Ignoring gcov files

Moving code imported from libantlr3c to separate file and adding copyright exception

fix most of the warnings in the parser by (1) quieting unused-function and unused-variable warnings in the generated code, which aren't useful, and (2) not #including our autoheader stuff in the parser, which was conflicting with antlr3's

Adding match override to AntlrInput, in attempt to workaround Bug #76

Minor refactorings, in response to code review (Bug #73)

Typos and renames for code review

minor formatting and code guidelines, related to parser code review (bug #73)

* Addressed issues brought up in Chris's review of Morgan's
  NodeManager (bug #65).  Better documentation, etc.

* As part of this, removed NodeManager::mkVar() (which created a
  variable of unknown type).  This requires changes to lots of unit
  tests, which were using this function.

* Performed some review of parser code (my code review #73).

  + I changed the way exceptions were caught and rethrown in
    src/parser/input.cpp.

  + ParserExceptions weren't being properly constructed (d_line and
    d_column weren't intiialized and could contain junk, leading to
    weird error messages).  Fixed.

* Fix to the current working directory used by run_regression script.
  Makes exceptional output easier to match against (in expected error
  output).

* (configure.ac) Ensure that CFLAGS has -fexceptions in it, in case we
  compile any C code and don't use the C++ compiler.

* Node::isAtomic() now looks at an "atomic" attribute of arguments
  instead of assuming it's atomic based on kind.  Atomicity is
  determined at node building time.  Fixes bug #81.  If this is
  determined to make node building too slow, we can allocate another
  attribute "AtomicHasBeenComputed" to lazily compute atomicity.

* TheoryImpl<> has gone away.  Theory implementations now derive from
  Theory directly and share a single RegisteredAttr attribute for term
  registration (which shouldn't overlap: every term is "owned" by
  exactly one Theory).  Fixes bug #79.

* Additional atomicity tests in ExprBlack unit test.

* More appropriate whitebox testing for attribute ID assignment
  (AttributeWhite unit test).

* Better (and more correct) assertion checking in NodeBuilderBlack.

* run-regression script now checks exit status against what's provided
  in "% EXIT: " gesture in .cvc input files, and stderr against
  "% EXPECT-ERROR: ".  These can be used to support intended failures.
  Fixes bug #84.  Also add "% EXIT: " gestures to all .cvc regressions
  in repository.

* Solved some "control reaches end of non-void function" warnings in
  src/parser/bounded_token_buffer.cpp by replacing
  "AlwaysAssert(false)" with "Unreachable()" (which is known
  statically to never return normally).

* Regression tests now use the cvc4 binary under
  builds/$(CURRENT_BUILD)/src/main instead of the one in bin/ which
  may not be properly installed yet at that point of the build.
  (Partially fixes bug #46.)

* -fvisibility=hidden is now included by configure.ac instead of each
   Makefile.am, which will make it easier to support platforms
   (e.g. cygwin) that do things a different way.

* TheoryUF code formatting.  (re: my code review bug #64)

* CDMap<> is leaking memory again, pending a fix for bug #85 in the
  context subsystem.  (To avoid serious errors, can't free context
  objects.)

* add ContextWhite unit test for bug #85 (though it's currently
  "defanged," awaiting the bugfix)

* Minor documentation, other cleanup.

Recommit revision 365 (undoing revision 375, which reverted revision 365).
Fix the case in NodeBuilderBlack that triggered bug #82.  (Fixes bug #82.)

This also fixes regression failures from this morning (2010 Apr 4), in
the optimized builds, for which a fix was included in 365 and reverted
in 375.  They looked like this:

  In ExprBlack::testGetConst:
  /usr/local/share/cvc4/src/cvc4-2010-04-04/builds/x86_64-unknown-linux-gnu/production/../../../test/unit/expr/expr_black.h:377: Error: Expected (a->getConst<Kind>()) to throw (IllegalArgumentException) but it didn't throw
  /usr/local/share/cvc4/src/cvc4-2010-04-04/builds/x86_64-unknown-linux-gnu/production/../../../test/unit/expr/expr_black.h:378: Error: Expected (b->getConst<Kind>()) to throw (IllegalArgumentException) but it didn't throw
  [etc..]

Reverting r365

Overriding ANTLR3 error recovery routine

Fixing double delete bug in main.cpp

Fixed the 32 bit vs. 64 bit problem in the rational and integer tests.

Changing min/maxArity to use metakind info.

Parser tweaks to address review
Private members of Input moved to new class ParserState

Adding newly generated files

Removing Expr::operator=(uintptr_t n), as it's no longer used by the parser.

cvc4 --show-config now gives library version

reran update-copyright.pl to get new contributors and add new header comments to files without them

* Minor code formatting stuff in src/expr/type.{h,cpp}.  Concluded
  Type code review and closed bug #25.

* Do assertions on Expr creation (public library interface) even when
  assertions are off.  Also a similar check for proper kind (in public
  interface) when Expr::getConst<>() is called.  This fixes a unit
  test that was failing in production builds (an exception wasn't
  thrown but should have been).

* kind::XOR must have exactly 2 arguments, not 2-or-more.

minor forgotten things in last commit

PARSER STUFF:

* Other minor changes to the new parser to match coding guidelines,
  add documentation, ....

* Add CFLAGS stuff to configure.ac parser Makefile.ams.  This ensures
  that profiling, coverage, optimization, debugging, and warning
  level options will apply to the new parser as well (which is in C,
  not C++).  This fixes the deprecated warning we were seeing this
  evening.

* Now, if you have ANTLR_HOME set in your environment, you don't need
  to specify --with-antlr-dir to ./configure or have libantlr3c
  installed in standard places.  --with-antlr-dir still overrides
  $ANTLR_HOME, and if the installation in $ANTLR_HOME is missing or
  doesn't work, the standard places are still tried.

* Extend "silent make" to new parser stuff.

* Added src/parser/bounded_token_buffer.{h,cpp} to the list of
  exclusions in contrib/update-copyright.pl and mention them as
  excluded from CVC4 copyright in COPYING.  They are antlr3-derived
  works, covered under a BSD license.

OTHER STUFF:

* expr_manager.h, expr.h, expr_manager.cpp, and expr.cpp are now
  auto-generated by a "mkexpr" script.  This provides the correct
  instantiations of mkConst() for public use, e.g., by the parser.

* Fix doxygen documentation in expr, expr_manager.. closes bug #35

* Node::isAtomic() implemented in a better way, based on theory kinds
  files.  Fixes bug #40.  To support this, a "nonatomic_operator"
  command has been added.  All other "parameterized" or "operator"
  kinds are atomic.

* Added expr_black test

* Remove kind::TRUE and kind::FALSE and make a new CONST_BOOLEAN kind
  that takes a "bool" payload; for example, to make "true" you now do
  nodeManager->mkConst(true).

* Make new "cvc4_public.h" and "cvc4parser_public.h" headers.  Private
  headers should include "cvc4_private.h"
  (resp. "cvc4parser_private.h"), which existed previously.  Public
  headers should include the others.  **No one** should include the
  autoheader #include (which has been renamed "cvc4autoconfig.h")
  directly, and public CVC4 headers can't access its #defines.  This
  is to avoid us having the same distribution problem as libantlr3c.

* Preliminary fixes based on Tim's code review of attributes (bug #61).
  This includes splitting hairy template internals into
  attribute_internals.h, for which another code review ticket will be
  opened.  Bug is still outstanding, but pending further
  refactoring/documentation.

* Some *HashFcns renamed to *HashStrategy to match refactoring done
  elsewhere (done by Chris?) earlier this week.

* Simplified creation of make rules for generated files (expr.cpp,
  expr.h, expr_manager.cpp, expr_manager.h, theoryof_table.h, kind.h,
  metakind.h).

* CVC4::Configuration interface and implementation split (so private
  stuff doesn't leak into public headers).

* Some documentation/code formatting fixes.

* Add required versions of autotools to autogen.sh.

* src/expr/mkmetakind: fix a nonportable thing in invocation of "expr"
  that was causing warnings on Red Hat.

* src/context/cdmap.h: add workaround to what appears to be a g++ 4.1
  parsing bug.

Adding check for --disable-shared on --enable-coverage

Fix bug in SMT-LIB with let/flet bindings

Finishing parser cleanup. Code is now review-ready.

More parser cleanup. Should fix problems with last commit.

Code cleanup in parser

Adding 'generated/' to .gitignore

Removing unnecessary .gitignores

Merging from branches/antlr3 (r246:354)

again, re-enabling integer/rational tests (though they still fail to compile on 32-bit)

I think this finishes off the CDMap<>/Attribute leaks

fixing mistaken commit to unit test Makefile.am which removed tests

Highlights of this commit are:

* add NodeManagerWhite unit test

* change kind::APPLY to kind::APPLY_UF

* better APPLY handling: operators are no longer considered children

* more efficient pool lookup; the NodeValue doesn't have to be as fully constructed for the lookup to proceed

* extend DSL for kind declarations
  + new "theory" command declares a theory and its header.  theory_def.h no longer required.
  + arity enforced on operators
  + constant mapping, hashing, equality

* CONSTANT metakinds supported (via Node::getConst<T>(), for example, Node::getConst<CVC4::Rational>() gets a Rational out of a Node (assuming it is of CONST_RATIONAL kind)

* added CONST_RATIONAL and CONST_INTEGER kinds

* builtin operators (AND, OR, PLUS, etc..) returned by Node::getOperator() are now CONSTANT metakind and are created by NodeManager

* Pretty-printing of Nodes now has a depth limit settable by a stream manipulator (e.g. "cout << Node::setdepth(5) << m << endl;" prints DAG rooted at m to a depth of 5)

* getters added to Node, TNode, NodeValue, etc., for operators and metakinds

* build-time generators for kind.h, metakind.h, and theoryof_table.h headers now have a simpler design and flag errors better, and the templates (kind_template.h etc.) are easier to understand.

* DISTINCT is now a kind, and the SMT parser now passes through DISTINCT nodes instead of blowing them up into ANDs.  Until theory rewriting is online, though, DISTINCTs are directly blown up into conjunctions in TheoryEngine::rewrite().

* add gmpxx detection and inclusion

* better Asserts throughout, some documentation, cleanup

Improved the documentation and testing for Rational.

Rm'ing test file (sorry for spam)

Adding test file

Added GMP backed Rational and Integer classes, and white box tests for them.  You may have to reconfigure after this update.

Merging let/flet rules in SMT parser

Adding comments to NodeManager
Minor name changes for cleanup and hash function templates

new domain-specific language for kinds files: permits characterization of different "kinds of kinds" (special, operator, parameterized, and constant), and permits doxygen comments on them

Documented that ContextObj::destroy() only restores back to context level 0.
If there is more cleanup to do, it has to be done by the destructor.

Fixed some memory cleanup and destruction issues with ContextObj, ECData, CDList, and CDMap. Added the d_underTheShotgun field to NodeManager to keep track of which NodeValue is currently being deleted. If a Node or TNode has this node value, it can always be deleted.  This avoids the need for introducing SoftNodes.  Currently passes Debug and Production make check

* test/unit/Makefile.am, test/unit/expr/attribute_white.h,
  test/unit/expr/node_white.h: add whitebox attribute test (pulled out
  attribute stuff from node_white)

* test/unit/parser/parser_black.h: fix memory leaks uncovered by
  valgrind

* src/theory/interrupted.h: actually make this "lightweight" (not
  derived from CVC4::Exception), as promised in my last commit

* src/theory/uf/theory_uf.h, test/unit/expr/attribute_black.h: match
  the new-style cleanup function definition

* src/expr/attribute.cpp, src/expr/attribute.h: support for attribute
  deletion, custom cleanup functions, clearer cleanup function
  definition.

* src/expr/node_manager.h, src/expr/node_manager.cpp: reclaim
  remaining zombies in dtor, rename NodeValueSet ==> "NodeValuePool",
  and enable freeing of NodeValues

* src/expr/type.h, src/expr/type.cpp: reference-counting for types,
  customized cleanup function for types, also code cleanup

* (various): changed "const Type*" to "Type*" (to enable
  reference-counting etc.  Types are still immutable.)

* src/util/output.h: add ::isOn()-- which queries whether a
  Debug/Trace flag is currently on or not.

* src/smt/smt_engine.cpp, src/parser/antlr_parser.cpp,
  src/expr/type.cpp, src/expr/expr_manager.cpp, various others:
  minor code cleanup

This checkin resolves bug #57.

* CVC4::theory::Interrupted no longer derives CVC4::Exception.

* Interrupted is only thrown if "safe" parameter is TRUE !

* UF returns one conflict (instead of waiting for Interrupted to be thrown).

* Minor build system work (quieter builds if V=0, better handling of build
  profiles in configure)

* test/unit/context/context_black.h: added a test for Clark's fix to bug #45.
* test/unit/context/cdlist_black.h: comment fix

Fix for bug 45

* src/context/cdmap.h: rename orderedIterator to iterator, do away
  with old iterator (closes bug #47).

* src/context/cdset.h: implemented.

* src/expr/node_builder.h: fixed all the strict-aliasing warnings.

* Remove Node::hash() and Expr::hash() (they had been aliases for
  getId()).  There's now a NodeValue::internalHash(), for internal
  expr package purposes only, that doesn't depend on the ID.  That's
  the only hashing of Nodes or Exprs.

* Automake-quiet generation of kind.h, theoryof_table.h, and CVC and
  SMT parsers.

* various minor code cleanups.

Fixing unnecessary  construction of NOT nodes when generating conflict clauses and:
* adding the smallest test case (eq_diamond23.smt) that memouts in 50s
* adding the initial attributes black box test

* Added shutdown() functions to SmtEngine, TheoryEngine, PropEngine,
  DecisionEngine, and Theory.  These are triggered from the SmtEngine
  dtor before the other engines are deleted.  This is important
  because of potential issues with outstanding TNodes in Theory
  implementations (which fail if the destruction is done in the wrong
  order, in certain cases).

* Favor "FactQueueResetter" instead of clearAssertionQueues() for
  resetting facts queue in Theory implementations.

* Better theory-rewriting code.

* Minor cleanups.

naive rewriting to fix minisat invariant; rewrite  x == x  ==>  TRUE

Changing const TNode& to TNode in the CNF conversion + a new small benchmark that fail on "x != x"

Added some hand generated UF tests. Unfortunartely all of them work. Also fixed some cleanup stuff.

Boolean variables were marked as theory literals by mistake. Fixed, should give us back the SAT performance we had before the theory stuff.

Fix for the main bug that was bugging me -- Bug 49. The assertions queue in the theories didn't get cleared on SatSolver backtracking so there were unasserted literals being returned as part of some conflicts. Sat solver now explicitely calls in the theory engine after it backtracks in order to clear the queues (clearAssertionQueues).

Also, changed the let.smt as it used to exibit "single literal conflict" problem. The sat solve can not except conflicts similar to (x != x), these should be rewritten to false during pre-processing.

Adding 3 more small problems from the library that we can solve now to the regressions.

fix production-build unit testing errors (they assumed that assertions were on)

Lexical scoping for let-bound variables (Bug #53)

Adding preliminary let/flet support to SMT parser (Bug #51)

Adding support for "distinct" builtin in SMT parser

Adding support for sort U in QF_UF.

Adding the smallest of test cases from the smtlib.

removing makefile.in

Fixed non-debug build problems

one more simple test for uf

This fixes regressions at levels >= 1 which were failing

* implement zombification and garbage collection of NodeValues
  (but GC not turned on yet)

* implement removal of key nodes from all attribute tables

* audit NodeBuilder and fix memory leaks and improper reference-count
  management.  This is in many places a re-write.  Clearly documented
  invariants on NodeBuilder state.  (Closes Bug 38)

* created a "BackedNodeBuilder" that can be used to construct
  NodeBuilders with a stack-based backing store for a size that's not
  a compile-time constant.

* NodeValues no longer depend on Node for toStream()'ing

* make unit test-building "silent" with --enable-silent-rules

* (Makefile.am, Makefile.builds.in) fix top-level build system so that
  "make regressN" works with unbuilt/out-of-date source trees in the
  expected way.

* (various) code cleanup, documentation, formatting

adding simple-uf to the regressions, and the code that apparently solves it

Fixing Debug("prop") => Debug("node") typo

Improved output for theory uf

some more sat stuff for tim: assertions now go to theory_uf

Adding quiet output of make by default. There are two additional options to configure
  --enable-silent-rules          less verbose build output (undo: `make V=1')
  --disable-silent-rules         verbose build output (undo: `make V=0')
If you need the verbose output, you can either reconfigure with --disable-silent-rules, or do a make V=0.

* public/private code untangled (smt/smt_engine.h no longer #includes
  expr/node.h).  This removes the warnings we had during compilation,
  and heads off a number of potential linking errors due to improper
  inlining of private (library-only) stuff in client (out-of-library)
  code.

* "configure" now takes some options as part of a "bare-option" build
  type (e.g., "./configure debug-coverage" or "./configure production-muzzle").

* split cdo.h, cdlist.h, cdmap.h, and cdset.h from context.h

* split cdlist_black unit test from context_black

* implement CDMap<>.

* give ExprManagers ownership of the context (and have SmtEngine share
  that one)

* fix main driver to properly report file-not-found

* fix MemoryMappedInputBuffer class to report reasons for
  "errno"-returned system errors

* src/expr/attribute.h: context-dependent attribute kinds now
  supported

* test/unit/expr/node_white.h: context-dependent attribute tests

* src/prop/cnf_conversion.h and associated parts of src/util/options.h
  and src/main/getopt.cpp: obsolete command-line option, removed.

* src/util/Assert.h: assertions are now somewhat more useful (in debug
  builds, anyway) during stack unwinding.

* test/unit/theory/theory_black.h: test context-dependent behavior of
  registerTerm() attribute for theories

* src/expr/node_builder.h: formatting, fixes for arithmetic
  convenience node builders, check memory allocations

* test/unit/expr/node_builder_black.h: add tessts for addition,
  subtraction, unary minus, and multiplication convenience node
  builders

* src/expr/attribute.h: more comments

* (various) code formatting, comment cleanup, added throws specifier
  to some destructors

* contrib/code-checker: prototype perl script to test (some) code policy

* contrib/indent-settings: command line for GNU indent to indent using
  CVC4 style (sort of; this is a work in progress)

* COPYING: legal stuff

* DESIGN_QUESTIONS: obsolete, removed

Committing a bug fix from Dejan. This resolves an issue with restoring ECData.

Adding phase-caching to minisat.
(A Lightweight Component Caching Scheme for Satisfiability Solvers <http://www.springerlink.com/content/y802q03263x84159/>)

Some SAT stuff, not doing anything special yet, just to keep it in sync.

* NodeBuilder work: specifically, convenience builders.  "a && b && c || d && e"
  (etc.) now work for Nodes a, b, c, d, e.  Also refcounting fixes for
  NodeBuilder in certain cases

* (various places) don't overload __gnu_cxx::hash<>, instead provide
  an explicit hash function to hash_maps and hash_sets.

* add a new kind of assert, DtorAssert(), which doesn't throw
  exceptions (right now it operates like a usual C assert()).  For use
  in destructors.

* don't import NodeValue into CVC4 namespace (leave under CVC4::expr::).

* fix some Make rule dependencies

* reformat node.h as per code formatting policy

* added Theory and NodeBuilder unit tests

Added theory black box test.

Node builder tests that targetted properly detecting and handling expections have been changed to be debug mode. (The Assert(..) calls these checks rely on get compiled out of production mode.) Production and debug mode should now both pass make check on everything.

Added some documentation to theory_uf.

* context.h - Changed cdlist::push_back to use a new copy constructor instead of the assignment operator. This is important as Nodes, for example, check that d_nv != NULL in the assignemnt operator.
* node.h - Simplified the constructors, apparently it's ok to write ~ref_count in the template declaration. All the constructed nodes are now the ref-counted ones, i.e. eqNode() will return a ref-counted node.

TheoryUFWhite is passing.  I fixed 2 errors. Unfortunately, I also changed a TNode to a Node at one point in the code. TNode failed for a completely unknown reason. I'm try to isolate the problem is a bit, but I am commiting this for now so other things can move forward.

fix compile error in black parser unit test after today's change to parser code

A bag of unrelated fixes to bring trunk more in-line with recent
policy discussion (no dead code, no unimplemented unit tests...), and
other fixes:

* src/expr/node_builder.h: uncomment AndNodeBuilder, OrNodeBuilder,
  PlusNodeBuilder, and MultNodeBuilder.  (These had been dead code for
  awhile.)

* src/expr/node_value.cpp: toString() is much more reasonable now,
  printing S-exprs and using variable names (instead of printing raw
  pointer values).  Next, we'll want to define a pretty-printing
  theory interface and perhaps hook this up to that.

* test/unit/expr/node_black.h: implement testIterator(),
  testToString(), and testToStream().

* test/unit/expr/node_builder_black.h: implement testIterator() and
  testAppend(), and add some code to avoid the warnings on clear() for
  unused NodeBuilders.

* src/expr/node_builder.h: redefine "iterator" to be over Nodes rather
  than over NodeValues.  Doesn't make sense to expose the underlying
  NodeValues.  This shouldn't affect anyone, no one was using
  NodeBuilder iterators.

* fix some comments in source code

Adding --mmap option to use memory-mapped file input, which provides a marginal improvement (<5%) on big benchmarks.

* test/unit/context/context_black.h: Test CDList<>.  In particular,
  test behavior of grow(), which was previously very broken, fixed by
  Tim earlier this afternoon.

* add the notion of a "private header".  Private header files (those
  not intended for distribution) should now #include "cvc4_private.h"
  (or "cvc4parser_private.h" for the parser code).  When not actually
  building libcvc4 (resp. libcvc4parser), or associated unit tests, a
  warning is emitted by the preprocessor.  This should make it easier
  to notice (and disentangle early) any unwanted public/private
  mixing.  Currently the warning identifies a couple places where we
  need to fix things.

* added directory infrastructure for arrays and BV theories.

* the Theory inheritance hierarchy makes some assumptions about the
  way inheritance is done.  These are checked at runtime when
  CVC4_ASSERTIONS is on.  See src/theory/theory.h's TheoryImpl<>
  definition for details.

* src/theory/booleans/theory_bool.h, src/theory/booleans/theory_def.h,
  src/theory/arith/theory_arith.h, src/theory/arith/theory_def.h,
  src/theory/uf/theory_uf.h, src/theory/uf/theory_def.h,
  src/parser/antlr_parser.h: minor code formatting fixes as per
  policy.

* src/theory/uf/theory_uf.cpp: fix for non-debug builds.

* src/util/options.h, src/util/model.h, src/util/result.h,
  src/expr/type.h: make CVC4_PUBLIC.

* src/util/decision_engine.h: no longer CVC4_PUBLIC.

* src/expr/expr_manager.cpp: ExprManager::booleanType() and
  ExprManager::kindType() weren't returning a value ?!  Fixed.

* src/expr/expr_manager.h, src/expr/node_manager.h: ExprManager no
  longer depends on NodeManager (public/private interface mixing).
  ExprManagerScope is an internal implementation detail, and is moved
  to node_manager.h.

* src/expr/node.h: mark gdb debug routines as "used" so that GCC
  always emits code for them (even though its static analysis shows
  they're unused).

TheoryUFWhite tests are added. There are also accompanying bug fixes. These currently do not pass. (See bug 39.) I modified node.h/cpp to get gdb debug printing working again

Fixed a bug in CDList reallocation. (Also corrected a couple whitespace problems.)

Changing the hashing in attributes to what Nodes do, i.e. hash on the id of the node-value. This keeps coming up so we should rename the .hash() method in the node-value to something else. Morgan, feel free to change, but I had to go in as we were stuck on infinite parsing again.

Adding Node::getOperator()
Removing references to ExprManager from Type, moving Type creation into NodeManager

Updated uf to reflect APPLY structure after conversation with Chris. Also corrected conflict generation to reflect this morning's discussion.

* src/expr/node_builder.h: fixed some overly-aggressive refcount decrementing.
  There remain memory leaks (and some over-decrementing of refcounts) that
  I've identified; another commit forthcoming.

* src/expr/attribute.h: keys are now NodeValue* instead of TNode

* src/theory/output_channel.h: change OutputChannel::conflict() to the
  negation of what we had before: it now takes an AND of TRUE literals
  as a conflict clause rather than an OR of FALSE ones.

* src/expr/node.cpp: (non-template) CVC4::expr::debugPrint() routine
  for use inside gdb

* src/expr/node.h: remove Node::debugPrint() member (now a function
  instead of a member function, since Node is now a template it wasn't
  being properly instantiated(?) and couldn't be called from gdb)

* src/expr/Makefile.am: add node.cpp

* src/expr/node_manager.h: code formatting

* src/expr/node.h: add a copy constructor.  Apparently GCC doesn't
  recognize an instantiation of the join conversion/copy ctor with
  ref_count = ref_count_1 as a copy constructor.  Problems with
  reference counts ensue.

* src/theory/theory.h, src/theory/theory.cpp: Theory base
  implementation work.  Changed from continuation-style theory calls
  to having an data member for the output channel.  registerTerm() and
  preRegisterTerm() work.

* src/theory/output_channel.h, src/theory/theory.h,
  src/theory/theory.cpp, src/theory/uf/theory_uf.h,
  src/theory/uf/theory_uf.cpp: merged ExplainOutputChannel into
  OutputChannel.

* test/unit/expr/node_black.h: remove testPlusNode(),
  testUMinusNode(), testMultNode().

* src/expr/attribute.h: new facilities ManagedAttribute<> and
  CDAttribute<>, and add new template parameters to Attribute<>.  Make
  CDAttribute<>s work with context manager.

* src/expr/attribute.h, src/expr/node_manager.h: VarNameAttr and
  TypeAttr are now "owned" (defined) by the NodeManager.  The
  AttributeManager knows nothing of specific attributes, it just as
  all the code for dealing generically with attributes.

* test/unit/expr/node_white.h: test new attribute facilities.

* src/expr/soft_node.h: removed: We now have TNode, so SoftNode goes
  away.

* src/theory/Makefile.am: fixed improper linking of theories

* src/theory/theory_engine.h: some implementation work (mainly stubs
  for now, just to make sure TheoryUF can be instantiated properly,
  etc.)

* src/expr/node_value.cpp, src/expr/node_value.h: move a number of
  function implementations to the header and make them inline

* src/expr/node_manager.cpp, src/expr/node_manager.h: move a number of
  function implementations to the header and make them inline

* src/theory/theoryof_table_prologue.h,
  src/theory/theoryof_table_epilogue.h, src/theory/mktheoryof,
  src/theory/Makefile.am: make the theoryOf() table from kinds and
  implement TheoryEngine::theoryOf().

* src/theory/arith/Makefile, src/theory/bool/Makefile: generated these
  stub Makefiles (with contrib/addsourcedir) as per policy

* src/theory/arith, src/theory/bool [directory properties]: add .deps
  to svn:ignore.

* contrib/configure-in-place: permit configuring "in-place" in the
  source directory.

* contrib/get-authors, contrib/dimacs_to_smt.pl,
  contrib/update-copyright.pl, contrib/get-authors,
  contrib/addsourcedir, src/expr/mkkind: copyright notice

* src/expr/node_manager.h, src/expr/node_builder.h,
  src/prop/prop_engine.h, src/prop/prop_engine.cpp,
  src/theory/theory_engine.h, src/smt/smt_engine.h, src/smt/smt_engine.cpp,
  src/theory/output_channel.h: turn "const Node&"-typed formal
  parameters into "TNode"

* src/theory/bool, src/theory/booleans: "bool" directory renamed "booleans"
  to avoid keyword clash on containing namespace

* src/theory/booleans/theory_def.h, src/theory/uf/theory_def.h,
  src/theory/arith/theory_def.h: "define" a theory simply (for automatic
  theoryOf() generator).

* src/Makefile.am: build theory subdirectory before prop, smt, etc. so that
  src/theory/theoryof_table.h header gets generated before it's needed

* src/expr/node_prologue.h, src/expr/node_middle.h: move "Kind" into a
  separate CVC4::kind namespace to avoid its contents from cluttering
  the CVC4 root namespace.  Import the symbol "Kind" into the CVC4 namespace
  but not the enum values.

* src/expr/node_manager.h, src/expr/node.h, src/expr/node_value.h,
  src/expr/node_value.cpp, src/expr/expr.cpp, src/theory/uf/theory_uf.cpp,
  src/prop/cnf_stream.cpp, src/parser/smt/smt_parser.g,
  src/parser/cvc/cvc_parser.g, src/parser/antlr_parser.cpp,
  test/unit/expr/node_white.h, test/unit/expr/node_black.h,
  test/unit/expr/kind_black.h, test/unit/expr/node_builder_black.h:
  update for having moved Kind into CVC4::kind.

* src/parser/parser.cpp: added file-does-not-exist check (was failing
  silently).

Created basic node builder and kind tests. Also fixed a couple of node builder problems.

Cleaned up and documented ecdata and theory_uf.

Committing small changes to attribute, and theory to avoid future merge problems for Moragn. Also cleaned up theory uf and ecdata, and updated both to reflect attribute. Should be close now.

Minor optimizations to parser (use const string& for ids, keep only one binding in symtab)

cosmetic changes, comments, and renaming of Expr related stuff to Node (leftovers from before switching to Node)

finally works

Merging from branch branches/Liana r241