Merge branch 'master' of https://github.com/CVC4/CVC4

Addressed a bug that occurs when proof production is triggered via text flags in the input.
Separated some initialization into two phases:
1. Those that can be done when the proof compiliation flag is set
2. Those that can be done only when the --proof option is set.
For #2, deferred their execution until the text flags in the input have been processed

Minor change to sep/kinds

Merge branch 'master' of https://github.com/CVC4/CVC4

Fixed a bug where the proofManager's init() call was not getting called, resutling a null point deference

Fix unit test.

Cleanup from last commit, treat sep.nil as variable kind.

Support for separation logic. Enable cbqi by default for pure BV.

Add syguscomp2016 scripts.

Dummy commit.

Merge branch 'master' of https://github.com/CVC4/CVC4

LFSC letification is true by default

Support for printing a global let map in LFSC proofs.
Added a flag to enable/disbale this feature (enabled by default).

Also, added some infrastructure for proving rewrite rules.

Merge pull request #85 from CVC4/master_for_proof_merge

Merge from proof branch

Remove NodeListMap from datatypes and equality inference. Add option --dt-blast-splits.

Better infrastructure for proving constant disequality.
Added support for the BV case

A better mechanism for handling BV terms with aliases: inject the alias at the decl_bblast step, instead of having an individual "with alias" rule for each BV operation

Remove NodeListMap from strings, fixes memory leaks. Fix for regexp intersection.

Simple memory fixes, minor cleanup in quantifiers.

Reduce number of passes in quantifiers rewriter.

Fixed a magical bug that only appears when compiling with clang:
The assignment
      d_exprToVariableName[*it] = assignAlias(*it)

Creates an empty value for *it in d_exprToVariableName, causing the assertion in assignAlias to fail

Fix

Merge from proof branch

Revert "Merging proof branch"

This reverts commit 89ba584531115b7f6d47088d7614368ea05ab9d8.

Merging proof branch

Fix to ignore a case of triggers with no free variables.

Initial infrastructure for bounded set quantification (disabled). Refactoring and fixes for --fmf-bound-int. Fix simple memory leaks in strings and bounded integers.

Added Guy to authors list.

Fix build

Updated incremental run script

Disabling failing unit test for now

Removing check that is no longer valid.

Merged QF_UFBV support from experimental branch

Enabled bit-blasting option for QF_UFBV

Updated incremental script

Fixed bug in run script

Added cryptominisat flag to QF_NIA

Merge branch 'master' of https://github.com/CVC4/CVC4

Small change in run script

Changed aig_bitblaster to work with cryptominisat

Disabled m4ri in cryptominisat cmake command

Fix for aig_bitblaster.cpp

Use term indexing in TheoryUF::computeCareGraph. Do not reject model value instantiations in cbqi+BV. Use dag in alpha equivalence check. Fix simple memory leak in fmf.

Updated script, fixed bug in QF_NIA conversion.

Fixed unit test

Fixed build issue due to dummy Cryptominisat constructor.

Forgot to add second patch file.

Merged cryptominisat from experimental branch.

Improvements to symmetry breaking in sygus search. Minor fix for getting instantiations of non-registered quantifiers in sygus.

Fix related to parametric sorts whose interpretation is finite due to uninterpreted sorts + FMF.  Generalizes previous fix in term registration visitor.

Minor fix for strings.

Minor fix to strings, cleanup in datatypes.

Improvements to theory combination + strings: do not return trivial care graph, split on length terms for disequal strings. Term indexing for TheoryDatatypes::computeCareGraph. Minor fix in quantifiers rewriter for entailed conditions, strings cardinality.

Updated AUTHORS file

Refactor modes for sygus+single invocation.  Add option --inst-rlv-cond. Minor fixes for inst max level.

Minor fix cbqi for constant monomials.

Fix memory leak in interactive_shell.cpp

Enable --sygus-direct-eval by default, limit to terms that do not induce Boolean structure.  Minor fixes for bitvectors: rewrite SDIV to total operators when options::bitvectorDivByZeroConst is true, fix collectModelInfo when fullModel=false. Lift ITEs in sygus search. Fix sygus initialization related to cbqi.

Work on --sygus-direct-eval. Minor optimizations, updates to casc scripts. Enable e-matching when --strings-exp is enabled.

Add casc scripts. Improvements to qcf related to nested quantifiers and variable ordering.

Fix for --inst-max-level

Add smt comp 2016 scripts. Fix for --relevant-triggers. Add minor optimizations to sygus and qcf.

Re-enabling ite simplification in incremental mode - no reason why
it should be a problem.

Minor clean up, fixes related to sygus.

Compute term indices lazily in TermDb. Optimization for qcf to recognize irrelevant quantifiers based on irrelevant functions. Fix rewriter for prefix merges.  Minor optimizations for LFSC. Work on --literal-matching. Updates to inst propagate, move instantiation filtering within qe. Enable sygus for string inputs.

Removing a null pointer reference that was found by -fsanitize=null.

Update to COPYING

Clean up issues related to compiled scc in LFSC. Refactor --partial-trigger, do not combine quantifier prefixes with annotations. Eliminate use of context-dependent attributes in quantifiers.

Reviewed Tim's Asan changes and improved SatProof comments.

Workaround for a problem in clang

More work on inst propagate.  Optimization for qcf to check instances eagerly. Improvements to equality query for disequalities.

Adding an example lsan supression file.

Fixing memory leaks for garbage collection of ResChains in the sat proof implementation. As a part of tracking this down, I've modified a number of accessor functions in TSatProof to be const. An expert in this code will need to do a pass over this.

Fixing a memory leak of the ProofManager.

Fixed typo

More fixes for python interface

Rolling back the rewrite code

Fix for bug 717

Fixes for python bindings

Merge branch 'master' of https://github.com/CVC4/CVC4

Remove some no-longer-required rewrites of array lemmas

Add option --snorm-infer-eq to infer equalities based on normalization in ArithCongruenceManager at standard effort (disabled by default).

Add missing function for regexp to expr manager.

Update native language support for strings.

Minor improvements for alpha equivalence and partial quantifier elimination in incremental mode. Change defaults to addInstantiation method.

Handle parametric datatypes with --quant-ind. Minor updates.

Bug fixes related to parametric datatypes + theory combination + quantifiers. Add regression.

Optimizations for QCF to check relevant domain of variable argument positions eagerly, global ordering mechanism for quantified formulas within check. Refactoring of term database.

Minor fixes for inst match generators. Updates to qip.

More work on instantiation propagation. Enable external filtering of instantiations. All quantifiers strategies terminate when a conflict can be established.

Merge branch 'master' of https://github.com/CVC4/CVC4

Made ProofArray's printing functions non-static, and consequently the data members non-static as well

cardinality operation for finite sets (based on my thesis / ijcar16 paper)

Some further cleanup/fixes pending

This is squash of 39 commits (kbansal/card branch + cleanup):
* add card operator
* local reasoning
* towards graph building
* first implementation
* close cardinality terms
* model building
* more
* more
* more
* Add aggressive sets rewriting.
* Recursively aggressive rewrite sets.
* Fix
* incomplete card2 implementation
* ...
* Avoid using auto in sets.
* fix merge
* more
* ...
* more
* ...
* Fixed for loops
* Slight modification to computeRelevantTerms
* more
* ..
* more
* ...
* mv empty set lemma generation to later point
* more options/reordering
* debug related
* more trace
* ...
* fix merge_nodes, models
* rm warnigns
* fix compile errors
* warning
* bug fixes/cleanup
* mroe fixes
* cleanup
* ...

Minor refactoring of entailment tests and quantifiers util. Initial draft of instantiation propagator.

Refactor trigger selection, revisions to --relational-trigger. Properly process non-standard user-provided triggers. Avoid entailed instantiations based on equality earlier. Refactor core addInstantiation method, add notification mechanism. Add optional argument to entailment checks. Fix bug for duplicate triggers.

New options for trigger selection, add option --strict-triggers. Do not infer alpha equivalence for quantifiers with annotations, limit rewrite operations when triggers are trusted.

Updating the copyright headers and scripts.

s_ prefix for static members

Removed the theory-specific merge reason types. Instead, added a mechanism for dynamically allocating these tags upon request.

Improvements to equality inference module: add missing cases for solvable variables, do not infer equalities that are derivable by transitivity of other inferred equalities, refactor solved vars/eqc into one, option to track explanations.  Handle case when equality inference in quantifiers can derive purely arithmetic ground conflicts at full effort.