Fix "make distclean", which should fix some of the build issues from last night

Minor fixups to last commit

Flatten libcvc4 build structure; remove some #include interdependences

Adds the header file into makefile, solving building error; adds cache for derivative; disables loop detection when finite model finding is enabled.

bug fix

change options

Bug fixes for bounded integer quantification.  Current best strategy is to turn off MBQI.  Disable relevant triggers by default.

Merge branch 'master' of github.com:tiliang/CVC4

add seperate regular expression files

add seperate regular expression files

fixed proof regression script and added a new uf test case

Merge branch 'master' of https://github.com/CVC4/CVC4

Turn off model-based arrays (causing crashes in portfolio)

Fix for bug515

add back eager approach

bug fix for loop rule

bug fix

bug fixes: some issues remain, need more discussion later

remove nested re or; opt loop

string fix

Merge branch 'master' of github.com:tiliang/CVC4

add a string test case

bug fix for string special case

add a string test case

Merge branch 'master' of github.com:tiliang/CVC4

bug fix for string special case

adds regular expression range

Merge branch 'master' of github.com:tiliang/CVC4

adds regular expression range

adds regular expression range

minor fix to last commit (gitignore)

.gitignore personal configuration files

adds fmf for strings

renames for strings fmf

Merge branch 'master' of github.com:tiliang/CVC4

bug fix in strings : change from assert to  alwaysassert

removes some junks

performance optimizations for quantifier instantiation

bug fix in strings : change from assert to  alwaysassert

performance optimizations for quantifier instantiation

removes some junks

bug fix: string cache cleaning

add another regexp test

Adds Regular Expression support.

Adds regular expression support, it is actually CFL because of variables.

Merge branch 'master' of github.com:tiliang/CVC4

add constant membership

adds native regexp.

add constant membership

Minor bug fix to datatypes.

Merge branch 'master' of github.com:tiliang/CVC4

adds native regexp.

adds native regexp.

fixed options::proof() segfault

cleaned up proof code

fixed uf proof bug: now storing deleted theory lemmas

More improvements to datatypes, eager selector collapsing, improved collect model info. Also fix bug in model post-processor.

added currying for uf proofs; still needs debugging

fixed uf proof with holes bugs

Optimizations for datatypes theory.  There seems to be a bug in trans_closure, currently implemented a work around.

fixed some bugs

first draft implementation of uf proofs with holes

merged golden

Multiple fixes for datatypes theory solver: add support for parametric datatypes in type enumerator, fix infinite loop in type enumerator, fix fairness issue for splitting (moves constructor selection into model generation procedure), fixes bug 532, find conflict for constructor with conflicting label eagerly.  Add representive flattening for quantifiers (currently disabled). Other minor cleanup.

Merge branch 'master' of https://github.com/CVC4/CVC4

Adding example proof signatures for LFSC.

Added support for converting unsorted problems to multi-sorted problems via sort inference and monotonicity.  Minor cleanup.

Merge branch 'master' of github.com:tiliang/CVC4

Conflicts:
src/theory/strings/theory_strings.cpp

adds some fixes. it solves kaluza problems

Adding example proof signatures for LFSC.

Added support for converting unsorted problems to multi-sorted problems via sort inference and monotonicity.  Minor cleanup.

adds partial function substr. the use of this function should be guarded, especially for disequalities

adds partial function substr. the use of this function should be guarded, especially for disequalities

Fix a bug in smt2 parser for quantified formulas with attributes, fixes bug 535

replace with a new method for disequality, move to QF_S

add x=y

fixed a loop bug

merged golden

Bug fixes and improvements for symmetry breaking, it now supports multiple sorts.  Working on monotonicity inference.

Some fixes to recent strings commits.

Merge branch 'master' of github.com:tiliang/CVC4

adds communication with arith engine

Add new symmetry breaking technique for finite model finding.  Improvements to bounded integer quantifier instantiation.

Merge branch 'master' of github.com:tiliang/CVC4

removes unsound cases, adds unrolling

fix the infinite issue

for morgan to see the regression problems

fix loop detection for multi-vars

optimizing model generation for strings

adds model generation for strings, and a hacked way in arith engine for models

removes unsound cases, adds unrolling

fix the infinite issue

for morgan to see the regression problems

Reduce compiler dependencies on substitutions.h,
Some new functionality in substitutions.h/cpp

Better fix for bug 528

fix loop detection for multi-vars

optimizing model generation for strings

adds model generation for strings, and a hacked way in arith engine for models

Revert Clark's last commit, at his request; there are some bugs.

This reverts commit 9775bced75843c6f01e9524c2d0e7021535e3ec0.

Cleaner version of bug-fix for 528, also moved substitutions.h out of theory.h
for faster compilation