 0`. This means that `(str.substr (str.++ x "zb") 1 1)` may not appear in an assertion sent to strings.

The fix is to ensure that extended function terms in any assertions *or shared terms* are registered.

This also simplifies the code so that another (now spurious) call to ExtTheory::registerTermRec is removed.

Cmake: Fix ctest call for example/translator. (#2600)

example/translator expects an input file to translate but none was provided in the ctest call.
This caused the ctest call to hang and wait for input on stdin in some configurations (in
particular in the nightlies).

Address slow sygus regressions (#2598)

 Disable extended rewriter when applicable with var agnostic enumeration (#2594)

Fix unif trace (#2550)

 Fix cache for sygus post-condition inference (#2592)

Update default options for sygus (#2586)

Fix rewrite rule filtering. (#2591)

New C++ API: Add checks for Sorts. (#2519)

Infrastructure for string length entailments via approximations (#2514)

Only use SKIP_RETURN_CODE with CMake 3.9.0+ (#2590)

With older versions of CMake, skipped tests are reported as failures,
which is undesirable. This commit changes the CMakeLists file to only
use the `SKIP_RETURN_CODE` property if a newer version of CMake is used.

Fix end constraint for regexp elimination (#2571)

Clean remaining references to getNextDecisionRequest and simplify (#2500)

Fix mem leak in sha1_collision example. (#2588)

Fix mem leak in sets_translate example. (#2589)

Simplify datatypes printing (#2573)

Fix compiler warnings. (#2585)

Fix regress (#2575)

Add actively generated sygus enumerators (#2552)

Make CegisUnif with condition independent robust to var agnostic (#2565)

Fix stale op list in sets (#2572)

Eliminate partial operators within lambdas during grammar normalization (#2570)

cmake: Display skipped tests as not run (#2567)

Currently, the run_regression.py script just returns 0 when we skip a
test due to a feature not supported by the current configuration.
Returning 0 marks those tests as passed. To make it more clear which
tests were skipped, this commit adds the `SKIP_RETURN_CODE` [0] property
to the regression tests and changes the regression script to return 77
for skipped tests. The feature is supported since at least CMake 3.0 [0].
For backwards compatibility with autotools, returning 77 for skipped
tests is only active when `--cmake` is passed to the run_regression.py
script.

[0] https://cmake.org/cmake/help/v3.0/prop_test/SKIP_RETURN_CODE.html

Allow (_ to_fp ...) in strict parsing mode (#2566)

When parsing with `--strict-parsing`, we are checking whether the
operators that we encounter have been explicitly added to the
`d_logicOperators` set in the `Parser` class. We did not do that for the
indexed operator `(_ to_fp ...)` (which is represented by the kind
`FLOATINGPOINT_TO_FP_GENERIC`). This commit adds the operator.

unit: Fix ASAN detection for GCC. (#2561)

Make registration of preprocessing passes explicit (#2564)

As it turns out, self-registering types are problematic with static
linkage [0]. Instead of fixing the issue with linker flags, which seems
possible but also brittle (e.g. the flags may be different for different
linkers), this commit adds an explicit registration of each
preprocessing pass.

[0] https://www.bfilipek.com/2018/02/static-vars-static-lib.html

Fix documentation for `make regress`. (#2557)

cmake: Add examples to build-tests, add warning for disabling static build. (#2562)

Fix "catching polymorphic type by value" warnings (#2556)

When using the `TS_ASSERT_THROWS` marco from CxxTest, we have to make
sure that we use a reference type for the exception, otherwise the unit
test tries to catch the exception by value, resulting in "catching
polymorphic type by value" warnings.

cmake: Generate compile_commands.json on configure. (#2559)

cmake: Add build target build-tests to build all test dependencies. (#2558)

init scalar class members (coverity issues 1473720 and 1473721) (#2554)

Fix compiler warnings. (#2555)

 Fix dumping pre/post preprocessing passes (#2469)

This commit changes the hard-coded list of checks for
preprocessing-related dump tags to take advantage of the new
preprocessing pass registration mechanism from PR #2468. It also fixes a
typo in the `Dump.isOn()` check in `PreprocessingPass::dumpAssertions()`
and adds a list of available passes to the `--dump help` output.

Refactor preprocessing pass registration (#2468)

This commit refactors how preprocessing pass registration works,
inspired by LLVM's approach [0]. The basic idea is that every
preprocessing pass declares a static variable of type `RegisterPass` in
its source file that registers the pass with the
`PreprocessingPassRegistry` when starting the program. The registry is a
singleton that keeps track of all the available passes and allows other
code to create instances of the passes (note: previously the registry
itself was owning the passes but this is no longer the case). One of the
advantages of this solution is that we have a list of available passes
directly at the beginning of the program, which is useful for example
when parsing options.

As a side effect, this commit also fixes the SortInference pass, which
was expecting arguments other than the preprocessing pass context in its
constructor.

This commit is required for fixing dumping pre/post preprocessing
passes. It is also the ground work for allowing the user to specify a
preprocessing pipeline using command-line arguments.

[0] https://llvm.org/docs/WritingAnLLVMPass.html

Add rewrite for solving stoi (#2532)

cmake: Ignore ctest exit code for coverage reports.

Stream concrete values for variable agnostic enumerators (#2526)

Rewrites for (= "" _) and (= (str.replace _) _) (#2546)

cmake: Only do Java tests when unit testing on (#2551)

Right now, we are adding the Java tests even when we are not building
unit tests. This commit changes the build system to only add the Java
tests when unit tests are enabled. There are two reasons for this
change:

- building a production version of CVC4 should not require JUnit
- it seems more intuitive (to me at least) to disable JUnit tests when
  unit tests are disabled

This change also simplifies building the Java bindings in our homebrew
formula.

cmake: Add CxxTest finder module to allow custom paths. (#2542)

Remove assertion. (#2549)

Infrastructure for using active enumerators in sygus modules (#2547)

Incorporate all unification enumerators into getTermList. (#2541)

Fix Taylor overapproximation for large exponentials (#2538)

 Fix homogeneous string constant rewrite (#2545)

Fix bug in getSymbols. (#2544)

cmake: Only print dumping warning if not disabled by user. (#2543)

Makes SyGuS parsing more robust in invariant problems (#2509)

cmake: Fix test target dependency issues. (#2540)

Enable quantified array regression. (#2539)

Symmetry breaking for variable agnostic enumerators (#2527)

cmake: New INSTALL.md for build and testing instructions. (#2536)

cmake: Exclude examples for coverage target. (#2535)

Eagerly ensure literal on active guards for sygus enumerators (#2531)

cmake: Add check for GCC 4.5.1 and warn user. (#2533)

examples/hashsmt/sha1_inversion: Fix includes for newer Boost version. (#2534)

cmake: configure.sh wrapper: Removed unused option --gmp.

carefully printing trusted assertions in proofs (#2505)

cmake: Fix tag code generation dependencies. (#2529)

Fix warnings uncovered by cmake build (#2521)

Fix quantifiers selector over store rewrite (#2510)

Due an ordering on if's the rewrite sel( store( a, i, j ), k ) ---> ite( k=i, j, sel( a, k ) ) was very rarely kicking in.

After the change, we are +61-7 on SMT LIB:
https://www.starexec.org/starexec/secure/details/job.jsp?id=30581

Allow partial models for multiple sygus enumerators (#2499)

Infrastructure for variable agnostic sygus enumerators (#2511)

 Improve non-linear check model error handling (#2497)

Refactor strings equality rewriting (#2513)

This moves the extended rewrites for string equality to the main strings rewriter as a function rewriteEqualityExt, and makes this function called on every equality that is generated (from non-equalities) by our rewriter.

cmake: Fix dependencies for code generation. (#2524)

Fix wiki urls. (#2504)

cmake: Fix git version info (again). (#2523)

cmake: Fix theory order #2. (#2522)

Unify rewrites related to (str.contains x y) --> (= x y) (#2512)

cmake: Fix theory order. (#2518)

Make string rewriter unit tests more robust (#2520)

This commit changes the unit test for the string rewriter to use the
extended rewriter instead of the regular rewriter to make it more
robust, e.g. to different orderings in conjunctions.

cmake: Fix and simplify git version info. (#2516)

cmake: Add program prefix option. (#2515)

Fix generating debug/trace tags.

 New C++ API: Add checks for Terms/OpTerms. (#2455)

Fix regress2. (#2502)

cmake: Add python3 option.

cmake: Enable -Wall.

cmake: Fix systemtests dependency.