fix unit tests

Support for SMT-LIBv2 (get-proof), CVC-style DUMP_PROOF command, SmtEngine::getProof(), a few other things..

proof regressions

* ability to output NodeBuilders without first converting them to Nodes---useful for debugging.
* language-dependent Node::toString()
* some minor proof-related cleanup

merged the proofgen3 branch into trunk:
    - can now output LFSC checkable resolution proofs
    - added configuration option  --enable-proof
    - added command line argument --proof
To turn proofs on build with proofs enabled and run with --proof.

Adding a check in Polynomial::parsePolynomial to better enforce the arithmetic normal form when assertions are enabled.

Initialize resource limit and millisecond limit options

Implement changes from yesterday morning's meeting (10/21/2011):

* OutputChannel::lemma() now returns an unsigned int.  This facility isn't functional yet, but the signature is there.  For now, it always returns the current user level (which is "correct" from the interface point of view, but not what we want).
* Pseudobooleans disabled.  This should fix some quantifier benchmarks Andy's been working with on the quantifiers2 branch.
* --limit / --time-limit options renamed --rlimit and --tlimit.

There may be slowdown from disabling pseudobooleans.

some printing and parser fixes for problems recently uncovered

add gcc version information to Configuration, and warn when building with v4.5.1 which has a buggy optimizer (resolves bug #266)

add support for QF_AUFLIA and QF_AUFLIRA logic strings in SMT inputs, for testing

fix configure step on Ubuntu oneiric (11.10)-- related to bug #284

fix bug #264: competition / other static library builds when readline isn't available

Adding support for QF_UFLIA to the smt2 parser.

Merging the branch branches/arithmetic/push-pop-support from r2247 to r2256 into trunk.  Arithmetic should now be closer to being able to support push and pop.

Sharing work

fix make dist

Interruption, time-out, and deterministic time-out ("resource-out") features.
Details here: http://goedel.cims.nyu.edu/wiki/Meeting_Minutes_-_October_14,_2011#Resource.2Ftime_limiting_API
This will need more work, but it's a start.

Also implemented TheoryEngine::properPropagation().

Other minor things.

Some new Datatype public functionality, as per Chris Conway's suggestions on the dev mailing list.

don't build language bindings unless expressly requested with --enable-language-bindings

Reverting a fix from earlier today that fixed a Mac OS warning but completely broke Linux. :-(

ensureLiteral() in CNF stream to support Andy's quantifiers work; an update to model gen on booleans; and a little cleanup

minor visibility fixes

remove some debugging code that slowed down last night's regressions

Disabling the variable removal hueristic by default.

also add test case

fixes to context-dependent caching substitutions

add a guard for history saving, to enable building without GNU history library

compatibility, bindings

cvc3 compatibility layer; and another libantlr3c v3.4 incompatibility fix

compat layer cleanup

oops, one more fix, hopefully the last

Yet Another Antlr3 Mod---this time, all my fault: for configuration auto-detection of libantlr3c, I chose an innocent-looking function that was present in both versions.  But it's signature had changed, breaking source compatibility in both directions.  Just like the other function that started the whole mess.  Silly me.

Oh, here's another cute compatibility fix for libantlr3c 3.4-beta4.  They #define true and false to their own ANTLR3_TRUE and ANTLR3_FALSE, wreaking havoc on our parsers.  I'm really fed up with this package.

mimicking Chris's recent contribution to QueryResult in CVC3 in the compatibility layer

more fixes for libantlr3c v3.4

support for configure-discovery of antlr3-3.4-beta4

user push/pop support in minisat and simplification; also bindings work

Importing Chris's recent changes to CVC3's ValidityChecker into the compatibility layer

fix to CNF undoTranslate(), to support incrementality

forgot to put some things in the distro

interfaces fixes and cleanups...and examples of each interface!

more push/pop infrastructure, some SAT stuff

fixes to incremental simplification, cnf routines, other stuff in preparation of user push/pop in SAT solver

compatibility work, documentation

build system fixes

Some base infrastructure for user push/pop; a few bugfixes to user push/pop and model gen also.
I also expect this commit to fix bug #273.

No performance change is expected on regressions with this commit, see
http://goedel.cims.nyu.edu/regress-results/compare_jobs.php?job_id=2871&reference_id=2863

some test fixes

another make dist fix for java compat bindings

variety of visibility fixes (should clean up some of the many warnings on MacOS-production-dynamic builds)

CVC4::Integer was not marked CVC4_PUBLIC, causing dynamic link errors on MacOS in production builds.  Fixed.

fixes for make dist ; make install

better fix for #281, also fix issue with command line options not existing on older g++en, like Apple's 4.2 on Snow Leopard.

Regular expressions in shell scripts on MacOS are inconsistent... again. :-(  Fixing a problem with Debug_tags and Trace_tags, closes bug #281

removed "typename" keyword (fix to bug 280)

more interface work; adding legacy C interface

first crack at compatibility java interface (not built by default)

Fix to building and linking for unit tests.  (This should fix the segfaulting units in optimized-dynamic.  The problem was that the code incorrectly determined the address of one of the thread-scoped global variables, and I think it's because the same library was linked twice into the unit test in two different ways, confusing the runtime support code.)

interface cleanup, java bindings work

Java binding now working.  Some interface types still need some work (e.g. iterators aren't functional).  Also, output isn't very flexible yet, as I told SWIG to ignore all the operator<<'s.

considerable bindings interface work, some improvements to build

fix build

Merge from "swig" branch: language binding for Java is compiling and linking.  Enable with --enable-language-bindings=java

cleaned up the mechanism for library versioning

--show-debug-tags and --show-trace-tags now supported by Configuration API; also, the information is only recompiled and relinked when it has changed, avoiding unnecessary relinking

dump define-funs correctly with "--dump declarations", whether the function is defined via API or through input language

include example theory (former "UF-Tim") that's included in the dist but not built for the library

final(?) documentation fixes

fix up more documentation

some minor fixes to the cvc3 compatibility library and test case

new, improved doxygen config file

fix serious issue with copyright-updating script

fix numerous documentation issues; doxygen complains much less, now

fix an oversight in the language printers

fix debian build without breaking anything (i hope)

tim's fixes for context-dependent pre-registration

adding --show-debug-tags to list all available debug tracing tags

additional stuff for sharing,

fixes for uf/equality engine from the quantifiers branch. mainly backtracking issues.

this should fix the build; doxygen documentation now gets built in srcdir/doc/doxygen

Disable a warning to address bug 277.  (This doesn't really resolve the issue, but the warning isn't dangerous here.  See the bugzilla comments.)

removing an assert i forgot to remove that andy found

Merge from my post-smtcomp branch.  Includes:

Dumping infrastructure.  Can dump preprocessed queries and clauses.  Can
also dump queries (for testing with another solver) to see if any conflicts
are missed, T-propagations are missed, all lemmas are T-valid, etc.  For a
full list of options see --dump=help.

CUDD building much cleaner.

Documentation and assertion fixes.

Printer improvements, printing of commands in language-defined way, etc.

Typechecker stuff in expr package now autogenerated, no need to manually
edit the expr package when adding a new theory.

CVC3 compatibility layer (builds as libcompat).

SWIG detection and language binding support (infrastructure).

Support for some Z3 extended commands (like datatypes) in SMT-LIBv2 mode
(when not in compliance mode).

Copyright and file headers regenerated.

Ensure that assignment gestures through CDMap iterators like:

  (*myCDMap.find(foo)).second = bar;

fail with a compile-time error (rather than being silently ignored, like
they had been).

Resolves bug #276.

Partial merge of integers work; this is simple B&B and some pseudoboolean
infrastructure, and takes care not to affect CVC4's performance on LRA
benchmarks.

* Changing pre-registration to be context dependent -- it is called from the SAT solver on every backtrack
* Updated UF to handle the context dependent pre-registration
* Additionally some small changes in order to satisfy warnings of the eclipse code analysis tool

Fixin the SAT solver for Andy. Even if a SAT lemma is added, a FULL-CHECK will be reissued. Some unexpected slowdowns, but not too much.

Removing Theory::registerTerm() as discussed in the meeting. Now pre-register is called on all the theory terms and the foreign-terms also. This means, if x: REAL and f:REAL, that in f(x) >= 0, arithmetic gets pre-register call with x, f(x) and f(x) >= 0, while UF gets pre-register call with x, f(x).

Fixing the broken unit tests

Simplification of the preregister and register throught a NodeVisitor class. The theoryOf is not all in one place, theory::theoryOf. The uninterpreted sorts belong to the builtin theory and are dispatched to the apropriate theory (QF_UF, QF_AX) through theoryOf based on the setting in the Theory class.

some uf cleanup

new implementation of lemmas on demand
comparison <http://goedel.cims.nyu.edu/regress-results/compare_jobs.php?job_id=2673&&p=5&reference_id=2637>

forgot to reflect naming change in makefile.  fixed

fix bug 272, array unsoundness, and some array cleanup

remove some array regressions from "make check" so nightly regressions run

status of examples

new array bugs ?

fixing out of place typename (error on g++ 4.4.3-4ubuntu5)

submission script

Adding static_fact_manager