Fix dumping pre/post preprocessing passes (#2469)

This commit changes the hard-coded list of checks for
preprocessing-related dump tags to take advantage of the new
preprocessing pass registration mechanism from PR #2468. It also fixes a
typo in the `Dump.isOn()` check in `PreprocessingPass::dumpAssertions()`
and adds a list of available passes to the `--dump help` output.

Refactor preprocessing pass registration (#2468)

This commit refactors how preprocessing pass registration works,
inspired by LLVM's approach [0]. The basic idea is that every
preprocessing pass declares a static variable of type `RegisterPass` in
its source file that registers the pass with the
`PreprocessingPassRegistry` when starting the program. The registry is a
singleton that keeps track of all the available passes and allows other
code to create instances of the passes (note: previously the registry
itself was owning the passes but this is no longer the case). One of the
advantages of this solution is that we have a list of available passes
directly at the beginning of the program, which is useful for example
when parsing options.

As a side effect, this commit also fixes the SortInference pass, which
was expecting arguments other than the preprocessing pass context in its
constructor.

This commit is required for fixing dumping pre/post preprocessing
passes. It is also the ground work for allowing the user to specify a
preprocessing pipeline using command-line arguments.

[0] https://llvm.org/docs/WritingAnLLVMPass.html

Add rewrite for solving stoi (#2532)

cmake: Ignore ctest exit code for coverage reports.

Stream concrete values for variable agnostic enumerators (#2526)

Rewrites for (= "" _) and (= (str.replace _) _) (#2546)

cmake: Only do Java tests when unit testing on (#2551)

Right now, we are adding the Java tests even when we are not building
unit tests. This commit changes the build system to only add the Java
tests when unit tests are enabled. There are two reasons for this
change:

- building a production version of CVC4 should not require JUnit
- it seems more intuitive (to me at least) to disable JUnit tests when
  unit tests are disabled

This change also simplifies building the Java bindings in our homebrew
formula.

cmake: Add CxxTest finder module to allow custom paths. (#2542)

Remove assertion. (#2549)

Infrastructure for using active enumerators in sygus modules (#2547)

Incorporate all unification enumerators into getTermList. (#2541)

Fix Taylor overapproximation for large exponentials (#2538)

 Fix homogeneous string constant rewrite (#2545)

Fix bug in getSymbols. (#2544)

cmake: Only print dumping warning if not disabled by user. (#2543)

Makes SyGuS parsing more robust in invariant problems (#2509)

cmake: Fix test target dependency issues. (#2540)

Enable quantified array regression. (#2539)

Symmetry breaking for variable agnostic enumerators (#2527)

cmake: New INSTALL.md for build and testing instructions. (#2536)

cmake: Exclude examples for coverage target. (#2535)

Eagerly ensure literal on active guards for sygus enumerators (#2531)

cmake: Add check for GCC 4.5.1 and warn user. (#2533)

examples/hashsmt/sha1_inversion: Fix includes for newer Boost version. (#2534)

cmake: configure.sh wrapper: Removed unused option --gmp.

carefully printing trusted assertions in proofs (#2505)

cmake: Fix tag code generation dependencies. (#2529)

Fix warnings uncovered by cmake build (#2521)

Fix quantifiers selector over store rewrite (#2510)

Due an ordering on if's the rewrite sel( store( a, i, j ), k ) ---> ite( k=i, j, sel( a, k ) ) was very rarely kicking in.

After the change, we are +61-7 on SMT LIB:
https://www.starexec.org/starexec/secure/details/job.jsp?id=30581

Allow partial models for multiple sygus enumerators (#2499)

Infrastructure for variable agnostic sygus enumerators (#2511)

 Improve non-linear check model error handling (#2497)

Refactor strings equality rewriting (#2513)

This moves the extended rewrites for string equality to the main strings rewriter as a function rewriteEqualityExt, and makes this function called on every equality that is generated (from non-equalities) by our rewriter.

cmake: Fix dependencies for code generation. (#2524)

Fix wiki urls. (#2504)

cmake: Fix git version info (again). (#2523)

cmake: Fix theory order #2. (#2522)

Unify rewrites related to (str.contains x y) --> (= x y) (#2512)

cmake: Fix theory order. (#2518)

Make string rewriter unit tests more robust (#2520)

This commit changes the unit test for the string rewriter to use the
extended rewriter instead of the regular rewriter to make it more
robust, e.g. to different orderings in conjunctions.

cmake: Fix and simplify git version info. (#2516)

cmake: Add program prefix option. (#2515)

Fix generating debug/trace tags.

 New C++ API: Add checks for Terms/OpTerms. (#2455)

Fix regress2. (#2502)

cmake: Add python3 option.

cmake: Enable -Wall.

cmake: Fix systemtests dependency.

cmake: Build fully static binaries with option --static.

cmake: Run make coverage in parallel by default.

cmake: Add more documentation, some fixes and cleanup.

cmake: configure.sh wrapper: Use explicit build directory structure.

We don't create build directories for every build type (and
configuration) anymore. The default build directory is now 'build'
(created where you call the wrapper script from). Option --name allows
to configure an individual name (and path) for the build directory.

cmake: configure wrapper: Modify next steps message after configuration.

Since configure.sh is only a wrapper for cmake it prints all the messages from
cmake. At the end we print the next steps after configuration. If configure.sh
is used we add the info to also change into the build directory before calling
make.

cmake: Move PACKAGE_NAME to ConfigureCVC4, more cleanup.

cmake: Refactor cvc4_add_unit_test macro to support test names with '/'.

Required for consistent naming of tests, unit test names now also use
the test naming scheme <category>/<subdir>/<test name>, e.g.,
unit/theory/theory_bv_white.

cmake: Guard GetGitRevisionDescription.

cmake: Add target runexamples.

cmake: Add support for cross-compiling for Windows.

cmake: Require JUnit version 4.

cmake: Do not allow dumping with portfolio build.

cmake: More documentation, clean up.

cmake: Move extracting git information to src/base cmake config file.

cmake: Guard examples that require Boost.

cmake: Disable unit tests if assertions are not enabled.

cmake: FindANTLR: Check if antlr3FileStreamNew is available.

cmake: configure.sh wrapper: Fixes for sh.

travis: Switch to cmake.

cmake: Do not build examples and unit and system tests by default.

cmake: configure.sh wrapper: Add --name option.

cmake: examples: Configure output directory per target.

cmake: Added java examples

cmake: configure.sh wrapper: Add --prefix for install directory.

cmake: Add some more documentation, cleanup.

cmake: Move helper functions to cmake/Helpers.cmake.

cmake: Added target examples (currently .cpp examples only)

cmake: Simplify build type configuration.

cmake: Refactor and clean up build profile printing.

cmake: Added target check

Targets 'check', 'units', 'systemtests' and 'regress' are now run in
parallel with the number of available cores by default. This can be
overriden by passing ARGS=-jN.

cmake: Add make install rule.

cmake: configure.sh wrapper: Fix handling of options with arguments.

cmake: Add module finder for Valgrind.

cmake: Various CMakeLists.txt fixes/cleanup.

cmake: Only build libcvc4 and libcvc4parser as libraries.

The sources of all previous libraries are now added to libcvc4 and built as
libcvc4. This removes circular  dependencies between libcvc4 and libexpr.
Further, we now only have one parser library and don't build additional
libraries for each language.

cmake: Move find_package to where it is actually needed.

cmake: configure.sh wrapper: Removed env vars help text.

cmake: configure.sh wrapper: Configurable build directory

cmake: configure.sh wrapper: Create build dirs for configurations

cmake: configure.sh wrapper: done (except: configurable build dir)

cmake: Updated and prettified configuration printing.

cmake: configure.sh wrapper: option parsing

cmake: Add ENABLE_DEBUG_CONTEXT_MM to enable the debug context memory manager.

cmake: Add ENABLE_BEST to enable best configuration of dependencies.

cmake: Add Java runtime as required dependency (required for ANTLR).

cmake: Add convenience wrappers for tag generation.

cmake: Add library versioning for libcvc4.so.

cmake: Rebase with current master, add new tests/source files.

cmake: Add missing checks for cvc4autoconfig.h to ConfigureCVC4.cmake.

cmake: Use target specific includes for libcvc4.

Further, print definitions added with add_definitions(...).

cmake: Add missing dependency.

cmake: Add support for building static binaries/libraries.