liteusb: begin refactoring and simplification (wip)

liteeth: use new Migen modules from actorlib (avoid duplications between cores)

litepcie: use new Migen modules from actorlib (avoid duplications between cores)

litesata: split hdd model (phy, link, transport, command & hdd) and update simulations

litesata: use new Migen modules from actorlib/packet.py (avoid duplications between cores)

litesata: remove icarus_workaround.patch (obsolete)

liteeth: do MII/GMII detection in gateware for gmii_mii phy

liteeth/phy/gmii: add default value for pads_register

liteeth: fix and improve 10/100/1000Mbps speed auto detection

liteeth/core/ip: simplify ip rx checksum control

liteeth: finish with_preamble_crc vs with_hw_preamble_crc renaming

liteeth/mac/core: simplify and fix padding

litescope: fix read in reg.py

litescope: remove repeat mode on drivers (not useful) and cleanup

lite* cores: changes permissions (+x) on make.py files and on litepcie init.sh file

litescope: add PCIe driver (mmap/Sysfs) and use it on litepcie example design

litepcie: fix asciiart in make.py

litepcie: add litepcie_phy_wrappers to extcores

litepcie: add linux driver + utilities (sysfs + dma)

add litepcie core

soc: add shadow_address parameter

When don't necessary want to have shadow memories and be able to start CSR at address 0x00000000(for example with an X86 CPU)

soc/cpuif: add with_access_functions parameter

When don't necessary need access functions in our csr.h (for example with an X86 CPU)

litesata/test: fix PYTHONPATH

CONTRIBUTING: minor fixes

Adding outgoing directory to .gitignore

The outgoing directory is specified in the CONTRIBUTING.md instructions and the
git-send-email example given at http://git-scm.com/docs/git-send-email#EXAMPLE

Adding a call to action and link to CONTRIBUTING.md file.

Adding CONTRIBUTING file to help guide new contributions.

GitHub highlights the CONTRIBUTING file when people send pull requests or
open issues, see https://github.com/blog/1184-contributing-guidelines

This file includes a start of guidelines for sending patches.

Fixes issue #7 - https://github.com/m-labs/misoc/issues/7

global: more pep8

we will have to continue the work... volunteers are welcome :)

global: pep8 (E261, E271)

global: pep8 (W262)

global: pep8 (E225)

global: pep8 (E222)

global: pep8 (E401)

global: pep8 (E203)

global: pep8 (E231)

global: pep8 (E201)

global: pep8 (E302)

global: pep8 (replace tabs with spaces)

litesata: more pep8 (when convenient), should be almost OK

litesata: pep8 (E265)

litesata: pep8 (E261, E271)

litesata: pep8 (W292)

litesata: pep8 (E225)

litesata: pep8 (E222)

litesata: pep8 (E401)

litesata: pep8 (E203)

litesata: pep8 (E231)

litesata: pep8 (E302)

litesata: pep8 (replace tabs with spaces)

litescope/examples_designs: add build directory

liteusb: more pep8 (when convenient), should be almost OK

liteusb: pep8 (E265)

liteusb: pep8 (E225)

liteusb: pep8 (E222)

liteusb: pep8 (E231)

liteusb: pep8 (E201)

liteusb: pep8 (E302)

liteusb: pep8 (replace tabs with spaces)

litescope: more pep8 (when convenient), should be almost OK

litescope: pep8 (E265)

litescope: pep8 (E261, E271)

litescope: pep8 (W292)

litescope: pep8 (E225)

litescope: pep8 (E222)

litescope: pep8 (E401)

litescope: pep8 (E203)

litescope: pep8 (E231)

litescope: pep8 (E201)

litescope: pep8 (E302)

litescope: pep8 (replace tabs with spaces)

liteeth: more pep8 (when convenient), should be almost OK

liteeth: pep8 (E265)

liteeth: pep8 (E261, E271)

liteeth: pep8 (W292)

liteeth: pep8 (E225)

liteeth: pep8 (E222)

liteeth: pep8 (E401)

liteeth: pep8 (E203)

liteeth: pep8 (E231)

liteeth: pep8 (E201)

liteeth: pep8 (E302)

liteeth: pep8 (replace tabs with spaces)

liteeth/phy/gmii: fix clock generation for mii mode (clock_pads.tx is an input)

microudp.c: add #ifdef on ethmode (bios generation for gmii or mii was broken)

liteeth/phy/gmii_mii: add pads registers in RX

liteeth/phy/gmii_mii: avoid doubling pads register on TX

liteeth/phy/__init__.py: add more comments

microudp: fix if (

liteeth/phy/gmii_mii: add clock counter and use it in bios to select mode

liteeth/phy: add GMII/MII phy
for now swicth is manual, we will need a clk counter to allow software or logic to automatically switch between GMII and MII

liteeth/phy/mii: simplify LiteEthPHYMIIRX using Converter

liteeth/phy/mii: simplify LiteEthPHYMIITX using Converter

liteeth/phy/mii: assign tx_er only if exists (as it's done on GMII)

liteeth/phy/mii: allow use of MII phy on GMII/MII chips that do not have phy clock provided by the FPGA (tested on KC705)

timer: revert prescaler (we will in fact use a software prescaler for uIP)

timer: add prescaler

s6ddrphy: redo phase_sel, get rid of CLOCK_DEDICATED_ROUTE

liteeth: adapt to new ModuleTransformer

litesata: update build core target generation

lite*: finish ModuleTransformer adaptations (need to be tested on board)