fix to build system for java bindings

* Applying Andy's fix for datatypes bug #286; thanks for the quick work, Andy!
* Also some better configure script wording

Bindings work (ocaml bindings are now sort of working); also minor cleanup

additional minor changes to get python binding on better footing

fixes for python language binding, added python example

public tests need to be linked against gmp/cln explicitly---looks like a subtle linker change in Ubuntu 11.10 oneiric :-(

datatype stuff in compatibility interface implemented

Context::ScopedPush implemented (in support of theory speculation, like upcoming internal branch-&-bound for integers)

STRING_TYPE and CONST_STRING and associate type infrastructure implemented.

Only print a shortlist of most-commonly-used options on option processing errors; reduces clutter, increases usability

give an option error if the user specifies --proof in a non-proof-enabled build

fully implement the always-check-again-after-the-output-channel-is-used fix for bug #275.  will finally close #275.

Sometimes antlr decides to generate lexers and parsers in a different directory than specified by "-o dir" ?!   Fix that by specifying "-fo dir".

better Integer asserts when there's overflow on conversion to unsigned long / long

Improvements to header installation on user machines.  Internally, we can
still write, for example:

#include "expr/node.h"

but public CVC4 headers, upon installation to /usr/include/cvc4 (or wherever),
have such #includes rewritten automatically to:

#include <cvc4/expr/node.h>

fixes to assertions in GMP to match CLN behavior

Added assertions to the CLN implementation of Integer for getLong() and getUnsignedLong().

another make distclean fix

fixes to "make distclean" and "make maintainerclean"

fix to "make install"

fix some doxygen warnings

support for proof regressions in other parts of the test tree

fix unit tests

Support for SMT-LIBv2 (get-proof), CVC-style DUMP_PROOF command, SmtEngine::getProof(), a few other things..

proof regressions

* ability to output NodeBuilders without first converting them to Nodes---useful for debugging.
* language-dependent Node::toString()
* some minor proof-related cleanup

merged the proofgen3 branch into trunk:
    - can now output LFSC checkable resolution proofs
    - added configuration option  --enable-proof
    - added command line argument --proof
To turn proofs on build with proofs enabled and run with --proof.

Adding a check in Polynomial::parsePolynomial to better enforce the arithmetic normal form when assertions are enabled.

Initialize resource limit and millisecond limit options

Implement changes from yesterday morning's meeting (10/21/2011):

* OutputChannel::lemma() now returns an unsigned int.  This facility isn't functional yet, but the signature is there.  For now, it always returns the current user level (which is "correct" from the interface point of view, but not what we want).
* Pseudobooleans disabled.  This should fix some quantifier benchmarks Andy's been working with on the quantifiers2 branch.
* --limit / --time-limit options renamed --rlimit and --tlimit.

There may be slowdown from disabling pseudobooleans.

some printing and parser fixes for problems recently uncovered

add gcc version information to Configuration, and warn when building with v4.5.1 which has a buggy optimizer (resolves bug #266)

add support for QF_AUFLIA and QF_AUFLIRA logic strings in SMT inputs, for testing

fix configure step on Ubuntu oneiric (11.10)-- related to bug #284

fix bug #264: competition / other static library builds when readline isn't available

Adding support for QF_UFLIA to the smt2 parser.

Merging the branch branches/arithmetic/push-pop-support from r2247 to r2256 into trunk.  Arithmetic should now be closer to being able to support push and pop.

Sharing work

fix make dist

Interruption, time-out, and deterministic time-out ("resource-out") features.
Details here: http://goedel.cims.nyu.edu/wiki/Meeting_Minutes_-_October_14,_2011#Resource.2Ftime_limiting_API
This will need more work, but it's a start.

Also implemented TheoryEngine::properPropagation().

Other minor things.

Some new Datatype public functionality, as per Chris Conway's suggestions on the dev mailing list.

don't build language bindings unless expressly requested with --enable-language-bindings

Reverting a fix from earlier today that fixed a Mac OS warning but completely broke Linux. :-(

ensureLiteral() in CNF stream to support Andy's quantifiers work; an update to model gen on booleans; and a little cleanup

minor visibility fixes

remove some debugging code that slowed down last night's regressions

Disabling the variable removal hueristic by default.

also add test case

fixes to context-dependent caching substitutions

add a guard for history saving, to enable building without GNU history library

compatibility, bindings

cvc3 compatibility layer; and another libantlr3c v3.4 incompatibility fix

compat layer cleanup

oops, one more fix, hopefully the last

Yet Another Antlr3 Mod---this time, all my fault: for configuration auto-detection of libantlr3c, I chose an innocent-looking function that was present in both versions.  But it's signature had changed, breaking source compatibility in both directions.  Just like the other function that started the whole mess.  Silly me.

Oh, here's another cute compatibility fix for libantlr3c 3.4-beta4.  They #define true and false to their own ANTLR3_TRUE and ANTLR3_FALSE, wreaking havoc on our parsers.  I'm really fed up with this package.

mimicking Chris's recent contribution to QueryResult in CVC3 in the compatibility layer

more fixes for libantlr3c v3.4

support for configure-discovery of antlr3-3.4-beta4

user push/pop support in minisat and simplification; also bindings work

Importing Chris's recent changes to CVC3's ValidityChecker into the compatibility layer

fix to CNF undoTranslate(), to support incrementality

forgot to put some things in the distro

interfaces fixes and cleanups...and examples of each interface!

more push/pop infrastructure, some SAT stuff

fixes to incremental simplification, cnf routines, other stuff in preparation of user push/pop in SAT solver

compatibility work, documentation

build system fixes

Some base infrastructure for user push/pop; a few bugfixes to user push/pop and model gen also.
I also expect this commit to fix bug #273.

No performance change is expected on regressions with this commit, see
http://goedel.cims.nyu.edu/regress-results/compare_jobs.php?job_id=2871&reference_id=2863

some test fixes

another make dist fix for java compat bindings

variety of visibility fixes (should clean up some of the many warnings on MacOS-production-dynamic builds)

CVC4::Integer was not marked CVC4_PUBLIC, causing dynamic link errors on MacOS in production builds.  Fixed.

fixes for make dist ; make install

better fix for #281, also fix issue with command line options not existing on older g++en, like Apple's 4.2 on Snow Leopard.

Regular expressions in shell scripts on MacOS are inconsistent... again. :-(  Fixing a problem with Debug_tags and Trace_tags, closes bug #281

removed "typename" keyword (fix to bug 280)

more interface work; adding legacy C interface

first crack at compatibility java interface (not built by default)

Fix to building and linking for unit tests.  (This should fix the segfaulting units in optimized-dynamic.  The problem was that the code incorrectly determined the address of one of the thread-scoped global variables, and I think it's because the same library was linked twice into the unit test in two different ways, confusing the runtime support code.)

interface cleanup, java bindings work

Java binding now working.  Some interface types still need some work (e.g. iterators aren't functional).  Also, output isn't very flexible yet, as I told SWIG to ignore all the operator<<'s.

considerable bindings interface work, some improvements to build

fix build

Merge from "swig" branch: language binding for Java is compiling and linking.  Enable with --enable-language-bindings=java

cleaned up the mechanism for library versioning

--show-debug-tags and --show-trace-tags now supported by Configuration API; also, the information is only recompiled and relinked when it has changed, avoiding unnecessary relinking

dump define-funs correctly with "--dump declarations", whether the function is defined via API or through input language

include example theory (former "UF-Tim") that's included in the dist but not built for the library

final(?) documentation fixes

fix up more documentation

some minor fixes to the cvc3 compatibility library and test case

new, improved doxygen config file

fix serious issue with copyright-updating script

fix numerous documentation issues; doxygen complains much less, now

fix an oversight in the language printers

fix debian build without breaking anything (i hope)

tim's fixes for context-dependent pre-registration

adding --show-debug-tags to list all available debug tracing tags

additional stuff for sharing,