Fix type issue for LFSC null terminator (#8607)

This fixes an assertion failure when producing LFSC proofs in debug mode.

The issue currently does not impact the correctness of the code, although this will be important if subtypes are eliminated.

Add oracle checker utility (#8603)

This is a utility that allocates oracle callers for oracle functions on demand and can be used to convert a term containing oracle function symbols into its evaluated form.

It will be used for both SMTO (for checking consistency of oracle interfaces) and SyMO (as part of refinement lemma evaluation in CEGIS).

Add oracle caller utility (#8599)

The implementation of this class has a placeholder for calling external binaries, which will be filled in a later PR.

Making some benchmarks SMT-LIB compliant for subtypes (#8600)

This makes some of our regressions compliant for arithmetic subtyping. This is required to make these benchmarks parsable when subtyping is eliminated.

We should discuss whether we should be permissive for such benchmarks. Regardless, the majority of our regressions should be SMT-LIB compliant.

Fix more misuses of arithmetic subtypes (#8601)

[proofs] [dot] Print nodes clusters at dot format (#8574)

Add a printer option that allows the dot printer to identify each node type and group them up in node clusters. These cluster are determined according to "part of the proof" whether a node belongs to:

- input
- sat proof
- cnf proof
- theory lemma proof
- preprocessing

Signed-off-by: Vinícius Braga Freire vinicius.braga.freire@gmail.com

More cleaning uses of arithmetic subtyping (#8595)

Towards eliminating arithmetic subtyping.

Add oracle engine to quantifiers engine (#8589)

This class is the subsolver of quantifiers engine for handling oracles in SMTO. The implementation of this class will be added in followup PRs.

It also contains a utility method for constructing oracle interfaces.

Remove spurious case of ppRewrite (#8596)

Constants equal to constants are always rewritten to false.

Add learned literal type and prop learned database (#8582)

In preparation for deep restart feature, and for extending the get-learned-literal interface to multiple types.

Simplify parser (#8592)

This commit simplifies our parser by removing code that is not relevant
anymore since the removal of support for SMT-LIB <=2.6.

Minor refactoring of smt2 printer (#8588)

Do not allow unresolved sorts in smt2 (#8587)

This simplifies the smt2 parser so that we never parse "inlined" unresolved sorts. This infrastructure was used for accomodating the ad-hoc datatype syntax from SMT-LIB <=2.5, and SyGuS 1.0.

We now assume that sorts are fully declared wherever we parse them.

Eliminate more uses of CONST_RATIONAL (#8590)

To eliminate arithmetic subtyping, we require distinguishing CONST_RATIONAL and CONST_INTEGER internally. Code should avoid usage of these kinds and use trusted utilities instead (e.g. mkConstReal, mkConstInst, isConst).

Properly parse numerals as real when integers are disabled (#8591)

SMT-LIB says numerals are real when integers are not included in the logic.

Due to subtyping, we don't complain internally, although if subtyping is eliminated, this fix is necessary.

Generalization for sygus verify utility (#8586)

This is in preparation for synthesis modulo oracles (SyMO), where the verification loop may run multiple times for a given solution. In a follow up PR, the loop introduced in this PR may run multiple times when oracles are present, since oracle invocations in the subsolver may trigger further simplifications to the rewritten form of the specification.

It also makes it so that candidate models are generated for "unknown" results for subsolvers, which is required for SyMO.

Internal representation of oracle interface quantifiers (#8585)

This is the first step towards supporting SMT and synthesis modulo oracles.

It adds the kind required for specifying "oracle interface quantifiers", or, quantified formulas that specify constraints that depend on an external binary.

Add method to get leaves of a NodeTrie (#8583)

From the oracles branch.

Make sets and bags operators left-associative (#8584)

Makes it so that we parse n-ary applications of e.g. set.union in smt2.
Left associativity seems to be the case for difference operators in databases.
See
https://docs.microsoft.com/en-us/sql/t-sql/language-elements/set-operators-except-and-intersect-transact-sql?view=sql-server-ver15

Eliminate SmtSolver dependency on SolverEngineState (#8581)

This is in preparation for making SmtSolver able to be deep reset (reconstructed) within in a SolverEngine instance.

Minor fix for printing nullary operators in smt2 (#8577)

Fix proof checker for SUBS (#8578)

Could lead to proof checking failures when using `--proof-granularity=rewrite`

Fixes for LFSC printing and signatures (#8579)

Ensures we recognize some internal FP symbols, adds a missing string operator, fixes seq.unit operator printing (required for CONG over seq.unit), fix for 0-ary tuple printing.

Start post-release for 1.0.0

Bump version to 1.0.0

api: Fix doc generation for kinds in java API. (#8576)

Plus some more fixes for docs.

Update copyright headers for release 1.0 (#8539)

Update NEWS for cvc5 1.0. (#8460)

Co-authored-by: Andrew Reynolds <andrew.j.reynolds@gmail.com>
Co-authored-by: Gereon Kremer <nafur42@gmail.com>
Co-authored-by: mudathirmahgoub <mudathirmahgoub@gmail.com>
Co-authored-by: Andres Noetzli <andres.noetzli@gmail.com>

Make inst constant attribute robust to purification variables (#8573)

Fixes #8572.

Certain combinations of cegqi/sygus-inst may be solution unsound when combined with E-matching, due to using skolems that have dependencies on instantiation constants are used in instantiations.

Make rewriter more robust against RAN becoming rational (#8564)

We use real algebraic number to represent multiplicities of sum terms within the arithmetic rewriter. Unfortunately, such real algebraic numbers can realize that they are in fact rational at awkward times. This makes isRational() unsuitable for checking this, instead we should construct the node and check afterwards.

api: More fixes in the java API. (#8571)

Be permissive for subtyping in function definitions (#8568)

This is to accommodate the Real theory in SMT-LIB, which says that numerals specify reals.

Instead of making our parser for numerals dependent on the logic, we are more permissive.

This fixes several spurious parsing issues in smtlib.

api: More fixes in C++ API docs. (#8570)

Write-up for Pythonic API quickstart (#8566)

docs: Fix mkTerm calls in theory documentation. (#8567)

api: Fix OptionInfo docs for java API. (#8569)

api: Fixes in docs for Op. (#8565)

api: Fixes for Grammar docs in java API. (#8563)

api: Fixes in java api docs. (#8562)

api: Fixes in docs for DatatypeConstructor. (#8561)

Docs: remove api from package name in java.rst (#8560)

Fix broken links in https://cvc5.github.io/docs/cvc5-0.0.12/api/java/java.html

api: More fixes in docs. (#8559)

api: First batch of fixes in the api docs. (#8558)

Uses `@return <uppercase> .... <period>` and `@param <param> <uppercase> ... <period>`,
plus various fixes in the docs.

Fix links when converting kinds documentation to python (#8557)

This mainly fixes explicit rst links when we convert the kinds comments to python.

python api: More fixes. (#8556)

Start post-release for 0.0.12

Bump version to 0.0.12

Maintain symlink to docs for latest release (#8555)

This PR creates/updates a symlink called latest to the last release. This simplifies permalinks into the documentation.

Remove duplicate lines (#8552)

We remove the arguments from links to solver methods in the Kinds
documentation to turn C++ references into python references. This
oftentimes collapses previously different overload of methods (usually
mkTerm()). This PR generically removes duplicate lines from these
comments using some re magic.

Bump Pythonic (transcendentals) & exception example (#8553)

- Bump version of Pythonic API to include transcendentals.
- Document Pythonic API's transcendentals.
- Add exception Pythonic API example.

api: Various fixes in Python documentation. (#8554)

Various improvements and fixes in the documentation (#8551)

This PR contains a variety of fixed and improvements to the documentation.

Rename getInstantiatedConstructorTerm to getInstantiatedTerm (#8549)

This is in line with the change for non-parametric constructors (getConstructorTerm -> getTerm).

Also adds documentation to make the use of constructors, selectors, testers, updaters more clear.

Use raw symbols in proofs (#8550)

This ensures we don't quote symbols that should not be quoted, fixing two issues:
(1) Proofs in the internal calculus don't convert `:args` to `|:args|`.
(2) LFSC identifiers for terms are not quoted based on SMT-LIB restrictions.

Work towards https://github.com/cvc5/cvc5-projects/issues/466, quoted TypeNode names still need to be addressed.

[proofs] [sat] Make SAT assumption bookeeping robust to incremental (#8536)

Similarly to what happened with proofs of optimized SAT clauses getting lost (in the sense of inserted at lower assertion levels than the current one, during incremental solving), we need to make the bookeeping of the current SAT assumptions in the SAT proof manager robust to context popping. Not doing so can break the final proof construction, which relies on this information. A regression is added which showed the issue via the openness of a step added to the lazy proof chain (even though this did not lead to issues in the final proof).

This commit extends the OptimizedClausesManager to also optionally track a hash set of nodes to have nodes added to it during popping. This is hooked in the SAT proof manager to the SAT assumptions hash set.

There are four instances of notifications to the SAT proof manager of SAT assumptions: two in the proof CNF stream and two in the SAT solver. We only need to worry about the proof CNF stream ones, since the SAT solver ones are for literals (which do
not have assertion levels) and for some cases of the final conflict clause generated, which is always at the current assertion level. For the proof CNF stream ones it suffices to notify the SAT proof manager when the CNF stream itself is notified that a propagation or clause was inserted at an optimized level, as these are the only possible cases.

Fix for get-value with empty uninterpreted sort domain (#8547)

Alternative for https://github.com/cvc5/cvc5/pull/8546.

We were mistakenly using `mkGroundTerm` instead of `mkGroundValue` to make the domain of an uninterpreted sort non-empty.

This ensures that get-value calls do not throw a spurious exception when there is a declared uninterpreted sort and there are no terms of that sort.

As a result, this also required fixing a few further issues regarding how uninterpreted sort constants are printed in models, and fixing the expected results on 2 more regressions.

Start post-release for 0.0.11

Bump version to 0.0.11

use one process more than we have cores (#8545)

This PR uses one process more than we have cores in the CI. This speeds up the CI jobs when time is spent waiting on IO instead of actually using the CPU.

Rename mkSygusGrammar to mkGrammar (#8544)

Remove variant of mkDatatypeDecl with one sort parameter (#8543)

Subsumed by the vector version.

Also marks more methods as experimetnal.

api: Rename get(Selector|Constructor)Term() to getTerm(). (#8537)

Follow renaming within pythonic API (#8532)

We are renaming files in the pythonic API to make it look less like it is somehow part of z3 (but still acknowledge that we took code from z3Py properly). This PR follows the change in cvc5/cvc5_pythonic_api#80.

Always cancel already running CI runs on forks (#8542)

One effect of our changed concurrency policy is that we never cancel runs on forks. This PR changes this, always allowing the concurrency mechanism to cancel on repositories that are not the main repository.

Minor edits in docs. (#8540)

Ignore irrelevant exponential terms (#8534)

Fixes #8517.

docs: Add Python installation instructions for pip. (#8538)

api: Remove DatatypeConstructor::getSelectorTerm(). (#8535)

Require that used model values are constant in CEGQI (#8528)

Fixes #8520.

Add a few miscellaneous pieces of documentation (#8533)

Remove java API methods that accepts lists as arguments (#8541)

This PR removes some unnecessary methods in the Java API that were added to simplify several unit tests that use dynamic arrays. The goal is to make the java API consistent and as small as possible.
Users could use asList, toArray methods to use generic lists if they wish.

Add more explanations in the API (#8493)

This also removes a few references to "first-order constants" (using "free constant" instead) since mkConst can be used to construct higher-order free constants.

Simplify the python base API in a few places (#8514)

This PR simplifies a few methods in the python base API.

Simplifications to the datatypes API (#8511)

This PR makes it so that common users of the datatypes API do not need to use "unresolved" datatypes sorts. Instead, these are automatically inferred by the NodeManager when calling mkMutualDatatypeTypes.

API Changes:
(1) adds addSelectorUnresolved to DatatypeConstructorDecl, which is the sole method needed to specify ordinary recursive selectors.
(2) adds to unit test examples that use this variant instead of using unresolved sorts.
(3) the API method mkUnresolvedSort is renamed to mkUnresolvedDatatypeSort and is marked experimental.

Note that unresolved datatype sorts are still needed to support mixed parametric datatypes and nested recursive datatypes in the smt2 parser, so they cannot be deleted yet.

Followup PR will add to documentation on elaborate further on how to use the datatypes API.

docs: Document UnknownExplanation. (#8508)

Prevent using the coverings solver with extended operators (#8523)

The way we construct the model within the nonlinear extension makes using multiple subsolvers that contribute to the model potentially unsound. This PR prevent the coverings solver from being used if extended operators are present, unless --nl-cov-force is given.
Fixes #8515. Fixes #8516.

api kinds: Refactor docs for kinds to properly render in Python. (#8510)

api: Remove Datatype::getConstructorTerm(). (#8529)

Replace regression by minimized one via ddSMT (#8531)

Only run pypi packaging when release is published (#8526)

We incorrectly triggered pypi packaging when a release was created or published, i.e. it would run twice.

make-release: Clarify instructions for pushing commits and tag. (#8524)

[proofs] [doc] Document string rules (#8498)

Also replaces negation of equality literals by disequality literals.

Change CI concurrency policy to not queue on main (#8530)

Previously, we would only allow one job per branch/PR and only cancel old jobs on PRs.
This PR changes this policy to allow multiple jobs at once on main.
The way this is done basically follows https://docs.github.com/en/actions/using-workflows/workflow-syntax-for-github-actions#example-using-a-fallback-value.

Document special member functions in python API (#8513)

This PR documents relevant special member functions __getitem__ and __iter__ for some classes in the base python API.

Python API: Do not rename enumerators. (#8507)

Co-authored-by: Mathias Preiner <mathias.preiner@gmail.com>
Co-authored-by: mudathirmahgoub <mudathirmahgoub@gmail.com>
Co-authored-by: Gereon Kremer <gkremer@stanford.edu>

[proofs] [alethe] Fix Alethe post-processor (#8525)

Previously the Alethe post-processor was merging subproofs, which should not be done at this stage. As a consequence some post-processed proofs were becoming open.

Start post-release for 0.0.10

Bump version to 0.0.10

Internal simplifications to constructing datatypes (#8519)

In preparation for #8511.

This makes it so that unresolved sorts are automatically inferred when constructing datatypes at the NodeManager level. This is in preparation for simplifying the API.

Changes:
(1) NodeManager is cleaned so that unresolved types are automatically inferred and are not a part of its public interface. Internal code generating datatypes is simplified as a result.
(2) Adds necessary utilities to TypeNode and cleans an unused flag
(3) The parser is cleaned to not track unresolved sorts in an ad-hoc manner.
(4) The API is patched to use the simpler interface.

Fix pypi packaging trigger again (#8512)

Further workflows are not triggered when the GITHUB_TOKEN is used. This PR creates new releases using the ACTION_USER_TOKEN instead.

[proofs] [doc] Minor changes to general proofs page, some changes to Alethe page, added DOT page (#8501)

Remove decorator from python API (#8505)

This PR removes the expand_list_arg decorator from the python API. It was used to allow calling a function f(x, *args) with a list as second argument and automatically expand the list into *args. While it merely allows for calling f(x, l) instead of f(x, *l), it adds considerable complexity to the code and documentation. Thus, following the Zen of python (have only one way to do it) we remove this decorator. This is also consistent with the pythonic API, were we made the same decision.

[API] Add mode argument for `Solver::blockModel()` (#8521)

This commit changes Solver::blockModel() to take a mode as an argument
instead of relying on an option.

Remove `UnknownExplanation::NO_STATUS` (#8518)

Result already supports storing a NONE result, so
UnknownExplanation::NO_STATUS seems redundant. This removes that
explanation, which was only being used in the optimization solver.

Fix javadoc custom tag warning (#8502)

Fix this warning
Note: Custom tags that could override future standard tags:  @apiNote. To avoid potential overrides, use at least one period character (.) in custom tag names.

docs: Add documentation for modes. (#8509)

Python api: Various fixes in docs. (#8480)

[API] Remove redundant version of `mkFunctionSort` (#8503)

mkFunctionSort that takes two sorts as arguments is redundant, because
the first argument is equivalent to a vector of size one passed to the
other overload of mkFunctionSort. This commit removes the method from
the C++ API but keeps the existing semantics for the Java and Python
bindings for convenience and consistency with, e.g. mkTerm.

Fix sygus-inst when combined with bounded string quantifiers (#8500)

Strings introduces bounded quantified formulas for reasoning about extended functions. We should not process these with sygus-inst.

Fixes #8497.

api: Swap arguments of declareSygusVar. (#8499)

Make it consistent with other declare*/define* functions.